seq1 = pF1KE4324.tfa, 978 bp
seq2 = pF1KE4324/gi568815589r_134809801.tfa (gi568815589r:134809801_135017871), 208071 bp

>pF1KE4324 978
>gi568815589r:134809801_135017871 (Chr9)

(complement)

1-103  (100001-100103)   99% ->
104-217  (101411-101524)   100% ->
218-271  (103063-103116)   100% ->
272-307  (103452-103487)   100% ->
308-340  (104259-104291)   100% ->
341-468  (104729-104856)   100% ->
469-598  (105257-105386)   99% ->
599-733  (106605-106739)   100% ->
734-978  (107827-108071)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGAGTGGAGCCACCATGGCCCGGGGTCTCGCTGTCCTGCTAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGAGTGGAGCCACCATGGCCCGGGGGCTCGCTGTCCTGCTAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGTTCCTGCATATCAAGAACCTGCCTGCCCAGGCTGCGGACACATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGTTCCTGCATATCAAGAACCTGCCTGCCCAGGCTGCGGACACATGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAG         AGGTGAAGGTGGTGGGCCTGGAGGGCTCTGACAAGCTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGTG...CAGAGGTGAAGGTGGTGGGCCTGGAGGGCTCTGACAAGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCATTCTCCGAGGCTGCCCGGGGCTGCCCGGGGCCCCAGGGCCAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 ACCATTCTCCGAGGCTGCCCGGGGCTGCCCGGGGCCCCAGGGCCAAAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGGCAGGTGTCATTGGAGAGAGAG         GAGAACGCGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101499 AGAGGCAGGTGTCATTGGAGAGAGAGGTA...CAGGAGAACGCGGTCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGGAGCCCCTGGAAAGGCAGGACCAGTGGGGCCCAAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103078 CTGGAGCCCCTGGAAAGGCAGGACCAGTGGGGCCCAAAGGTA...CAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GACCGAGGAGAGAAGGGGATGCGTGGAGAGAAAG         GAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103454 GACCGAGGAGAGAAGGGGATGCGTGGAGAGAAAGGTG...CAGGAGACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGGGCAGTCTCAGTCGTGTGCGACAG         GCCCACGCAACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104266 TGGGCAGTCTCAGTCGTGTGCGACAGGTG...CAGGCCCACGCAACTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AGGACCTGCTAGACCGGGGGTATTTCCTGAGCGGCTGGCACACCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104744 AGGACCTGCTAGACCGGGGGTATTTCCTGAGCGGCTGGCACACCATCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTGCCCGACTGCCGGCCCCTGACTGTGCTCTGTGACATGGACACGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104794 CTGCCCGACTGCCGGCCCCTGACTGTGCTCTGTGACATGGACACGGACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGGGGGCTGGACC         GTTTTCCAGCGGAGGATGGATGGCTCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104844 AGGGGGCTGGACCGTG...CAGGTTTTCCAGCGGAGGATGGATGGCTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGGACTTCTATCGGGACTGGGCCGCATACAAGCAGGGCTTCGGCAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105285 TGGACTTCTATCGGGACTGGGCCGCATACAAGCAGGGCTTCGGCAGTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTGGGGGAGTTCTGGCTGGGGAACGACAACATCCACGCCCTGACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 105335 CTGGGGGAGTTCTGGCTGGGGAATGACAACATCCACGCCCTGACTGCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GG         GAAGCAGCGAGCTCCGTGTAGACCTGGTGGACTTTGAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105385 GGGTA...CAGGAAGCAGCGAGCTCCGTGTAGACCTGGTGGACTTTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCAACCACCAGTTTGCTAAGTACAAATCATTCAAGGTGGCTGACGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106644 GCAACCACCAGTTTGCTAAGTACAAATCATTCAAGGTGGCTGACGAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGAAGTACAAGCTGGTACTGGGAGCCTTTGTCGGGGGCAGTGCGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106694 GAGAAGTACAAGCTGGTACTGGGAGCCTTTGTCGGGGGCAGTGCGGGTG.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734      GTAATTCTCTAACGGGCCACAACAACAACTTCTTCTCCACCAAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106744 ..CAGGTAATTCTCTAACGGGCCACAACAACAACTTCTTCTCCACCAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACCAAGACAATGATGTGAGTTCTTCGAATTGTGCTGAGAAGTTCCAGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 107872 ACCAAGACAATGATGTGAGTTCTTCGAATTGTGCTGAGAAGTTCCAAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCCTGGTGGTACGCCGACTGTCATGCTTCAAACCTCAATGGTCTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107922 GCCTGGTGGTACGCCGACTGTCATGCTTCAAACCTCAATGGTCTCTACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATGGGACCCCATGAGAGCTATGCCAATGGTATCAACTGGAGTGCGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107972 CATGGGACCCCATGAGAGCTATGCCAATGGTATCAACTGGAGTGCGGCGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGGGTACAAATATAGCTACAAGGTGTCAGAGATGAAGGTGCGGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108022 AGGGGTACAAATATAGCTACAAGGTGTCAGAGATGAAGGTGCGGCCCGCC