seq1 = pF1KE4343.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE4343/gi568815583r_63226288.tfa (gi568815583r:63226288_63481720), 255433 bp

>pF1KE4343 1062
>gi568815583r:63226288_63481720 (Chr15)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-106  (106043-106063)   100% ->
107-286  (135012-135191)   100% ->
287-429  (136102-136244)   100% ->
430-525  (139624-139719)   100% ->
526-589  (140938-141001)   100% ->
590-747  (141276-141433)   100% ->
748-874  (142776-142902)   100% ->
875-907  (153591-153623)   100% ->
908-992  (154488-154572)   100% ->
993-1062  (155364-155433)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCGGCGCAGCCTGCACGCGGCGGCCGTGCTCCTGCTGGTGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCGGCGCAGCCTGCACGCGGCGGCCGTGCTCCTGCTGGTGATCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGGAACAGCCTTCCAGCCCGGCCCCAGTGAACG         GTTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 AAAGGAACAGCCTTCCAGCCCGGCCCCAGTGAACGGTA...TAGGTTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTGGACTTATTTTG         GTCCTGATGGGGAGAATAGCTGGTCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106049 AGTGGACTTATTTTGGTA...CAGGTCCTGATGGGGAGAATAGCTGGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGAAGTACCCGTCGTGTGGGGGCCTGCTGCAGTCCCCCATAGACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135038 AAGAAGTACCCGTCGTGTGGGGGCCTGCTGCAGTCCCCCATAGACCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGTGACATCCTCCAGTATGACGCCAGCCTCACGCCCCTCGAGTTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135088 CAGTGACATCCTCCAGTATGACGCCAGCCTCACGCCCCTCGAGTTCCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTACAATCTGTCTGCCAACAAGCAGTTTCTCCTGACCAACAATGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135138 GCTACAATCTGTCTGCCAACAAGCAGTTTCTCCTGACCAACAATGGCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAG         TGAAGCTGAACCTGCCCTCGGACATGCACATCCAGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135188 TCAGGTG...CAGTGAAGCTGAACCTGCCCTCGGACATGCACATCCAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTCCAGTCTCGCTACAGTGCCACGCAGCTGCACCTGCACTGGGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136139 CCTCCAGTCTCGCTACAGTGCCACGCAGCTGCACCTGCACTGGGGGAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGAATGACCCGCACGGCTCTGAGCACACCGTCAGCGGACAGCACTTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136189 CGAATGACCCGCACGGCTCTGAGCACACCGTCAGCGGACAGCACTTCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCGAG         CTGCACATTGTCCATTATAACTCAGACCTTTATCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136239 GCCGAGGTA...CAGCTGCACATTGTCCATTATAACTCAGACCTTTATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGACGCCAGCACTGCCAGCAACAAGTCAGAAGGCCTCGCTGTCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139659 TGACGCCAGCACTGCCAGCAACAAGTCAGAAGGCCTCGCTGTCCTGGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTCTCATTGAG         ATGGGCTCCTTCAATCCGTCCTATGACAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 139709 TTCTCATTGAGGTA...CAGATGGGCTCCTTCAATCCGTCCTATGACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATCTTCAGTCACCTTCAACATGTAAAGTACAAAG         GCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 140968 ATCTTCAGTCACCTTCAACATGTAAAGTACAAAGGTG...TAGGCCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGCATTCGTCCCGGGATTCAACATTGAAGAGCTGCTTCCGGAGAGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141283 AGCATTCGTCCCGGGATTCAACATTGAAGAGCTGCTTCCGGAGAGGACCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGAATATTACCGCTACCGGGGGTCCCTGACCACACCCCCTTGCAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141333 CTGAATATTACCGCTACCGGGGGTCCCTGACCACACCCCCTTGCAACCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTGTGCTCTGGACAGTTTTCCGAAACCCCGTGCAAATTTCCCAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141383 ACTGTGCTCTGGACAGTTTTCCGAAACCCCGTGCAAATTTCCCAGGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         CTGCTGGCTTTGGAGACAGCCCTGTACTGCACACACATGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141433 GGTA...CAGCTGCTGGCTTTGGAGACAGCCCTGTACTGCACACACATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACGACCCTTCCCCCAGAGAAATGATCAACAACTTCCGGCAGGTCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142816 ACGACCCTTCCCCCAGAGAAATGATCAACAACTTCCGGCAGGTCCAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTCGATGAGAGGCTGGTATACACCTCCTTCTCCCAAG         TGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 142866 TTCGATGAGAGGCTGGTATACACCTCCTTCTCCCAAGGTG...AAGTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGTCTGTACTGCGGCAGGACTGAGTCTGG         GCATCATCCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 153595 AGTCTGTACTGCGGCAGGACTGAGTCTGGGTA...CAGGCATCATCCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CACTGGCCCTGGCTGGCATTCTTGGCATCTGTATTGTGGTGGTGGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154500 CACTGGCCCTGGCTGGCATTCTTGGCATCTGTATTGTGGTGGTGGTGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATTTGGCTTTTCAGAAGGAAGAG         TATCAAAAAAGGTGATAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 154550 ATTTGGCTTTTCAGAAGGAAGAGGTG...TAGTATCAAAAAAGGTGATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAAGGGAGTCATTTACAAGCCAGCCACCAAGATGGAGACTGAGGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155382 CAAGGGAGTCATTTACAAGCCAGCCACCAAGATGGAGACTGAGGCCCACG

   1150 
   1061 CT
        ||
 155432 CT