seq1 = pF1KE4349.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE4349/gi568815593r_156929736.tfa (gi568815593r:156929736_157157943), 228208 bp

>pF1KE4349 1092
>gi568815593r:156929736_157157943 (Chr5)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-379  (102411-102743)   100% ->
380-673  (105290-105583)   100% ->
674-781  (108799-108906)   100% ->
782-837  (115262-115317)   100% ->
838-952  (120583-120697)   99% ->
953-986  (125057-125090)   100% ->
987-1092  (128103-128208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCCTCAAGTGGTCATCTTAAGCCTCATCCTACATCTGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGCATCCTCAAGTGGTCATCTTAAGCCTCATCCTACATCTGGCAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      ATTCTGTAGCTGGTTCTGTAAAGGTTGGTGGAGAGGCAGGTCCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGATTCTGTAGCTGGTTCTGTAAAGGTTGGTGGAGAGGCAGGTCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTCACACTACCCTGCCACTACAGTGGAGCTGTCACATCCATGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102456 CTGTCACACTACCCTGCCACTACAGTGGAGCTGTCACATCCATGTGCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATAGAGGCTCATGTTCTCTATTCACATGCCAAAATGGCATTGTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102506 AATAGAGGCTCATGTTCTCTATTCACATGCCAAAATGGCATTGTCTGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAATGGAACCCACGTCACCTATCGGAAGGACACACGCTATAAGCTATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102556 CAATGGAACCCACGTCACCTATCGGAAGGACACACGCTATAAGCTATTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGACCTTTCAAGAAGGGATGTCTCTTTGACCATAGAAAATACAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102606 GGGACCTTTCAAGAAGGGATGTCTCTTTGACCATAGAAAATACAGCTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGACAGTGGCGTATATTGTTGCCGTGTTGAGCACCGTGGGTGGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102656 TCTGACAGTGGCGTATATTGTTGCCGTGTTGAGCACCGTGGGTGGTTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGACATGAAAATCACCGTATCATTGGAGATTGTGCCAC         CCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102706 TGACATGAAAATCACCGTATCATTGGAGATTGTGCCACGTA...CAGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGTCACGACTACTCCAATTGTCACAACTGTTCCAACCGTCACGACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105293 AGGTCACGACTACTCCAATTGTCACAACTGTTCCAACCGTCACGACTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGAACGAGCACCACTGTTCCAACGACAACGACTGTTCCAATGACGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105343 CGAACGAGCACCACTGTTCCAACGACAACGACTGTTCCAATGACGACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCAACGACAACTGTTCCAACAACAATGAGCATTCCAACGACAACGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105393 TCCAACGACAACTGTTCCAACAACAATGAGCATTCCAACGACAACGACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTCTGACGACAATGACTGTTTCAACGACAACGAGCGTTCCAACGACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105443 TTCTGACGACAATGACTGTTTCAACGACAACGAGCGTTCCAACGACAACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCATTCCAACAACAACAAGTGTTCCAGTGACAACAACTGTCTCTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105493 AGCATTCCAACAACAACAAGTGTTCCAGTGACAACAACTGTCTCTACCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGTTCCTCCAATGCCTTTGCCCAGGCAGAACCATGAACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105543 TGTTCCTCCAATGCCTTTGCCCAGGCAGAACCATGAACCAGGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAGCCACTTCACCATCTTCACCTCAGCCAGCAGAAACCCACCCTACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108799 TAGCCACTTCACCATCTTCACCTCAGCCAGCAGAAACCCACCCTACGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGCAGGGAGCAATAAGGAGAGAACCCACCAGCTCACCATTGTACTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108849 CTGCAGGGAGCAATAAGGAGAGAACCCACCAGCTCACCATTGTACTCTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CACAACAG         ATGGGAATGACACCGTGACAGAGTCTTCAGATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108899 CACAACAGGTA...TAGATGGGAATGACACCGTGACAGAGTCTTCAGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCCTTTGGAATAACAATCAAACT         CAACTGTTTCTAGAACAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| |||||||||
 115295 GCCTTTGGAATAACAATCAAACTGTA...CAGCAACTGTTCCTAGAACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGTCTACTGACGGCCAATACCACTAAAGGAATCTATGCTGGAGTCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120601 AGTCTACTGACGGCCAATACCACTAAAGGAATCTATGCTGGAGTCTGTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTCTGTCTTGGTGCTTCTTGCTCTTTTGGGTGTCATCATTGCCAAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 120651 TTCTGTCTTGGTGCTTCTTGCTCTTTTGGGTGTCATCATTGCCAAAAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953       AGTATTTCTTCAAAAAGGAGGTTCAACAACTAAG         T
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120701 ...TAGAGTATTTCTTCAAAAAGGAGGTTCAACAACTAAGGTA...CAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTTTCATTTAGCAGCCTTCAAATTAAAGCTTTGCAAAATGCAGTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128104 GTTTCATTTAGCAGCCTTCAAATTAAAGCTTTGCAAAATGCAGTTGAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAAGTCCAAGCAGAAGACAATATCTACATTGAGAATAGTCTTTATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128154 GGAAGTCCAAGCAGAAGACAATATCTACATTGAGAATAGTCTTTATGCCA

   1150     .
   1088 CGGAC
        |||||
 128204 CGGAC