seq1 = pF1KE4332.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KE4332/gi568815579f_54639506.tfa (gi568815579f:54639506_54756112), 116607 bp

>pF1KE4332 1023
>gi568815579f:54639506_54756112 (Chr19)

1-34  (99041-99074)   100% ->
35-70  (100002-100037)   100% ->
71-370  (102475-102774)   100% ->
371-664  (104290-104583)   100% ->
665-715  (107830-107880)   98% ->
716-820  (112144-112248)   100% ->
821-873  (112711-112763)   100% ->
874-1023  (112862-113011)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTCATGGTCGTCAGCATGGTGTGTGTTG         GGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99041 ATGTCGCTCATGGTCGTCAGCATGGTGTGTGTTGGTG...CAGGGTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACATGAGG         GAGTCCACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100009 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACATGAGGGTG...TAGGAGTCCACAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACCTTCCCTCCTGGCCCACCCAGGTCCCCTGGTGAAATCAGAAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102487 AACCTTCCCTCCTGGCCCACCCAGGTCCCCTGGTGAAATCAGAAGAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTCATCCTGCAATGTTGGTCAGATGTCAGGTTTCAGCACTTCCTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102537 GTCATCCTGCAATGTTGGTCAGATGTCAGGTTTCAGCACTTCCTTCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGAGAAGGGAAGTTTAAGGACACTTTGCACCTCATTGGAGAGCACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102587 CAGAGAAGGGAAGTTTAAGGACACTTTGCACCTCATTGGAGAGCACCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGGTCTCCAAGGCCAACTTCTCCATCGGTCCCATGATGCAAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102637 ATGGGGTCTCCAAGGCCAACTTCTCCATCGGTCCCATGATGCAAGACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGGGACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTACTCACTCCCCCTATCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102687 GCAGGGACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTACTCACTCCCCCTATCAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATCGTCATCACAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102737 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATCGTCATCACAGGTG...CAGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCCGGGCCCCACGGTTCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104293 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCCGGGCCCCACGGTTCTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGAGAGCGTGACCTTGTCCTGCAGCTCCCGGAGCTCCTATGACATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104343 GGAGAGAGCGTGACCTTGTCCTGCAGCTCCCGGAGCTCCTATGACATGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATCTATCCAGGGAGGGGGAGGCCCATGAACGTAGGTTCTCTGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104393 CCATCTATCCAGGGAGGGGGAGGCCCATGAACGTAGGTTCTCTGCAGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAAGGTCAACGGAACATTCCAGGCCGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104443 CCAAGGTCAACGGAACATTCCAGGCCGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACGGAGGAACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCGTGACTCTCCATACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104493 CACGGAGGAACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCGTGACTCTCCATACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGGTCAAACTCGAGTGACCCACTGCTTGTTTCTGTCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104543 GTGGTCAAACTCGAGTGACCCACTGCTTGTTTCTGTCACAGGTG...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCTTTCACCCACTGAACCAAGCTCCGAAACC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 107830 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCCTTCACCCACTGAACCAAGCTCCGAAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         GTAACCCCAGACACCTGCATGTTCTGATTGGGACCTCAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107880 GGTG...CAGGTAACCCCAGACACCTGCATGTTCTGATTGGGACCTCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTCATCATCCTCTTCATCCTCCTCCTCTTCTTTCTCCTTCATCGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112184 GGTCATCATCCTCTTCATCCTCCTCCTCTTCTTTCTCCTTCATCGCTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTGCAACAAAAAAA         ATGCTGTTGTAATGGACCAAGAGCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112234 GCTGCAACAAAAAAAGTA...CAGATGCTGTTGTAATGGACCAAGAGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAGGGAACAGAACAGTGAACAGGGAG         GACTCTGATGAACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112737 GCAGGGAACAGAACAGTGAACAGGGAGGTA...CAGGACTCTGATGAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGACCCTCAGGAGGTGACATATGCACAGTTGAATCACTGCGTTTTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112876 AGACCCTCAGGAGGTGACATATGCACAGTTGAATCACTGCGTTTTCACAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGAGAAAAATCACTCACCCTTCTCAGAGGCCCAAGACACCCCCAACAGAT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112926 AGAGAAAAATCACTCGCCCTTCTCAGAGGCCCAAGACACCCCCAACAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    988 ATCATCGTGTACACGGAACTTCCAAATGCTGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112976 ATCATCGTGTACACGGAACTTCCAAATGCTGAGCCC