seq1 = pF1KE4344.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KE4344/gi568815575r_111201690.tfa (gi568815575r:111201690_111510398), 308709 bp

>pF1KE4344 1080
>gi568815575r:111201690_111510398 (ChrX)

(complement)

1-364  (100001-100364)   100% ->
365-705  (109069-109409)   100% ->
706-808  (177246-177348)   100% ->
809-931  (179358-179480)   100% ->
932-1026  (197663-197757)   100% ->
1027-1080  (208656-208709)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACTTGATTTTGGACACTTTGACGAAAGAGATAAGACATCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACTTGATTTTGGACACTTTGACGAAAGAGATAAGACATCCAGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGCGAGGCTCCCGGATGAATGGGTTGCCTAGCCCCACTCACAGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGCGAGGCTCCCGGATGAATGGGTTGCCTAGCCCCACTCACAGCGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTGTAGCTTCTACCGAACCAGAACCTTGCAGGCACTGAGTAATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTGTAGCTTCTACCGAACCAGAACCTTGCAGGCACTGAGTAATGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGCCAAGAAGGTACGTTTCTACCGCAATGGGGACCGCTACTTCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGCCAAGAAGGTACGTTTCTACCGCAATGGGGACCGCTACTTCAAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATTGTGTACGCTGTGTCCTCTGACCGTTTTCGCAGCTTTGACGCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATTGTGTACGCTGTGTCCTCTGACCGTTTTCGCAGCTTTGACGCCTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCTGACCTGACGCGATCTCTGTCTGACAACATCAACCTGCCTCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCTGACCTGACGCGATCTCTGTCTGACAACATCAACCTGCCTCAGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCGTTACATTTACACCATTGATGGATCCAGGAAGATCGGAAGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCGTTACATTTACACCATTGATGGATCCAGGAAGATCGGAAGCATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAACTGGAGGAAG         GGGAAAGCTATGTCTGTTCCTCAGACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGAACTGGAGGAAGGTA...TAGGGGAAAGCTATGTCTGTTCCTCAGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACTTCTTTAAAAAGGTGGAGTACACCAAGAATGTCAATCCCAACTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109096 ACTTCTTTAAAAAGGTGGAGTACACCAAGAATGTCAATCCCAACTGGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTCAACGTAAAAACATCTGCCAATATGAAAGCCCCCCAGTCCTTGGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109146 GTCAACGTAAAAACATCTGCCAATATGAAAGCCCCCCAGTCCTTGGCTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGCAACAGTGCACAGGCCAGGGAGAACAAGGACTTTGTGCGCCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109196 CAGCAACAGTGCACAGGCCAGGGAGAACAAGGACTTTGTGCGCCCCAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGTTACCATCATCCGCAGTGGGGTGAAGCCTCGGAAGGCTGTGCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109246 TGGTTACCATCATCCGCAGTGGGGTGAAGCCTCGGAAGGCTGTGCGTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTTCTGAACAAGAAGACAGCCCACTCTTTTGAGCAAGTCCTCACTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109296 CTTCTGAACAAGAAGACAGCCCACTCTTTTGAGCAAGTCCTCACTGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CACAGAAGCCATCAAACTGGAGACCGGGGTTGTCAAAAAACTCTACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109346 CACAGAAGCCATCAAACTGGAGACCGGGGTTGTCAAAAAACTCTACACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGATGGAAAACAG         GTAACTTGTCTCCATGATTTCTTTGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109396 TGGATGGAAAACAGGTA...TAGGTAACTTGTCTCCATGATTTCTTTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GATGATGATGTGTTTATTGCCTGTGGTCCTGAAAAATTTCGCTATGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177273 GATGATGATGTGTTTATTGCCTGTGGTCCTGAAAAATTTCGCTATGCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGATGATTTTTCTCTGGATGAAAATG         AATGCCGAGTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 177323 GGATGATTTTTCTCTGGATGAAAATGGTA...CAGAATGCCGAGTCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGGGAAACCCATCAGCCACAGCTGGCCCAAAGGCATCCCCAACACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179373 AGGGAAACCCATCAGCCACAGCTGGCCCAAAGGCATCCCCAACACCTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAGACTTCAGCCAAGAGCCCTGGTCCTATGCGCCGAAGCAAGTCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179423 AAGACTTCAGCCAAGAGCCCTGGTCCTATGCGCCGAAGCAAGTCTCCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGACTCAG         CAAACGGAACCTCCAGCAGCCAGCTCTCTACCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 179473 TGACTCAGGTA...TAGCAAACGGAACCTCCAGCAGCCAGCTCTCTACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCAAGTCTAAGCAGTCTCCCATCTCTACGCCCACCAGTCCTGGCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197696 CCAAGTCTAAGCAGTCTCCCATCTCTACGCCCACCAGTCCTGGCAGCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CGGAAGCACAAG         GACCTGTACCTGCCTCTGTCCTTGGATGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 197746 CGGAAGCACAAGGTA...TAGGACCTGTACCTGCCTCTGTCCTTGGATGA

   1100     .    :    .    :    .
   1056 CTCGGACTCGCTTGGTGATTCCATG
        |||||||||||||||||||||||||
 208685 CTCGGACTCGCTTGGTGATTCCATG