seq1 = pF1KE4331.tfa, 1014 bp
seq2 = pF1KE4331/gi568815591f_75948161.tfa (gi568815591f:75948161_76166407), 218247 bp

>pF1KE4331 1014
>gi568815591f:75948161_76166407 (Chr7)

1-66  (100001-100066)   98% ->
67-235  (106670-106838)   100% ->
236-319  (109250-109333)   100% ->
320-429  (109809-109918)   100% ->
430-555  (112213-112338)   100% ->
556-633  (115355-115432)   100% ->
634-733  (116179-116278)   100% ->
734-885  (116642-116793)   100% ->
886-1014  (118119-118247)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCTCCGCCCTCGCCCGGCCTGTCAGCGCTGCTCTCCGCCGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCTCCGCCCTCGCCCGGCCTGCCAGCGCTGCTCTCCGCCGCAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCACCTCGGCCCAG         AACAATGCTAAAGTAGCTGTGCTAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCACCTCGGCCCAGGTA...TAGAACAATGCTAAAGTAGCTGTGCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGCCTCTGGAGGCATCGGGCAGCCACTTTCACTTCTCCTGAAGAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106695 GGGCCTCTGGAGGCATCGGGCAGCCACTTTCACTTCTCCTGAAGAACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTTGGTGAGCCGCCTGACCCTCTATGATATCGCGCACACACCCGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106745 CCCTTGGTGAGCCGCCTGACCCTCTATGATATCGCGCACACACCCGGAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCGCAGATCTGAGCCACATCGAGACCAAAGCCGCTGTGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106795 GGCCGCAGATCTGAGCCACATCGAGACCAAAGCCGCTGTGAAAGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    GCTACCTCGGACCTGAACAGCTGCCTGACTGCCTGAAAGGTTGTGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109247 TAGGCTACCTCGGACCTGAACAGCTGCCTGACTGCCTGAAAGGTTGTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGTAGTTATTCCGGCTGGAGTCCCCAGAAAGCCAG         GCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109297 GTGGTAGTTATTCCGGCTGGAGTCCCCAGAAAGCCAGGTT...CAGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACCCGGGACGACCTGTTCAACACCAATGCCACGATTGTGGCCACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109813 GACCCGGGACGACCTGTTCAACACCAATGCCACGATTGTGGCCACCCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCGCTGCCTGTGCCCAGCACTGCCCGGAAGCCATGATCTGCGTCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109863 CCGCTGCCTGTGCCCAGCACTGCCCGGAAGCCATGATCTGCGTCATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATCCG         GTTAATTCCACCATCCCCATCACAGCAGAAGTTTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109913 AATCCGGTG...TAGGTTAATTCCACCATCCCCATCACAGCAGAAGTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGAAGCATGGAGTGTACAACCCCAACAAAATCTTCGGCGTGACGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112248 CAAGAAGCATGGAGTGTACAACCCCAACAAAATCTTCGGCGTGACGACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGACATCGTCAGAGCCAACACCTTTGTTGCAGAGCTGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112298 TGGACATCGTCAGAGCCAACACCTTTGTTGCAGAGCTGAAGGTA...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGTTTGGATCCAGCTCGAGTCAACGTCCCTGTCATTGGTGGCCATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115355 GGTTTGGATCCAGCTCGAGTCAACGTCCCTGTCATTGGTGGCCATGCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAAGACCATCATCCCCCTGATCTCTCAG         TGCACCCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115405 GAAGACCATCATCCCCCTGATCTCTCAGGTA...CAGTGCACCCCCAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGACTTTCCCCAGGACCAGCTGACAGCACTCACTGGGCGGATCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116192 TGGACTTTCCCCAGGACCAGCTGACAGCACTCACTGGGCGGATCCAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCGGCACGGAGGTGGTCAAGGCTAAAGCCGGAGCAG         GCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 116242 GCCGGCACGGAGGTGGTCAAGGCTAAAGCCGGAGCAGGTA...TAGGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCCACCCTCTCCATGGCGTATGCCGGCGCCCGCTTTGTCTTCTCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116646 TGCCACCCTCTCCATGGCGTATGCCGGCGCCCGCTTTGTCTTCTCCCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGATGCAATGAATGGAAAGGAAGGTGTTGTGGAATGTTCCTTCGTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116696 TGGATGCAATGAATGGAAAGGAAGGTGTTGTGGAATGTTCCTTCGTTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCACAGGAAACGGAATGTACCTACTTCTCCACACCGCTGCTGCTTGGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116746 TCACAGGAAACGGAATGTACCTACTTCTCCACACCGCTGCTGCTTGGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886        AAAAAGGGCATCGAGAAGAACCTGGGCATCGGCAAAGTCTCCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116796 A...CAGAAAAAGGGCATCGAGAAGAACCTGGGCATCGGCAAAGTCTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTTTTGAGGAGAAGATGATCTCGGATGCCATCCCCGAGCTGAAGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118162 CTTTTGAGGAGAAGATGATCTCGGATGCCATCCCCGAGCTGAAGGCCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    979 ATCAAGAAGGGGGAAGATTTCGTGAAGACCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118212 ATCAAGAAGGGGGAAGATTTCGTGAAGACCCTGAAG