seq1 = pF1KE4355.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KE4355/gi568815597f_119315420.tfa (gi568815597f:119315420_119522617), 207198 bp

>pF1KE4355 1116
>gi568815597f:119315420_119522617 (Chr1)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-307  (103999-104163)   100% ->
308-1116  (106390-107198)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGGAGCTGCCTTGTGACAGGAGCAGGAGGGCTTCTGGGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTGGAGCTGCCTTGTGACAGGAGCAGGAGGGCTTCTGGGTCAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCGTCCGCCTGTTGGTGGAAGAGAAGGAACTGAAGGAGATCAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCGTCCGCCTGTTGGTGGAAGAGAAGGAACTGAAGGAGATCAGGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACAAGGCCTTCAGACCAGAATTGAGAGAGGAATTTTCTA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 TGGACAAGGCCTTCAGACCAGAATTGAGAGAGGAATTTTCTAGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  AGCTCCAGAACAGGACCAAGCTGACTGTACTTGAAGGAGACATTCTGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103998 GAGCTCCAGAACAGGACCAAGCTGACTGTACTTGAAGGAGACATTCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGCCATTCCTGAAAAGAGCCTGCCAGGACGTCTCGGTCGTCATCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104048 TGAGCCATTCCTGAAAAGAGCCTGCCAGGACGTCTCGGTCGTCATCCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGCCTGTATCATTGATGTCTTTGGTGTCACTCACAGAGAGTCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104098 CCGCCTGTATCATTGATGTCTTTGGTGTCACTCACAGAGAGTCCATCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGTCAATGTGAAAG         GTACCCAGCTACTGTTGGAGGCCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104148 AATGTCAATGTGAAAGGTA...CAGGTACCCAGCTACTGTTGGAGGCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTCCAAGCCAGTGTGCCAGTCTTCATCTACACCAGTAGCATAGAGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106415 TGTCCAAGCCAGTGTGCCAGTCTTCATCTACACCAGTAGCATAGAGGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCGGGCCCAACTCCTACAAGGAAATCATCCAGAACGGCCACGAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106465 CCGGGCCCAACTCCTACAAGGAAATCATCCAGAACGGCCACGAAGAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTCTGGAAAACACATGGCCCACTCCATACCCGTACAGCAAAAAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106515 CCTCTGGAAAACACATGGCCCACTCCATACCCGTACAGCAAAAAGCTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAGAAGGCTGTGCTGGCGGCTAATGGGTGGAATCTAAAAAATGGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106565 TGAGAAGGCTGTGCTGGCGGCTAATGGGTGGAATCTAAAAAATGGTGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTTGTACACTTGTGCGTTAAGACCCACATATATCTATGGGGAAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106615 CCTTGTACACTTGTGCGTTAAGACCCACATATATCTATGGGGAAGGAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCATTCCTTTCTGCCAGTATAAATGAGGCCCTGAACAACAATGGGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106665 CCATTCCTTTCTGCCAGTATAAATGAGGCCCTGAACAACAATGGGATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTCAAGTGTTGGAAAGTTCTCTACAGTCAACCCAGTCTATGTTGGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106715 GTCAAGTGTTGGAAAGTTCTCTACAGTCAACCCAGTCTATGTTGGCAACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGGCCTGGGCCCACATTCTGGCCTTGAGGGCTCTGCGGGACCCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106765 TGGCCTGGGCCCACATTCTGGCCTTGAGGGCTCTGCGGGACCCCAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCCCCAAGTGTCCGAGGTCAATTCTATTACATCTCAGATGACACGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106815 GCCCCAAGTGTCCGAGGTCAATTCTATTACATCTCAGATGACACGCCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCAAAGCTATGATAACCTTAATTACATCCTGAGCAAAGAGTTTGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106865 CCAAAGCTATGATAACCTTAATTACATCCTGAGCAAAGAGTTTGGCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCCTTGATTCCAGATGGAGCCTTCCTTTAACCCTGATGTACTGGATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106915 GCCTTGATTCCAGATGGAGCCTTCCTTTAACCCTGATGTACTGGATTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTCCTGCTGGAAGTAGTGAGCTTCCTACTCAGCCCAATTTACTCCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106965 TTCCTGCTGGAAGTAGTGAGCTTCCTACTCAGCCCAATTTACTCCTATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ACCCCCCTTCAACCGCCACACAGTCACATTATCAAATAGTGTGTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107015 ACCCCCCTTCAACCGCCACACAGTCACATTATCAAATAGTGTGTTCACCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCTCTTACAAGAAGGCTCAGCGAGATCTGGCGTATAAGCCACTCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107065 TCTCTTACAAGAAGGCTCAGCGAGATCTGGCGTATAAGCCACTCTACAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGGGAGGAAGCCAAGCAGAAAACCGTGGAGTGGGTTGGTTCCCTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107115 TGGGAGGAAGCCAAGCAGAAAACCGTGGAGTGGGTTGGTTCCCTTGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :
   1083 CCGGCACAAGGAGACCCTGAAGTCCAAGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107165 CCGGCACAAGGAGACCCTGAAGTCCAAGACTCAG