seq1 = pF1KE4316.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KE4316/gi568815588f_4863445.tfa (gi568815588f:4863445_5077739), 214295 bp

>pF1KE4316 969
>gi568815588f:4863445_5077739 (Chr10)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-252  (102470-102637)   100% ->
253-369  (103483-103599)   100% ->
370-447  (104865-104942)   98% ->
448-570  (105378-105500)   100% ->
571-680  (108757-108866)   100% ->
681-846  (109140-109305)   100% ->
847-929  (112407-112489)   100% ->
930-969  (114256-114295)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCGAAATATCAGTGTGTGAAGCTGAATGATGGTCACTTCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCGAAATATCAGTGTGTGAAGCTGAATGATGGTCACTTCATGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCCTGGGATTTGGCACCTATGCGCCTGCAGAG         GTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 TGTCCTGGGATTTGGCACCTATGCGCCTGCAGAGGTA...CAGGTTCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGTAAAGCTTTAGAGGCCACCAAATTGGCAATTGAAGCTGGCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102477 AAAGTAAAGCTTTAGAGGCCACCAAATTGGCAATTGAAGCTGGCTTCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATATTGATTCTGCTCATTTATACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102527 CATATTGATTCTGCTCATTTATACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102577 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACTTCAAAG         CTTTGGTGCAATTCCCATCGACCAGAGTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102627 ACACTTCAAAGGTA...CAGCTTTGGTGCAATTCCCATCGACCAGAGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCCGACCAGCCTTGGAAAGGTCACTGAAAAATCTTCAATTGGATTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103513 GTCCGACCAGCCTTGGAAAGGTCACTGAAAAATCTTCAATTGGATTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCTCTACCTTATTCATTTTCCAGTGTCTGTAAAG         CCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103563 TGACCTCTACCTTATTCATTTTCCAGTGTCTGTAAAGGTA...CAGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAGGAAGTGATCCCAAAAGATGAAAATGGAAAAATACTATTTGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104869 GTGAGGAAGTGATCCCAAAAGATGAAAATGGAAAAATACTATTTGACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGATCTCTGTGCCACGTGGGAG         GCCGTGGAGAAGTGTAA
        ||||||||||||||||| ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104919 GTGGATCTCTGTGCCACATGGGAGGTG...CAGGCCGTGGAGAAGTGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATCGGGGTGTCCAACTTCAACCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105395 AGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATCGGGGTGTCCAACTTCAACCGCAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGGCTCAAGTACAAGCCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105445 AGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGGCTCAAGTACAAGCCTGTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCAG         GTGGAATGTCATCCTTACTTCAACCAGAGAAAACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105495 AACCAGGTG...CAGGTGGAATGTCATCCTTACTTCAACCAGAGAAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGGATTTCTGCAAGTCAAAAGACATTGTTCTGGTTGCCTATAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108792 GCTGGATTTCTGCAAGTCAAAAGACATTGTTCTGGTTGCCTATAGTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGATCCCACCGAGAAGAACCATG         GGTGGACCCGAACTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108842 TGGGATCCCACCGAGAAGAACCATGGTA...CAGGGTGGACCCGAACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCGGTGCTCTTGGAGGACCCAGTCCTTTGTGCCTTGGCAAAAAAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109156 CCGGTGCTCTTGGAGGACCCAGTCCTTTGTGCCTTGGCAAAAAAGCACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCGAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTACAGCGTGGGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109206 GCGAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTACAGCGTGGGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGCATCAGACAGAACGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109256 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGCATCAGACAGAACGTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GTGTTTGAATTCCAGTTGACTTCAGAGGAGATGAAAGCCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109306 GTG...TAGGTGTTTGAATTCCAGTTGACTTCAGAGGAGATGAAAGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGATGGCCTAAACAGAAATGTGCGATATTTGACCCTTGATAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112448 AGATGGCCTAAACAGAAATGTGCGATATTTGACCCTTGATATGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    930  TTTTGCTGGCCCCCCTAATTATCCATTTTCTGATGAATAT
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114255 GTTTTGCTGGCCCCCCTAATTATCCATTTTCTGATGAATAT