seq1 = pF1KE4337.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KE4337/gi568815597r_23695952.tfa (gi568815597r:23695952_23899007), 203056 bp

>pF1KE4337 1044
>gi568815597r:23695952_23899007 (Chr1)

(complement)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-237  (100278-100393)   100% ->
238-351  (100778-100891)   100% ->
352-528  (101137-101313)   100% ->
529-642  (101861-101974)   100% ->
643-709  (102066-102132)   100% ->
710-795  (102226-102311)   100% ->
796-873  (102422-102499)   100% ->
874-988  (102743-102857)   100% ->
989-1044  (103001-103056)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGAAGGTGCTGGTAACAGGTGGGGCTGGCTACATTGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGAAGGTGCTGGTAACAGGTGGGGCTGGCTACATTGGCAGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGGTGCTGGAGCTGCTGGAGGCTGGCTACTTGCCTGTGGTCATCGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACGGTGCTGGAGCTGCTGGAGGCTGGCTACTTGCCTGTGGTCATCGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCCATAATGCCTTCCGTG         GAGGGGGCTCCCTGCCTGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCCATAATGCCTTCCGTGGTG...CAGGAGGGGGCTCCCTGCCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCTGCGGCGGGTCCAGGAGCTGACAGGCCGCTCTGTGGAGTTTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 AGCCTGCGGCGGGTCCAGGAGCTGACAGGCCGCTCTGTGGAGTTTGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGGACATTTTGGACCAGGGAGCCCTACAGCGTCTCTTCAAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100348 GATGGACATTTTGGACCAGGGAGCCCTACAGCGTCTCTTCAAAAAGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      TACAGCTTTATGGCGGTCATCCACTTTGCGGGGCTCAAGGCCGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100398 ..CAGTACAGCTTTATGGCGGTCATCCACTTTGCGGGGCTCAAGGCCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCGAGTCGGTGCAGAAGCCTCTGGATTATTACAGAGTTAACCTGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100823 GGCGAGTCGGTGCAGAAGCCTCTGGATTATTACAGAGTTAACCTGACCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACCATCCAGCTTCTGGAG         ATCATGAAGGCCCACGGGGTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100873 GACCATCCAGCTTCTGGAGGTG...CAGATCATGAAGGCCCACGGGGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAACCTGGTGTTCAGCAGCTCAGCCACTGTGTACGGGAACCCCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 AGAACCTGGTGTTCAGCAGCTCAGCCACTGTGTACGGGAACCCCCAGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCCCCTTGATGAGGCCCACCCCACGGGTGGTTGTACCAACCCTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 CTGCCCCTTGATGAGGCCCACCCCACGGGTGGTTGTACCAACCCTTACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAGTCCAAGTTCTTCATCGAGGAAATGATCCGGGACCTGTGCCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101259 CAAGTCCAAGTTCTTCATCGAGGAAATGATCCGGGACCTGTGCCAGGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAAG         ACTTGGAACGCAGTGCTGCTGCGCTATTTCAACCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101309 ACAAGGTG...CAGACTTGGAACGCAGTGCTGCTGCGCTATTTCAACCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGGTGCCCATGCCTCTGGCTGCATTGGTGAGGATCCCCAGGGCATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101897 ACAGGTGCCCATGCCTCTGGCTGCATTGGTGAGGATCCCCAGGGCATACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACAACCTCATGCCTTATGTCTCCCAG         GTGGCGATCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101947 CAACAACCTCATGCCTTATGTCTCCCAGGTA...CAGGTGGCGATCGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GACGGGAGGCCCTGAATGTCTTTGGCAATGACTATGACACAGAGGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102079 GACGGGAGGCCCTGAATGTCTTTGGCAATGACTATGACACAGAGGATGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACAG         GTGTCCGGGATTACATCCATGTCGTGGATCTGGCCAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 ACAGGTG...CAGGTGTCCGGGATTACATCCATGTCGTGGATCTGGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGCCACATTGCAGCCTTAAGGAAGCTGAAAGAACAGTGTGGCTGCCGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102263 GGGCCACATTGCAGCCTTAAGGAAGCTGAAAGAACAGTGTGGCTGCCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796         ATCTACAACCTGGGCACGGGCACAGGCTATTCAGTGCTGCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102313 TA...CAGATCTACAACCTGGGCACGGGCACAGGCTATTCAGTGCTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATGGTCCAGGCTATGGAGAAGGCCTCTGGGAAGAAG         ATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102464 ATGGTCCAGGCTATGGAGAAGGCCTCTGGGAAGAAGGTA...CAGATCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTACAAGGTGGTGGCACGGCGGGAAGGTGATGTGGCAGCCTGTTACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102748 GTACAAGGTGGTGGCACGGCGGGAAGGTGATGTGGCAGCCTGTTACGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCCCAGCCTGGCCCAAGAGGAGCTGGGGTGGACAGCAGCCTTAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102798 ACCCCAGCCTGGCCCAAGAGGAGCTGGGGTGGACAGCAGCCTTAGGGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GACAGGATGT         GTGAGGATCTCTGGCGCTGGCAGAAGCAGAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102848 GACAGGATGTGTG...CAGGTGAGGATCTCTGGCGCTGGCAGAAGCAGAA

   1100     .    :    .    :    .
   1020 TCCTTCAGGCTTTGGCACGCAAGCC
        |||||||||||||||||||||||||
 103032 TCCTTCAGGCTTTGGCACGCAAGCC