seq1 = pF1KE4333.tfa, 1029 bp
seq2 = pF1KE4333/gi568815582r_31032012.tfa (gi568815582r:31032012_31235498), 203487 bp

>pF1KE4333 1029
>gi568815582r:31032012_31235498 (Chr16)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-103  (100328-100345)   100% ->
104-266  (102111-102273)   100% ->
267-538  (102546-102817)   100% ->
539-705  (102904-103070)   100% ->
706-1029  (103164-103487)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGAAGGGGGTCCTGGGGCCTGGGCAGCTGGGGGCTGTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGAAGGGGGTCCTGGGGCCTGGGCAGCTGGGGGCTGTGGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCTCTATCTTGGATTACTCCGGTCGGGGACAG         GAGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 TCTGCTCTATCTTGGATTACTCCGGTCGGGGACAGGTA...TAGGAGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGGGGCAGAAG         CTCCCTGCGGTGTGGCCCCCCAAGCACGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100334 AAGGGGCAGAAGGTG...CAGCTCCCTGCGGTGTGGCCCCCCAAGCACGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATCACAGGTGGCAGCAGTGCAGTCGCCGGTCAGTGGCCCTGGCAGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102140 ATCACAGGTGGCAGCAGTGCAGTCGCCGGTCAGTGGCCCTGGCAGGTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCACCTATGAAGGCGTCCATGTGTGTGGTGGCTCTCTCGTGTCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102190 CATCACCTATGAAGGCGTCCATGTGTGTGGTGGCTCTCTCGTGTCTGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTGGGTGCTGTCAGCTGCTCACTGCTTCCCCAG         CGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102240 AGTGGGTGCTGTCAGCTGCTCACTGCTTCCCCAGGTA...CAGCGAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACAAGGAAGCCTATGAGGTCAAGCTGGGGGCCCACCAGCTAGACTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102553 CACAAGGAAGCCTATGAGGTCAAGCTGGGGGCCCACCAGCTAGACTCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCCGAGGACGCCAAGGTCAGCACCCTGAAGGACATCATCCCCCACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102603 CTCCGAGGACGCCAAGGTCAGCACCCTGAAGGACATCATCCCCCACCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTACCTCCAGGAGGGCTCCCAGGGCGACATTGCACTCCTCCAACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102653 GCTACCTCCAGGAGGGCTCCCAGGGCGACATTGCACTCCTCCAACTCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGACCCATCACCTTCTCCCGCTACATCCGGCCCATCTGCCTCCCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102703 AGACCCATCACCTTCTCCCGCTACATCCGGCCCATCTGCCTCCCTGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACGCCTCCTTCCCCAACGGCCTCCACTGCACTGTCACTGGCTGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102753 CAACGCCTCCTTCCCCAACGGCCTCCACTGCACTGTCACTGGCTGGGGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGTGGCCCCCTCAG         TGAGCCTCCTGACGCCCAAGCCACTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102803 ATGTGGCCCCCTCAGGTG...CAGTGAGCCTCCTGACGCCCAAGCCACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGCAACTCGAGGTGCCTCTGATCAGTCGTGAGACGTGTAACTGCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102930 CAGCAACTCGAGGTGCCTCTGATCAGTCGTGAGACGTGTAACTGCCTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACATCGACGCCAAGCCTGAGGAGCCGCACTTTGTCCAAGAGGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102980 CAACATCGACGCCAAGCCTGAGGAGCCGCACTTTGTCCAAGAGGACATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTGTGCTGGCTATGTGGAGGGGGGCAAGGACGCCTGCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103030 TGTGTGCTGGCTATGTGGAGGGGGGCAAGGACGCCTGCCAGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTGACTCTGGGGGCCCACTCTCCTGCCCTGTGGAGGGTCTCTGGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103164 GGTGACTCTGGGGGCCCACTCTCCTGCCCTGTGGAGGGTCTCTGGTACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACGGGCATTGTGAGCTGGGGAGATGCCTGTGGGGCCCGCAACAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103214 GACGGGCATTGTGAGCTGGGGAGATGCCTGTGGGGCCCGCAACAGGCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGTGTACACTCTGGCCTCCAGCTATGCCTCCTGGATCCAAAGCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103264 GTGTGTACACTCTGGCCTCCAGCTATGCCTCCTGGATCCAAAGCAAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACAGAACTCCAGCCTCGTGTGGTGCCCCAAACCCAGGAGTCCCAGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103314 ACAGAACTCCAGCCTCGTGTGGTGCCCCAAACCCAGGAGTCCCAGCCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGCAACCTCTGTGGCAGCCACCTGGCCTTCAGCTCTGCCCCAGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103364 CAGCAACCTCTGTGGCAGCCACCTGGCCTTCAGCTCTGCCCCAGCCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCTTGCTGAGGCCCATCCTTTTCCTGCCTCTGGGCCTGGCTCTGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103414 GCTTGCTGAGGCCCATCCTTTTCCTGCCTCTGGGCCTGGCTCTGGGCCTC

   1050     .    :    .    :
   1006 CTCTCCCCATGGCTCAGCGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||
 103464 CTCTCCCCATGGCTCAGCGAGCAC