seq1 = pF1KE4357.tfa, 1122 bp
seq2 = pF1KE4357/gi568815579f_54639506.tfa (gi568815579f:54639506_54756112), 116607 bp

>pF1KE4357 1122
>gi568815579f:54639506_54756112 (Chr19)

1-34  (99041-99074)   94% ->
35-70  (100002-100037)   100% ->
71-370  (102475-102774)   94% ->
371-664  (104290-104583)   96% ->
665-715  (107830-107880)   98% ->
716-793  (109307-109384)   100% ->
794-895  (112144-112248)   93% ->
896-948  (112711-112763)   86% ->
949-1122  (112862-113035)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTCTTGGTCGTCAGCATGGCGTGTGTTG         GGTTCTT
        ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||||
  99041 ATGTCGCTCATGGTCGTCAGCATGGTGTGTGTTGGTG...CAGGGTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACATGAGG         GAGTCCACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100009 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACATGAGGGTG...TAGGAGTCCACAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACCTTCCCTCCTGGCCCACCCAGGTCGCCTGGTGAAATCAGAAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 102487 AACCTTCCCTCCTGGCCCACCCAGGTCCCCTGGTGAAATCAGAAGAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTCATCCTGCAGTGTTGGTCAGATGTCATGTTTGAACACTTCCTTCTGCA
        ||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||
 102537 GTCATCCTGCAATGTTGGTCAGATGTCAGGTTTCAGCACTTCCTTCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGAGAGGGGATGTTTAACGACACTTTGCGCCTCATTGGAGAACACCATG
        |||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||
 102587 CAGAGAAGGGAAGTTTAAGGACACTTTGCACCTCATTGGAGAGCACCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGGTCTCCAAGGCCAACTTCTCCATCAGTCGCATGACGCAAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| 
 102637 ATGGGGTCTCCAAGGCCAACTTCTCCATCGGTCCCATGATGCAAGACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGGGACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTACTCACTCCCCCTATCAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 102687 GCAGGGACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTACTCACTCCCCCTATCAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATCGTGATCATAG         GTC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||>>>...>>>|||
 102737 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATCGTCATCACAGGTG...CAGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCTGGGCCCCACGGTTCTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 104293 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCCGGGCCCCACGGTTCTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGAGAATGTGACCTTGTCCTGCAGCTCCCGGAGCTCCTATGACATGTA
        |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104343 GGAGAGAGCGTGACCTTGTCCTGCAGCTCCCGGAGCTCCTATGACATGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATCTATCCAGGGAAGGGGAGGCCCATGAACGTAGGCTCCCTGCAGGGC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||
 104393 CCATCTATCCAGGGAGGGGGAGGCCCATGAACGTAGGTTCTCTGCAGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAAGGTCAACGGAACATTCCAGGCTGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 104443 CCAAGGTCAACGGAACATTCCAGGCCGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACGGAGGGACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCATGACTCTCCATACGA
        |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 104493 CACGGAGGAACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCGTGACTCTCCATACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGGTCAAAGTCAAGTGACCCACTGCTTGTTTCTGTCACAG         
        ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104543 GTGGTCAAACTCGAGTGACCCACTGCTTGTTTCTGTCACAGGTG...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCCTTCACCCACTGAACCAAGCTCCAAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 107830 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCCTTCACCCACTGAACCAAGCTCCGAAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         AGAGGATGTTTCACCACGTTGGCCAAGCTTGTCTGAAACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107880 GGTG...TAGAGAGGATGTTTCACCACGTTGGCCAAGCTTGTCTGAAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCAACCTCAAGTGATCCGACCGTCTCAGCATGCCAAA         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109347 CCCAACCTCAAGTGATCCGACCGTCTCAGCATGCCAAAGTA...CAGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCCCCGACACCTGCACATTCTGATTGGGACCTCAGTGGTCATCATCCTC
        ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
 112147 ACCCCAGACACCTGCATGTTCTGATTGGGACCTCAGTGGTCATCATCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCATCCTCCTC T T CTTTCTCCTTCATCGCTGGTGCTCCAACAAAAA
        ||||||||||||-|-|-||||||||||||||||||||||| |||||||||
 112197 TTCATCCTCCTCCTCTTCTTTCTCCTTCATCGCTGGTGCTGCAACAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    894 AA         ATGCTGCGGTAATGGACCAAGAGTCTGCAGGAAACAGAA
        ||>>>...>>>||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||
 112247 AAGTA...CAGATGCTGTTGTAATGGACCAAGAGCCTGCAGGGAACAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935 CAGCGAATAGCGAG         GACTCTGATGAACAAGACCCTCAGGAG
        ||| ||| || |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112750 CAGTGAACAGGGAGGTA...CAGGACTCTGATGAACAAGACCCTCAGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976 GTGACATACACACAGTTGAATCACTGCGTTTTCACACAGAGAAAAATCAC
        ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112889 GTGACATATGCACAGTTGAATCACTGCGTTTTCACACAGAGAAAAATCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1026 TCGCCCTTCTCAGAGGCCCAAGACACCCCCAACAGATATCATCGTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112939 TCGCCCTTCTCAGAGGCCCAAGACACCCCCAACAGATATCATCGTGTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1076 CGGAACTTCCAAATGCTGAGTCCAGATCCAAAGTTGTCTCCTGCCCA
        |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
 112989 CGGAACTTCCAAATGCTGAGCCCTGATCCAAAGTTGTCTCCTGCCCA