seq1 = pF1KE4319.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE4319/gi568815597f_45461795.tfa (gi568815597f:45461795_45669953), 208159 bp

>pF1KE4319 975
>gi568815597f:45461795_45669953 (Chr1)

1-84  (100001-100084)   98% ->
85-204  (104775-104894)   100% ->
205-356  (105075-105226)   100% ->
357-552  (106188-106383)   100% ->
553-752  (106691-106890)   100% ->
753-825  (107133-107205)   100% ->
826-912  (107349-107435)   100% ->
913-975  (108097-108159)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTTCCTGTGTTCTACTGCACACTGGTCAGAAGATGCCTCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTTCCTGTGTTCTACTGCACACTGGGCAGAAGATGCCTCTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGTCTGGGTACCTGGAAGAGTGAGCCTGGTCAG         GTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 TGGTCTGGGTACCTGGAAGAGTGAGCCTGGTCAGGTG...CAGGTAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCTGTTAAGTATGCCCTTAGCGTAGGCTACCGCCACATTGATTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104782 CAGCTGTTAAGTATGCCCTTAGCGTAGGCTACCGCCACATTGATTGTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTATCTACGGCAATGAGCCTGAGATTGGGGAGGCCCTGAAGGAGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104832 GCTATCTACGGCAATGAGCCTGAGATTGGGGAGGCCCTGAAGGAGGACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGACCAGGCAAG         GCGGTGCCTCGGGAGGAGCTGTTTGTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104882 GGGACCAGGCAAGGTA...TAGGCGGTGCCTCGGGAGGAGCTGTTTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATCCAAGCTGTGGAACACCAAGCACCACCCCGAGGATGTGGAGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105103 CATCCAAGCTGTGGAACACCAAGCACCACCCCGAGGATGTGGAGCCTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCCGGAAGACTCTGGCTGACCTCCAGCTGGAGTATCTGGACCTGTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105153 CTCCGGAAGACTCTGGCTGACCTCCAGCTGGAGTATCTGGACCTGTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATGCACTGGCCTTATGCCTTTGA         GCGGGGAGACAACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105203 GATGCACTGGCCTTATGCCTTTGAGTG...CAGGCGGGGAGACAACCCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCCCAAGAATGCTGATGGGACTATATGCTACGACTCCACCCACTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106205 TCCCCAAGAATGCTGATGGGACTATATGCTACGACTCCACCCACTACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGACTTGGAAGGCTCTGGAGGCACTGGTGGCTAAGGGGCTGGTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106255 GAGACTTGGAAGGCTCTGGAGGCACTGGTGGCTAAGGGGCTGGTGCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGGGCCTGTCCAACTTCAACAGTCGGCAGATTGATGACATACTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106305 GCTGGGCCTGTCCAACTTCAACAGTCGGCAGATTGATGACATACTCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGCCTCCGTGCGTCCAGCTGTCTTGCAG         GTGGAATGCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106355 TGGCCTCCGTGCGTCCAGCTGTCTTGCAGGTA...CAGGTGGAATGCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCATACTTGGCTCAAAATGAGCTAATTGCCCACTGCCAAGCACGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106703 CCATACTTGGCTCAAAATGAGCTAATTGCCCACTGCCAAGCACGTGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGGTAACTGCTTATAGCCCTTTGGGCTCCTCTGATCGTGCATGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106753 GGAGGTAACTGCTTATAGCCCTTTGGGCTCCTCTGATCGTGCATGGCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATCCTGATGAGCCTGTCCTGCTGGAGGAACCAGTAGTCCTGGCATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106803 ATCCTGATGAGCCTGTCCTGCTGGAGGAACCAGTAGTCCTGGCATTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAAAAGTATGGCCGATCTCCAGCTCAGATCTTGCTCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106853 GAAAAGTATGGCCGATCTCCAGCTCAGATCTTGCTCAGGTA...TAGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCAGGTCCAGCGGAAAGTGATCTGCATCCCCAAAAGTATCACTCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107136 GCAGGTCCAGCGGAAAGTGATCTGCATCCCCAAAAGTATCACTCCTTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GAATCCTTCAGAACATCAAG         GTGTTTGACTTCACCTTTAGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107186 GAATCCTTCAGAACATCAAGGTA...CAGGTGTTTGACTTCACCTTTAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCAGAAGAGATGAAGCAGCTAAATGCCCTGAACAAAAATTGGAGATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107370 CCAGAAGAGATGAAGCAGCTAAATGCCCTGAACAAAAATTGGAGATATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTGCCTATGCTTACG         GTGGATGGGAAGAGAGTCCCAAGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107420 TGTGCCTATGCTTACGGTG...CAGGTGGATGGGAAGAGAGTCCCAAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    938 ATGCAGGGCATCCTCTGTACCCCTTTAATGACCCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108122 ATGCAGGGCATCCTCTGTACCCCTTTAATGACCCGTAC