seq1 = pF1KE4322.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE4322/gi568815597r_23702466.tfa (gi568815597r:23702466_23925415), 222950 bp

>pF1KE4322 975
>gi568815597r:23702466_23925415 (Chr1)

(complement)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-144  (104823-104906)   100% ->
145-252  (107833-107940)   100% ->
253-348  (108646-108741)   100% ->
349-497  (111078-111226)   100% ->
498-561  (114617-114680)   100% ->
562-750  (117093-117281)   99% ->
751-876  (120891-121016)   100% ->
877-975  (122852-122950)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCAATGAGGAAGGCGCTTCCGCGGCGACTGGTGGGCTTGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCAATGAGGAAGGCGCTTCCGCGGCGACTGGTGGGCTTGGCGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCCGGGCT         GTCAGCACCTCATCTATGGGCACTTTACCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCCGGGCTGTA...AAGGTCAGCACCTCATCTATGGGCACTTTACCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCGGGTGAAAATTGTGGAAGTTGGTCCCCGAGATGGACTACAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104854 AGCGGGTGAAAATTGTGGAAGTTGGTCCCCGAGATGGACTACAAAATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAG         AATATCGTATCTACTCCAGTGAAAATCAAGCTGATAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104904 AAGGTA...TAGAATATCGTATCTACTCCAGTGAAAATCAAGCTGATAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATGCTTTCTGAAGCAGGACTCTCTGTTATAGAAACCACCAGCTTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107871 CATGCTTTCTGAAGCAGGACTCTCTGTTATAGAAACCACCAGCTTTGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCCTAAGTGGGTTCCCCAG         ATGGGTGACCACACTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107921 CTCCTAAGTGGGTTCCCCAGGTG...TAGATGGGTGACCACACTGAAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGAAGGGCATTCAGAAGTTTCCTGGCATCAACTACCCAGTCCTGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108667 TTGAAGGGCATTCAGAAGTTTCCTGGCATCAACTACCCAGTCCTGACCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAATTTGAAAGGCTTCGAGGCAGCG         GTTGCTGCTGGAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108717 AAATTTGAAAGGCTTCGAGGCAGCGGTA...CAGGTTGCTGCTGGAGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGAAGTAGTCATCTTTGGAGCTGCCTCAGAGCTCTTCACCAAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111094 AGGAAGTAGTCATCTTTGGAGCTGCCTCAGAGCTCTTCACCAAGAAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCAATTGTTCCATAGAGGAGAGTTTTCAGAGGTTTGACGCAATCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111144 ATCAATTGTTCCATAGAGGAGAGTTTTCAGAGGTTTGACGCAATCCTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCAGCGCAGTCAGCCAATATTTCTGTGCGGGG         GTACGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111194 GGCAGCGCAGTCAGCCAATATTTCTGTGCGGGGGTG...CAGGTACGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTGTGCTCTTGGCTGCCCTTATGAAGGGAAGATCTCCCCAGCTAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114625 CCTGTGCTCTTGGCTGCCCTTATGAAGGGAAGATCTCCCCAGCTAAAGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTGAG         GTCACCAAGAAGTTCTACTCAATGGGCTGCTACGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114675 GCTGAGGTG...TAGGTCACCAAGAAGTTCTACTCAATGGGCTGCTACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATCTCCCTGGGGGACACCATTGGTGTGGGCACCCCAGGGATCATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117128 GATCTCCCTGGGGGACACCATTGGTGTGGGCACCCCAGGGATCATGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACATGCTGTCTGCTGTCATGCAGGAAGTGCCTCTGGCTGCCCTGGCTGTC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117178 ACATGCTATCTGCTGTCATGCAGGAAGTGCCTCTGGCTGCCCTGGCTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CACTGCCATGACACCTATGGTCAAGCCCTGGCCAACACCTTGATGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117228 CACTGCCATGACACCTATGGTCAAGCCCTGGCCAACACCTTGATGGCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCAG         ATGGGAGTGAGTGTCGTGGACTCTTCTGTGGCAGGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117278 GCAGGTA...TAGATGGGAGTGAGTGTCGTGGACTCTTCTGTGGCAGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGGAGGCTGTCCCTACGCACAGGGGGCATCAGGAAACTTGGCCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120928 TTGGAGGCTGTCCCTACGCACAGGGGGCATCAGGAAACTTGGCCACAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACCTGGTCTACATGCTAGAGGGCTTGGGCATTCACACG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120978 GACCTGGTCTACATGCTAGAGGGCTTGGGCATTCACACGGTA...AAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGTGAATCTCCAGAAGCTTCTGGAAGCTGGAAACTTTATCTGTCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122854 TGTGAATCTCCAGAAGCTTCTGGAAGCTGGAAACTTTATCTGTCAAGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    929 TGAACAGAAAAACTAGCTCCAAAGTGGCTCAGGCTACCTGTAAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122904 TGAACAGAAAAACTAGCTCCAAAGTGGCTCAGGCTACCTGTAAACTC