seq1 = pF1KE4348.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE4348/gi568815582f_29967255.tfa (gi568815582f:29967255_30170209), 202955 bp

>pF1KE4348 1092
>gi568815582f:29967255_30170209 (Chr16)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-324  (100196-100407)   100% ->
325-379  (101392-101446)   100% ->
380-540  (101564-101724)   100% ->
541-624  (102052-102135)   100% ->
625-799  (102245-102419)   100% ->
800-999  (102576-102775)   100% ->
1000-1092  (102863-102955)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTACCAATATCCAGCACTGACCCCGGAGCAGAAGAAGGAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCTACCAATATCCAGCACTGACCCCGGAGCAGAAGAAGGAGCTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACATCGCTCACCGCATCGTGGCACCTGGCAAGGGCATCCTGGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACATCGCTCACCGCATCGTGGCACCTGGCAAGGGCATCCTGGCTGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGAGTCCACTG         GGAGCATTGCCAAGCGGCTGCAGTCCATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGAGTCCACTGGTG...CAGGGAGCATTGCCAAGCGGCTGCAGTCCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCACCGAGAACACCGAGGAGAACCGGCGCTTCTACCGCCAGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100225 GGCACCGAGAACACCGAGGAGAACCGGCGCTTCTACCGCCAGCTGCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACAGCTGACGACCGCGTGAACCCCTGCATTGGGGGTGTCATCCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100275 GACAGCTGACGACCGCGTGAACCCCTGCATTGGGGGTGTCATCCTCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGAGACACTCTACCAGAAGGCGGATGATGGGCGTCCCTTCCCCCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100325 ATGAGACACTCTACCAGAAGGCGGATGATGGGCGTCCCTTCCCCCAAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCAAATCCAAGGGCGGTGTTGTGGGCATCAAG         GTAGACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100375 ATCAAATCCAAGGGCGGTGTTGTGGGCATCAAGGTA...CAGGTAGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGCGTGGTCCCCCTGGCAGGGACAAATGGCGAGACTACCACCCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101400 GGGCGTGGTCCCCCTGGCAGGGACAAATGGCGAGACTACCACCCAAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380       GGTTGGATGGGCTGTCTGAGCGCTGTGCCCAGTACAAGAAGGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101450 ...TAGGGTTGGATGGGCTGTCTGAGCGCTGTGCCCAGTACAAGAAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGCTGACTTCGCCAAGTGGCGTTGTGTGCTGAAGATTGGGGAACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101608 GGAGCTGACTTCGCCAAGTGGCGTTGTGTGCTGAAGATTGGGGAACACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCCTCAGCCCTCGCCATCATGGAAAATGCCAATGTTCTGGCCCGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101658 CCCCTCAGCCCTCGCCATCATGGAAAATGCCAATGTTCTGGCCCGTTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAGTATCTGCCAGCAG         AATGGCATTGTGCCCATCGTGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101708 CCAGTATCTGCCAGCAGGTG...CAGAATGGCATTGTGCCCATCGTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGAGATCCTCCCTGATGGGGACCATGACTTGAAGCGCTGCCAGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102076 CCTGAGATCCTCCCTGATGGGGACCATGACTTGAAGCGCTGCCAGTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACCGAGAAG         GTGCTGGCTGCTGTCTACAAGGCTCTGAGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102126 GACCGAGAAGGTA...CAGGTGCTGGCTGCTGTCTACAAGGCTCTGAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCACCACATCTACCTGGAAGGCACCTTGCTGAAGCCCAACATGGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102276 ACCACCACATCTACCTGGAAGGCACCTTGCTGAAGCCCAACATGGTCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCAGGCCATGCTTGCACTCAGAAGTTTTCTCATGAGGAGATTGCCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102326 CCAGGCCATGCTTGCACTCAGAAGTTTTCTCATGAGGAGATTGCCATGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACCGTCACAGCGCTGCGCCGCACAGTGCCCCCCGCTGTCACTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102376 GACCGTCACAGCGCTGCGCCGCACAGTGCCCCCCGCTGTCACTGGTG...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800    GGATCACCTTCCTGTCTGGAGGCCAGAGTGAGGAGGAGGCGTCCATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102573 CAGGGATCACCTTCCTGTCTGGAGGCCAGAGTGAGGAGGAGGCGTCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AACCTCAATGCCATTAACAAGTGCCCCCTGCTGAAGCCCTGGGCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102623 AACCTCAATGCCATTAACAAGTGCCCCCTGCTGAAGCCCTGGGCCCTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTTCTCCTACGGCCGAGCCCTGCAGGCCTCTGCCCTGAAGGCCTGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102673 CTTCTCCTACGGCCGAGCCCTGCAGGCCTCTGCCCTGAAGGCCTGGGGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGAAGAAGGAGAACCTGAAGGCTGCGCAGGAGGAGTATGTCAAGCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102723 GGAAGAAGGAGAACCTGAAGGCTGCGCAGGAGGAGTATGTCAAGCGAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTG         GCCAACAGCCTTGCCTGTCAAGGAAAGTACACTCCGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102773 CTGGTA...TAGGCCAACAGCCTTGCCTGTCAAGGAAAGTACACTCCGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGGTCAGGCTGGGGCTGCTGCCAGCGAGTCCCTCTTCGTCTCTAACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102901 CGGTCAGGCTGGGGCTGCTGCCAGCGAGTCCCTCTTCGTCTCTAACCACG

   1150     .
   1088 CCTAT
        |||||
 102951 CCTAT