seq1 = pF1KE4315.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KE4315/gi568815588f_5096868.tfa (gi568815588f:5096868_5318757), 221890 bp

>pF1KE4315 969
>gi568815588f:5096868_5318757 (Chr10)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-252  (103314-103481)   100% ->
253-369  (107510-107626)   100% ->
370-447  (108890-108967)   100% ->
448-570  (109408-109530)   99% ->
571-680  (115749-115858)   100% ->
681-846  (116127-116292)   99% ->
847-929  (119844-119926)   100% ->
930-969  (121851-121890)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCCAAATATCAGCGTGTAGAGCTAAATGATGGTCACTTCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCCCAAATATCAGCGTGTAGAGCTAAATGATGGTCACTTCATGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTATTGGGATTTGGCACCTATGCACCTCCAGAG         GTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CGTATTGGGATTTGGCACCTATGCACCTCCAGAGGTA...CAGGTTCCGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAACAGAGCTGTAGAGGTCACCAAATTAGCAATAGAAGCTGGCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103321 GGAACAGAGCTGTAGAGGTCACCAAATTAGCAATAGAAGCTGGCTTCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATATTGATTCTGCTTATTTATACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103371 CATATTGATTCTGCTTATTTATACAATAATGAGGAGCAGGTTGGACTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103421 CATCCGAAGCAAGATTGCAGATGGCAGTGTGAAGAGAGAAGACATATTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACTTCAAAG         CTTTGGTGCACTTTCTTTCAACCACAGATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103471 ACACTTCAAAGGTA...CAGCTTTGGTGCACTTTCTTTCAACCACAGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCCAACCAGCCTTGGAAAGCTCACTGAAAAAACTTCAACTGGACTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107540 GTCCAACCAGCCTTGGAAAGCTCACTGAAAAAACTTCAACTGGACTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCTCTATCTTCTTCATTTCCCAATGGCTCTCAAG         CCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107590 TGACCTCTATCTTCTTCATTTCCCAATGGCTCTCAAGGTA...CAGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAGACGCCACTACCAAAAGATGAAAATGGAAAAGTAATATTCGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108894 GTGAGACGCCACTACCAAAAGATGAAAATGGAAAAGTAATATTCGACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGATCTCTCTGCCACATGGGAG         GTCATGGAGAAGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108944 GTGGATCTCTCTGCCACATGGGAGGTG...CAGGTCATGGAGAAGTGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATCGGGGTGTCAAACTTCAACTACAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 109425 GGATGCAGGATTGGCCAAGTCCATCGGGGTGTCAAACTTCAACTGCAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGACTCAAGTACAAGCCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109475 AGCTGGAGATGATCCTCAACAAGCCAGGACTCAAGTACAAGCCTGTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCAG         GTAGAATGTCATCCTTACCTCAACCAGAGCAAACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109525 AACCAGGTG...AAGGTAGAATGTCATCCTTACCTCAACCAGAGCAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGGATTTCTGCAAGTCAAAAGACATTGTTCTGGTTGCCCACAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115784 GCTGGATTTCTGCAAGTCAAAAGACATTGTTCTGGTTGCCCACAGTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGAACCCAACGACATAAACTATG         GGTGGACCCAAACTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115834 TGGGAACCCAACGACATAAACTATGGTA...CAGGGTGGACCCAAACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAGTTCTTTTGGAGGACCCAGTTCTTTGTGCCTTAGCAAAGAAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116143 CCAGTTCTTTTGGAGGACCCAGTTCTTTGTGCCTTAGCAAAGAAACACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACGAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTGCAGCGTGGGGTTG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116193 ACAAACCCCAGCCCTGATTGCCCTGCGCTACCAGCTGCAGCGTGGGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGGATCAGAGAGAACATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116243 TGGTCCTGGCCAAGAGCTACAATGAGCAGCGGATCAGAGAGAACATCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GTTTTTGAATTCCAGTTGACATCAGAGGATATGAAAGTTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116293 GTG...TAGGTTTTTGAATTCCAGTTGACATCAGAGGATATGAAAGTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGATGGTCTAAACAGAAATTATCGATATGTTGTCATGGATTT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119885 AGATGGTCTAAACAGAAATTATCGATATGTTGTCATGGATTTGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    930  TCTTATGGACCATCCTGATTATCCATTTTCAGATGAATAT
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121850 GTCTTATGGACCATCCTGATTATCCATTTTCAGATGAATAT