seq1 = pF1KE4351.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KE4351/gi568815577f_17413130.tfa (gi568815577f:17413130_17665689), 252560 bp

>pF1KE4351 1095
>gi568815577f:17413130_17665689 (Chr21)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-210  (133898-134064)   99% ->
211-415  (138620-138824)   100% ->
416-571  (145847-146002)   100% ->
572-694  (147573-147695)   100% ->
695-833  (148209-148347)   100% ->
834-1095  (152299-152560)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTCCTGCTGTGCTTCGTGCTCCTGTGCGGAGTAGTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGCGCTCCTGCTGTGCTTCGTGCTCCTGTGCGGAGTAGTGGGTG...T

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   ATTTCGCCAGAAGTTTGAGTATCACTACTCCTGAAGAGATGATTGAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133896 AGATTTCGCCAGAAGTTTGAGTATCACTACTCCTGAAGAGATGATTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCCAAAGGGGAAACTGCCTATCTGCCGTGCAAATTTACGCTTAGTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 133946 AAGCCAAAGGGGAAACTGCCTATCTGCCATGCAAATTTACGCTTAGTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGACCAGGGACCGCTGGACATCGAGTGGCTGATATCACCAGCTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133996 GAAGACCAGGGACCGCTGGACATCGAGTGGCTGATATCACCAGCTGATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGAAGGTGGATCAAGTG         ATTATTTTATATTCTGGAGACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 134046 TCAGAAGGTGGATCAAGTGGTA...TAGATTATTTTATATTCTGGAGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAATTTATGATGACTACTATCCAGATCTGAAAGGCCGAGTACATTTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138642 AAATTTATGATGACTACTATCCAGATCTGAAAGGCCGAGTACATTTTACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTAATGATCTCAAATCTGGTGATGCATCAATAAATGTAACGAATTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138692 AGTAATGATCTCAAATCTGGTGATGCATCAATAAATGTAACGAATTTACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTGTCAGATATTGGCACATATCAGTGCAAAGTGAAAAAAGCTCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138742 ACTGTCAGATATTGGCACATATCAGTGCAAAGTGAAAAAAGCTCCTGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCAAATAAGAAGATTCATCTGGTAGTTCTTG         TTAAGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 138792 TTGCAAATAAGAAGATTCATCTGGTAGTTCTTGGTA...CAGTTAAGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAGGTGCGAGATGTTACGTTGATGGATCTGAAGAAATTGGAAGTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145855 TCAGGTGCGAGATGTTACGTTGATGGATCTGAAGAAATTGGAAGTGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAGATAAAATGTGAACCAAAAGAAGGTTCACTTCCATTACAGTATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145905 TAAGATAAAATGTGAACCAAAAGAAGGTTCACTTCCATTACAGTATGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCAAAAATTGTCTGACTCACAGAAAATGCCCACTTCATGGTTAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 145955 GGCAAAAATTGTCTGACTCACAGAAAATGCCCACTTCATGGTTAGCAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572        AAATGACTTCATCTGTTATATCTGTAAAAAATGCCTCTTCTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146005 A...TAGAAATGACTTCATCTGTTATATCTGTAAAAAATGCCTCTTCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTACTCTGGGACATACAGCTGTACAGTCAGAAACAGAGTGGGCTCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147616 GTACTCTGGGACATACAGCTGTACAGTCAGAAACAGAGTGGGCTCTGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTGCCTGTTGCGTCTAAACGTTGTCCCTC         CTTCAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 147666 AGTGCCTGTTGCGTCTAAACGTTGTCCCTCGTA...TAGCTTCAAATAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGGACTAATTGCAGGAGCCATTATAGGAACTTTGCTTGCTCTAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148220 GCTGGACTAATTGCAGGAGCCATTATAGGAACTTTGCTTGCTCTAGCGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATTGGTCTTATCATCTTTTGCTGTCGTAAAAAGCGCAGAGAAGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148270 CATTGGTCTTATCATCTTTTGCTGTCGTAAAAAGCGCAGAGAAGAAAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGAAAAGGAAGTTCATCACGATATCAG         GGAAGATGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 148320 ATGAAAAGGAAGTTCATCACGATATCAGGTA...CAGGGAAGATGTGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTCCAAAGAGCCGTACGTCCACTGCCAGAAGCTACATCGGCAGTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152312 CCTCCAAAGAGCCGTACGTCCACTGCCAGAAGCTACATCGGCAGTAATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTCATCCCTGGGGTCCATGTCTCCTTCCAACATGGAAGGATATTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152362 TTCATCCCTGGGGTCCATGTCTCCTTCCAACATGGAAGGATATTCCAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTCAGTATAACCAAGTACCAAGTGAAGACTTTGAACGCACTCCTCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152412 CTCAGTATAACCAAGTACCAAGTGAAGACTTTGAACGCACTCCTCAGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCGACTCTCCCACCTGCTAAGGTAGCTGCCCCTAATCTAAGTCGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152462 CCGACTCTCCCACCTGCTAAGGTAGCTGCCCCTAATCTAAGTCGAATGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1047 TGCGATTCCTGTGATGATTCCAGCACAGAGCAAGGATGGGTCTATAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152512 TGCGATTCCTGTGATGATTCCAGCACAGAGCAAGGATGGGTCTATAGTA