seq1 = pF1KE4311.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE4311/gi568815593f_76853135.tfa (gi568815593f:76853135_77068882), 215748 bp

>pF1KE4311 966
>gi568815593f:76853135_77068882 (Chr5)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-175  (100467-100560)   100% ->
176-333  (100895-101052)   100% ->
334-544  (102519-102729)   100% ->
545-693  (105607-105755)   100% ->
694-811  (110209-110326)   100% ->
812-966  (115594-115748)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCCCAACTTCAAACTTCAGTGTCACTTCATTCTCATCTTCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCCCAACTTCAAACTTCAGTGTCACTTCATTCTCATCTTCCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTCTAAGAGGGGAAAGCCGGTACCTAGAG         CTGAGGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 GGCTCTAAGAGGGGAAAGCCGGTACCTAGAGGTG...CAGCTGAGGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGCGGACTACGATCCTTTCCTGCTCTTCAGCGCCAACCTGAAGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100477 CGGCGGACTACGATCCTTTCCTGCTCTTCAGCGCCAACCTGAAGCGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGCTGGGGAGCAGCCGTACCGCCGCGCTCTGC         GGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100527 CTGGCTGGGGAGCAGCCGTACCGCCGCGCTCTGCGTG...CAGGGTGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGACATGCTGAGCCTCCAGGGCCAGTTCACCTTCACCGCCGACCGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100902 GGACATGCTGAGCCTCCAGGGCCAGTTCACCTTCACCGCCGACCGGCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTGCACTGCGCAGCCTTCTTCATCAGCGAGCCCGAGGAGTTCATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100952 AGCTGCACTGCGCAGCCTTCTTCATCAGCGAGCCCGAGGAGTTCATTACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCACTACGACCAGGTCTCCATCGACTGTCAGGGCGGCGACTTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101002 ATCCACTACGACCAGGTCTCCATCGACTGTCAGGGCGGCGACTTCCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 G         GTATTTGATGGTTGGATTCTCAAGGGGGAGAAGTTCCCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101052 GGTG...AAGGTATTTGATGGTTGGATTCTCAAGGGGGAGAAGTTCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTCCCAGGATCATCCTCTCCCCTCAGCTGAGCGGTACATAGATTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102559 GTTCCCAGGATCATCCTCTCCCCTCAGCTGAGCGGTACATAGATTTCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGAGTGGTCTTAGCAGGAGGAGCATCAGATCTTCCCAGAATGTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102609 GAGAGTGGTCTTAGCAGGAGGAGCATCAGATCTTCCCAGAATGTGGCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATCTTCTTCCGAGTCCATGAACCAGGAAATGGATTCACATTAACCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102659 GATCTTCTTCCGAGTCCATGAACCAGGAAATGGATTCACATTAACCATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGACAGACCCCAACCTCTTTC         CTTGCAATGTCATTTCTCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102709 AGACAGACCCCAACCTCTTTCGTA...AAGCTTGCAATGTCATTTCTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTCCAAATGGAAAGTTTACCCTGGTAGTTCCACACCAGCATCGAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105627 ACTCCAAATGGAAAGTTTACCCTGGTAGTTCCACACCAGCATCGAAACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCTTCTCCATAATTTATCCTGTGGTGATCAAAATATCTGATCTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105677 CAGCTTCTCCATAATTTATCCTGTGGTGATCAAAATATCTGATCTTACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGGACACGTAAATGGTCTTCAGTTAAAG         AAATCCTCAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105727 TGGGACACGTAAATGGTCTTCAGTTAAAGGTG...TAGAAATCCTCAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTTGCGAGGGAATAGGAGACTTTGTGGAGCTGCTGGGAGGAACTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110221 GGTTGCGAGGGAATAGGAGACTTTGTGGAGCTGCTGGGAGGAACTGGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGACCCTTCCAAGATGACGCCTTTAGCTGATCTCTGCTACCCCTTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110271 GGACCCTTCCAAGATGACGCCTTTAGCTGATCTCTGCTACCCCTTTCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCCGG         CCCAGATGAAAGTTGGCTGTGACAACACTGTGGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110321 GCCCGGGTG...TAGCCCAGATGAAAGTTGGCTGTGACAACACTGTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGCATGGTCTCCAGTGGAAAACACGTAAATCGTGTGACTTTTGAGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115629 CGCATGGTCTCCAGTGGAAAACACGTAAATCGTGTGACTTTTGAGTATCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCAGCTGGAGCCGTACGAGCTGGAAAACCCAAATGGAAACAGTATCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115679 TCAGCTGGAGCCGTACGAGCTGGAAAACCCAAATGGAAACAGTATCGGGG

   1000     .    :    .    :
    947 AATTCTGTTTGTCTGGTCTT
        ||||||||||||||||||||
 115729 AATTCTGTTTGTCTGGTCTT