seq1 = pF1KE4316.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KE4316/gi568815588r_4889999.tfa (gi568815588r:4889999_5103835), 213837 bp

>pF1KE4316 969
>gi568815588r:4889999_5103835 (Chr10)

1-84  (73447-73530)   100% ->
85-252  (75916-76083)   100% ->
253-369  (76929-77045)   100% ->
370-447  (78311-78388)   98% ->
448-570  (78824-78946)   100% ->
571-680  (82203-82312)   100% ->
681-846  (82586-82751)   100% ->
847-929  (85853-85935)   100% ->
930-969  (87702-87741)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCGAAATATCAGTGTGTGAAGCTGAATGATGGTCACTTCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  73447 ATGGATTCGAAATATCAGTGTGTGAAGCTGAATGATGGTCACTTCATGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCCTGGGATTTGGCACCTATGCGCCTGCAGAG         GTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  73497 TGTCCTGGGATTTGGCACCTATGCGCCTGCAGAGGTA...CAGGTTCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGTAAAGCTTTAGAGGCCACCAAATTGGCAATTGAAGCTGGCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  75923 AAAGTAAAGCTTTAGAGGCCACCAAATTGGCAATTGAAGCTGGCTTCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATATTGATTCTGCTCATTTATACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  75973 CATATTGATTCTGCTCATTTATACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76023 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACTTCAAAG         CTTTGGTGCAATTCCCATCGACCAGAGTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  76073 ACACTTCAAAGGTA...CAGCTTTGGTGCAATTCCCATCGACCAGAGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCCGACCAGCCTTGGAAAGGTCACTGAAAAATCTTCAATTGGATTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  76959 GTCCGACCAGCCTTGGAAAGGTCACTGAAAAATCTTCAATTGGATTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCTCTACCTTATTCATTTTCCAGTGTCTGTAAAG         CCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  77009 TGACCTCTACCTTATTCATTTTCCAGTGTCTGTAAAGGTA...CAGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAGGAAGTGATCCCAAAAGATGAAAATGGAAAAATACTATTTGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  78315 GTGAGGAAGTGATCCCAAAAGATGAAAATGGAAAAATACTATTTGACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGATCTCTGTGCCACGTGGGAG         GCCGTGGAGAAGTGTAA
        ||||||||||||||||| ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  78365 GTGGATCTCTGTGCCACATGGGAGGTG...CAGGCCGTGGAGAAGTGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATCGGGGTGTCCAACTTCAACCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  78841 AGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATCGGGGTGTCCAACTTCAACCGCAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGGCTCAAGTACAAGCCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  78891 AGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGGCTCAAGTACAAGCCTGTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCAG         GTGGAATGTCATCCTTACTTCAACCAGAGAAAACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
  78941 AACCAGGTG...CAGGTGGAATGTCATCCTTACTTCAACCAGAGAAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGGATTTCTGCAAGTCAAAAGACATTGTTCTGGTTGCCTATAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  82238 GCTGGATTTCTGCAAGTCAAAAGACATTGTTCTGGTTGCCTATAGTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGATCCCACCGAGAAGAACCATG         GGTGGACCCGAACTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  82288 TGGGATCCCACCGAGAAGAACCATGGTA...CAGGGTGGACCCGAACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCGGTGCTCTTGGAGGACCCAGTCCTTTGTGCCTTGGCAAAAAAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  82602 CCGGTGCTCTTGGAGGACCCAGTCCTTTGTGCCTTGGCAAAAAAGCACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCGAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTACAGCGTGGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  82652 GCGAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTACAGCGTGGGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGCATCAGACAGAACGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  82702 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGCATCAGACAGAACGTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GTGTTTGAATTCCAGTTGACTTCAGAGGAGATGAAAGCCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  82752 GTG...TAGGTGTTTGAATTCCAGTTGACTTCAGAGGAGATGAAAGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGATGGCCTAAACAGAAATGTGCGATATTTGACCCTTGATAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
  85894 AGATGGCCTAAACAGAAATGTGCGATATTTGACCCTTGATATGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    930  TTTTGCTGGCCCCCCTAATTATCCATTTTCTGATGAATAT
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  87701 GTTTTGCTGGCCCCCCTAATTATCCATTTTCTGATGAATAT