seq1 = pF1KE4312.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE4312/gi568815597f_52827397.tfa (gi568815597f:52827397_53088137), 260741 bp

>pF1KE4312 966
>gi568815597f:52827397_53088137 (Chr1)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-127  (114400-114457)   100% ->
128-199  (120613-120684)   100% ->
200-264  (127344-127408)   100% ->
265-391  (134107-134233)   100% ->
392-455  (147373-147436)   100% ->
456-542  (149287-149373)   100% ->
543-693  (150821-150971)   100% ->
694-841  (153000-153147)   100% ->
842-949  (160633-160740)   100% ->
950-966  (165862-165878)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTCTTCCCCGTGGGAGCCTGCGACCCTGCGCCGGGTGTTCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTCTTCCCCGTGGGAGCCTGCGACCCTGCGCCGGGTGTTCGTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGTTGGCATGACCAAG         TTTGTGAAGCCTGGAGCTGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGTTGGCATGACCAAGGTA...TAGTTTGTGAAGCCTGGAGCTGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTCAAGAGACTACCCTGACTTGGCAGAAGAAGCAG         GCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114422 ATTCAAGAGACTACCCTGACTTGGCAGAAGAAGCAGGTA...TAGGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGGCTTTAGCTGATGCACAGATCCCTTATTCAGCAGTGGACCAGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120618 AAGGCTTTAGCTGATGCACAGATCCCTTATTCAGCAGTGGACCAGGCATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTTGGCTATGTTTTTG         GTGTGGCAGAATGTGTCTTGGCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120668 TGTTGGCTATGTTTTTGGTA...AAGGTGTGGCAGAATGTGTCTTGGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTGGGTTTGAGAAGATGAGTAAGGGAAGCCTTGGAATAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 127368 TTGGGTTTGAGAAGATGAGTAAGGGAAGCCTTGGAATAAAAGTG...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTTTCAGATAGAACCATTCCCACTGATAAGCATGTTGACCTCCTGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134107 TTTTCAGATAGAACCATTCCCACTGATAAGCATGTTGACCTCCTGATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TAAGTATGGATTGTCTGCTCACCCAGTTGCTCCTCAGATGTTTGGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134157 TAAGTATGGATTGTCTGCTCACCCAGTTGCTCCTCAGATGTTTGGGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGGAAAAGAACATATGGAAAAATATG         GAACAAAAATTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 134207 CTGGAAAAGAACATATGGAAAAATATGGTA...CAGGAACAAAAATTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CACTTTGCAAAAATTGGATGGAAAAATCATAAACATTCAGTTAATAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147387 CACTTTGCAAAAATTGGATGGAAAAATCATAAACATTCAGTTAATAACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456          GTATTCCCAGTTCCAAGATGAATACAGTTTAGATGAAGTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147437 GTA...TAGGTATTCCCAGTTCCAAGATGAATACAGTTTAGATGAAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGGCATCTAAAGAAGTTTTTGATTTTTTGACTATCTTACAATGTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 149328 TGGCATCTAAAGAAGTTTTTGATTTTTTGACTATCTTACAATGTTGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    543      TCCCACTTCAGATGGTGCTGCAGCAGCAATTTTGGCCAGTGAAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149378 ..TAGTCCCACTTCAGATGGTGCTGCAGCAGCAATTTTGGCCAGTGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ATTTGTACAGAAGTATGGCCTGCAATCCAAAGCTGTGGAAATTTTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150866 ATTTGTACAGAAGTATGGCCTGCAATCCAAAGCTGTGGAAATTTTGGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGAAATGATGACTGATTTGCCAAGCTCGTTTGAAGAAAAAAGCATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150916 AAGAAATGATGACTGATTTGCCAAGCTCGTTTGAAGAAAAAAGCATTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAAATG         GTTGGCTTTGATATGAGTAAAGAAGCTGCAAGAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150966 AAAATGGTA...TAGGTTGGCTTTGATATGAGTAAAGAAGCTGCAAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ATGCTATGAGAAATCTGGCCTGACACCAAATGATATTGACGTAATAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153035 ATGCTATGAGAAATCTGGCCTGACACCAAATGATATTGACGTAATAGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTCACGATTGCTTTTCTACCAACGAACTCCTTACTTATGAAGCACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153085 TTCACGATTGCTTTTCTACCAACGAACTCCTTACTTATGAAGCACTGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTCTGTCCAGAAG         GACAAGGTGCAACGCTGGTTGATAGAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 153135 CTCTGTCCAGAAGGTA...TAGGACAAGGTGCAACGCTGGTTGATAGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGATAATACATATGGAGGAAAGTGGGTCATAAATCCTAGTGGTGGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160661 AGATAATACATATGGAGGAAAGTGGGTCATAAATCCTAGTGGTGGACTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTTCAAAGGGACACCCACTAGGCGCTACAG         GAGGACATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 160711 TTTCAAAGGGACACCCACTAGGCGCTACAGGTA...AAGGAGGACATTCC

   1050     .
    961 TGCTCT
        ||||||
 165873 TGCTCT