seq1 = pF1KE4327.tfa, 996 bp
seq2 = pF1KE4327/gi568815574f_57087926.tfa (gi568815574f:57087926_57296369), 139490 bp

>pF1KE4327 996
>gi568815574f:57087926_57296369 (ChrY)

7-115  (99995-100103)   96% ->
116-253  (101477-101614)   100% ->
254-365  (102044-102155)   100% ->
366-537  (102279-102450)   100% ->
538-654  (103044-103160)   100% ->
655-856  (103873-104074)   100% ->
857-962  (104678-104783)   100% ->
963-996  (108411-108444)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 CTGGGAAGTAACTGCTGCAAGAACGGACAGACACTGCTGCAGAGAACTTG
        ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 CTTTCCAGTAACTGCTGCAAGAACGGACAGACACTGCTGCAGAGAACTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 CCACGGTGTTTCATGCTGTGGCTGGTGGTTCCAGGCTGCACGCTCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 CCACGGTGTTTCATGCTGTGGCTGGTGGTTCCAGGCTGCACGCTCCATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 TAGGAAAGG         GGCCCTCAGCCCAGTCCCTTGCAGGCTGGACC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100095 TAGGAAAGGGTG...CAGGGCCCTCAGCCCAGTCCCTTGCAGGCTGGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 TTGGAGAGTGAGGCCCTGAGGCGAGACATGGGCACCTGGCTCCTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 TTGGAGAGTGAGGCCCTGAGGCGAGACATGGGCACCTGGCTCCTGGCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 CATCTGCATCTGCACCTGTGTCTGCTTGGGAGTCTCTGTCACAGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101559 CATCTGCATCTGCACCTGTGTCTGCTTGGGAGTCTCTGTCACAGGGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 GACAAG         GGCCAAGGTCTAGAACCTTCACCTGCCTCACCAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101609 GACAAGGTG...CAGGGCCAAGGTCTAGAACCTTCACCTGCCTCACCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 AACATTCTCAGGATCGATTGCCACTGGTCTGCCCCAGAGCTGGGACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102079 AACATTCTCAGGATCGATTGCCACTGGTCTGCCCCAGAGCTGGGACAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 CTCCAGCCCCTGGCTCCTCTTCACCAG         GCTCCTGGCGGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102129 CTCCAGCCCCTGGCTCCTCTTCACCAGGTG...CAGGCTCCTGGCGGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380 ACATAAGTGCATCTTGCGGGGCAGTGAGTGCACCGTCGTGCTGCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102293 ACATAAGTGCATCTTGCGGGGCAGTGAGTGCACCGTCGTGCTGCCACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430 AGGCAGTGCTCGTGCCATCTGACAATTTCACCATCACTTTCCACCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102343 AGGCAGTGCTCGTGCCATCTGACAATTTCACCATCACTTTCCACCACTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 ATGTCTGGGAGGGAGCAGGTCAGCCTGGTGGACCCGGAGTACCTGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102393 ATGTCTGGGAGGGAGCAGGTCAGCCTGGTGGACCCGGAGTACCTGCCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 GAGACACG         AGCAACATCAGTTCTGGCCACTGCATCCTGACC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102443 GAGACACGGTG...CAGAGCAACATCAGTTCTGGCCACTGCATCCTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571 TGGAGCATCAGTCCTGCCTTGGAGCCAATGACCACACTTCTCAGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103077 TGGAGCATCAGTCCTGCCTTGGAGCCAATGACCACACTTCTCAGCTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    621 GCTGGCCTTCAAGAAGCAGGAAGAGGCCTGGGAG         CAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103127 GCTGGCCTTCAAGAAGCAGGAAGAGGCCTGGGAGGTA...CAGCAGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 AGCACAGGGATCACATTGTCGGGGTGACCTGGCTTATACTTGAAGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103880 AGCACAGGGATCACATTGTCGGGGTGACCTGGCTTATACTTGAAGCCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 GAGCTGGACCCTGGCTTTATCCATGAGGCCAGGCTGCGTGTCCAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103930 GAGCTGGACCCTGGCTTTATCCATGAGGCCAGGCTGCGTGTCCAGATGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762 CACACTGGAGGATGATGTGGTAGAGGAGGAGCGTTATACAGGCCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103980 CACACTGGAGGATGATGTGGTAGAGGAGGAGCGTTATACAGGCCAGTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812 GTGAGTGGAGCCAGCCTGTGTGCTTCCAGGCTCCCCAGAGACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104030 GTGAGTGGAGCCAGCCTGTGTGCTTCCAGGCTCCCCAGAGACAAGGTG..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857     GCCCTCTGATCCCACCCTGGGGGTGGCCAGGCAACACCCTTGTTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104080 .CAGGCCCTCTGATCCCACCCTGGGGGTGGCCAGGCAACACCCTTGTTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    903 TGTGTCCATCTTTCTCCTGCTGACTGGCCCGACCTACCTCCTGTTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104724 TGTGTCCATCTTTCTCCTGCTGACTGGCCCGACCTACCTCCTGTTCAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953 TGTCGCCCAG         ACTTGGATGGGGGCCCACGGGGCCGGTGTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104774 TGTCGCCCAGGTA...CAGACTTGGATGGGGGCCCACGGGGCCGGTGTGC

   1050 
    994 TGT
        |||
 108442 TGT