seq1 = pF1KE4346.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE4346/gi568815579f_44791515.tfa (gi568815579f:44791515_45003166), 211652 bp

>pF1KE4346 1083
>gi568815579f:44791515_45003166 (Chr19)

1-274  (99902-100175)   100% ->
275-342  (100879-100946)   100% ->
343-435  (101323-101415)   100% ->
436-537  (102266-102367)   100% ->
538-643  (102447-102552)   100% ->
644-766  (109216-109338)   100% ->
767-843  (109514-109590)   100% ->
844-946  (109694-109796)   100% ->
947-1083  (111516-111652)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACGTGTTGGCTGCCAGCTCGCCGCCCGCAGGGCCGCCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99902 ATGGGGAACGTGTTGGCTGCCAGCTCGCCGCCCGCAGGGCCGCCACCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTGCGCCGGCCCTCGTGGGGCTGCCGCCACCTCCGCCCTCGCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99952 GCCTGCGCCGGCCCTCGTGGGGCTGCCGCCACCTCCGCCCTCGCCGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTCACGCTGCCGCCGCTGGGAGGCAGCCTGGGCGCCGGCACCAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100002 GCTTCACGCTGCCGCCGCTGGGAGGCAGCCTGGGCGCCGGCACCAGTACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTCGAAGTTCGGAACGGACCCCCGGGGCTGCAACCGCCAGCGCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100052 AGTCGAAGTTCGGAACGGACCCCCGGGGCTGCAACCGCCAGCGCCTCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCGCCGAGGATGGGGCCTGCGGCTGCCTGCCCAACCCGGGCACATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100102 GGCCGCCGAGGATGGGGCCTGCGGCTGCCTGCCCAACCCGGGCACATTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGAGTGCCACCGGAAGTGCAAGG         AGCTGTTTCCCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100152 AGGAGTGCCACCGGAAGTGCAAGGGTG...CAGAGCTGTTTCCCATTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGAGGGTGTCAAGCTCACAGTCAACAAAGGGTTGAGTAACCATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100896 ATGGAGGGTGTCAAGCTCACAGTCAACAAAGGGTTGAGTAACCATTTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 G         GTCAACCACACAGTAGCCCTCAGCACAATCGGGGAGTCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100946 GGTG...CAGGTCAACCACACAGTAGCCCTCAGCACAATCGGGGAGTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTACCACTTCGGGGTCACATATGTGGGGACAAAGCAGCTGAGTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101363 ACTACCACTTCGGGGTCACATATGTGGGGACAAAGCAGCTGAGTCCCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAG         GCGTTCCCTGTACTGGTGGGTGACATGGACAACAGTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101413 GAGGTG...CAGGCGTTCCCTGTACTGGTGGGTGACATGGACAACAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGTCTCAACGCTCAGGTCATTCACCAGCTGGGCCCCGGTCTCAGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102304 CAGTCTCAACGCTCAGGTCATTCACCAGCTGGGCCCCGGTCTCAGGTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGATGGCCATCCAG         ACCCAGCAGTCGAAGTTTGTGAACTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102354 AGATGGCCATCCAGGTG...CAGACCCAGCAGTCGAAGTTTGTGAACTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGGTGGACGGGGAGTATCGGGGCTCTGACTTCACAGCAGCCGTCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102474 CAGGTGGACGGGGAGTATCGGGGCTCTGACTTCACAGCAGCCGTCACCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGGAACCCAGACGTCCTCGTGGGTTCAG         GAATCCTCGTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102524 GGGGAACCCAGACGTCCTCGTGGGTTCAGGTA...CAGGAATCCTCGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCACTACCTCCAGAGCATCACGCCTTGCCTGGCCCTGGGTGGAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109228 CCCACTACCTCCAGAGCATCACGCCTTGCCTGGCCCTGGGTGGAGAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCTACCACCGGCGGCCTGGAGAGGAGGGCACTGTCATGTCTCTAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109278 GTCTACCACCGGCGGCCTGGAGAGGAGGGCACTGTCATGTCTCTAGCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAATACACAT         TGAACAACTGGTTGGCAACGGTAACGTTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109328 GAAATACACATGTG...CAGTGAACAACTGGTTGGCAACGGTAACGTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCCAGGCGGGCATGCACGCAACATACTACCACAAAGCCAGTGACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109544 GCCAGGCGGGCATGCACGCAACATACTACCACAAAGCCAGTGACCAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       CTGCAGGTGGGTGTGGAGTTTGAGGCCAGCACAAGGATGCAGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109594 ...CAGCTGCAGGTGGGTGTGGAGTTTGAGGCCAGCACAAGGATGCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CACCAGCGTCTCCTTCGGGTACCAGCTGGACCTGCCCAAGGCCAACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109738 CACCAGCGTCTCCTTCGGGTACCAGCTGGACCTGCCCAAGGCCAACCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCTTCAAAG         GCTCTGTGGATAGCAACTGGATCGTGGGTGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109788 TCTTCAAAGGTA...CAGGCTCTGTGGATAGCAACTGGATCGTGGGTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACGCTGGAGAAGAAGCTCCCACCCCTGCCCCTGACACTGGCCCTTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111548 ACGCTGGAGAAGAAGCTCCCACCCCTGCCCCTGACACTGGCCCTTGGGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTCCTGAATCACCGCAAGAACAAGTTTCAGTGTGGCTTTGGCCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111598 CTTCCTGAATCACCGCAAGAACAAGTTTCAGTGTGGCTTTGGCCTCACCA

   1150     .
   1079 TCGGC
        |||||
 111648 TCGGC