seq1 = pF1KE4328.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE4328/gi568815592f_110775106.tfa (gi568815592f:110775106_110993613), 218508 bp

>pF1KE4328 1002
>gi568815592f:110775106_110993613 (Chr6)

1-110  (100001-100110)   100% ->
111-197  (112400-112486)   100% ->
198-324  (113752-113878)   100% ->
325-427  (115149-115251)   100% ->
428-470  (117056-117098)   100% ->
471-615  (117194-117338)   100% ->
616-708  (117630-117722)   100% ->
709-864  (117805-117960)   100% ->
865-1002  (118371-118508)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCTGCACATTTTTTCGAAGGGACCGAGAAGCTGCTGGAGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCTGCACATTTTTTCGAAGGGACCGAGAAGCTGCTGGAGGTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCTCCCGGCAGCAGCCCGACGCAAACCAAGGATCTGGGGATCTTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCTCCCGGCAGCAGCCCGACGCAAACCAAGGATCTGGGGATCTTCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTATCCCAAG         ATCTGAGTGGGACATACTTTTGAAGGATGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTATCCCAAGGTG...TAGATCTGAGTGGGACATACTTTTGAAGGATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAATGTTCAATCATAAGTGTGACAAAAACTGACAAGCAGGAAGCTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112431 CAATGTTCAATCATAAGTGTGACAAAAACTGACAAGCAGGAAGCTTATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTCAG         TGAGAGTAGCATGTTTGTCTCCAAGAGACGTTTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112481 ACTCAGGTA...CAGTGAGAGTAGCATGTTTGTCTCCAAGAGACGTTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTTGAAGACATGTGGTACCACCCTCTTGCTGAAAGCACTGGTTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113787 TTTTGAAGACATGTGGTACCACCCTCTTGCTGAAAGCACTGGTTCCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGAAGCTTGCTAGGGATTACAGTGGGTTTGACTCAATTCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113837 TTGAAGCTTGCTAGGGATTACAGTGGGTTTGACTCAATTCAAGTA...AA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  AGCTTCTTTTATTCTCGTAAGAATTTCATGAAGCCTTCTCACCAAGGGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115148 GAGCTTCTTTTATTCTCGTAAGAATTTCATGAAGCCTTCTCACCAAGGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCCACACCGGAATTTCCAGGAAGAAATAGAGTTTCTTAATGCAATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115198 ACCCACACCGGAATTTCCAGGAAGAAATAGAGTTTCTTAATGCAATTTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAA         ATGGAGCAGCATATTGTATGGGACGTATGAATTCTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115248 CCAAGTA...CAGATGGAGCAGCATATTGTATGGGACGTATGAATTCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTGTTG         GTACTTATATACTCTGGATTTCCCAGAGAGTCGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117093 CTGTTGGTA...TAGGTACTTATATACTCTGGATTTCCCAGAGAGTCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAATCAGTCAGCCAGATCAAACCTTGGAAATTCTGATGAGTGAGCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117229 TAATCAGTCAGCCAGATCAAACCTTGGAAATTCTGATGAGTGAGCTTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCAGCAGTTATGGACCAGTTCTACATGAAAGATGGTGTTACTGCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117279 CCAGCAGTTATGGACCAGTTCTACATGAAAGATGGTGTTACTGCAAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTCACTCGT         GAGAGTGGAATTCGTGACCTGATACCAGGTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117329 TGTCACTCGTGTA...CAGGAGAGTGGAATTCGTGACCTGATACCAGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGTCATTGATGCCACAATGTTCAATCCTTGTGGGTATTCGATGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117661 CTGTCATTGATGCCACAATGTTCAATCCTTGTGGGTATTCGATGAATGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGAAATCGGAT         GGAACTTATTGGACTATTCACATCACTCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117711 ATGAAATCGGATGTG...CAGGGAACTTATTGGACTATTCACATCACTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAACCAGAATTTTCTTATGTTAGCTTTGAAACAAACTTAAGTCAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117834 AGAACCAGAATTTTCTTATGTTAGCTTTGAAACAAACTTAAGTCAGACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCTATGATGACCTGATCAGGAAAGTTGTAGAAGTCTTCAAGCCAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117884 CCTATGATGACCTGATCAGGAAAGTTGTAGAAGTCTTCAAGCCAGGAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTGTGACCACCTTGTTTGTTAATCAG         AGTTCTAAATGTCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117934 TTTGTGACCACCTTGTTTGTTAATCAGGTA...CAGAGTTCTAAATGTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACAGTGCTTGCTTCGCCCCAGAAGATTGAAGGTTTTAAGCGTCTTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118385 CACAGTGCTTGCTTCGCCCCAGAAGATTGAAGGTTTTAAGCGTCTTGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCAGAGTGCTATGTTCAATGATTACAATTTTGTTTTTACCAGTTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118435 GCCAGAGTGCTATGTTCAATGATTACAATTTTGTTTTTACCAGTTTTGCT

   1050     .    :    .    :
    979 AAGAAGCAGCAACAACAGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||
 118485 AAGAAGCAGCAACAACAGCAGAGT