seq1 = pF1KE4310.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KE4310/gi568815596f_69688053.tfa (gi568815596f:69688053_69925512), 237460 bp

>pF1KE4310 963
>gi568815596f:69688053_69925512 (Chr2)

1-97  (99992-100089)   95% ->
98-192  (116481-116575)   100% ->
193-306  (118333-118446)   100% ->
307-397  (119854-119944)   100% ->
398-477  (122542-122621)   100% ->
478-534  (124601-124657)   100% ->
535-628  (128049-128142)   100% ->
629-724  (130547-130642)   100% ->
725-783  (131228-131286)   100% ->
784-906  (132647-132769)   100% ->
907-963  (137404-137460)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATG GC CATGGCAACCAAAGGAGGTACTGTCAAAGCTGCTTCAGGATTC
         ||-||-||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99992 GTGTGCTCA GGCAACCAAAGGAGGTACTGTCAAAGCTGCTTCAGGATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49 AATGCCATGGAAGATGCCCAGACCCTGAGGAAGGCCATGAAAGGGCTCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100041 AATGCCATGGAAGATGCCCAGACCCTGAGGAAGGCCATGAAAGGGCTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98         GCACCGATGAAGACGCCATTATTAGCGTCCTTGCCTACCGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100091 TA...CAGGCACCGATGAAGACGCCATTATTAGCGTCCTTGCCTACCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140 ACACCGCCCAGCGCCAGGAGATCAGGACAGCCTACAAGAGCACCATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116523 ACACCGCCCAGCGCCAGGAGATCAGGACAGCCTACAAGAGCACCATCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190 AGG         GACTTGATAGACGACCTGAAGTCAGAACTGAGTGGCAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116573 AGGGTA...CAGGACTTGATAGACGACCTGAAGTCAGAACTGAGTGGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    231 CTTCGAGCAGGTGATTGTGGGGATGATGACGCCCACGGTGCTGTATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118371 CTTCGAGCAGGTGATTGTGGGGATGATGACGCCCACGGTGCTGTATGACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281 TGCAAGAGCTGCGAAGGGCCATGAAG         GGAGCCGGCACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118421 TGCAAGAGCTGCGAAGGGCCATGAAGGTC...TAGGGAGCCGGCACTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322 GAGGGCTGCCTAATTGAGATCCTGGCCTCCCGGACCCCTGAGGAGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119869 GAGGGCTGCCTAATTGAGATCCTGGCCTCCCGGACCCCTGAGGAGATCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    372 GCGCATAAGCCAAACCTACCAGCAGC         AATATGGACGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119919 GCGCATAAGCCAAACCTACCAGCAGCGTA...TAGAATATGGACGGAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    413 TTGAAGATGACATTCGCTCTGACACATCGTTCATGTTCCAGCGAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122557 TTGAAGATGACATTCGCTCTGACACATCGTTCATGTTCCAGCGAGTGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463 GTGTCTCTGTCAGCT         GGTGGGAGGGATGAAGGAAATTATCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 122607 GTGTCTCTGTCAGCTGTG...CAGGGTGGGAGGGATGAAGGAAATTATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    504 GGACGATGCTCTCGTGAGACAGGATGCCCAG         GACCTGTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124627 GGACGATGCTCTCGTGAGACAGGATGCCCAGGTT...CAGGACCTGTATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    545 AGGCTGGAGAGAAGAAATGGGGGACAGATGAGGTGAAATTTCTAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128059 AGGCTGGAGAGAAGAAATGGGGGACAGATGAGGTGAAATTTCTAACTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595 CTCTGTTCCCGGAACCGAAATCACCTGTTGCATG         TGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 128109 CTCTGTTCCCGGAACCGAAATCACCTGTTGCATGGTA...CAGTGTTTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    636 TGAATACAAAAGGATATCACAGAAGGATATTGAACAGAGTATTAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130554 TGAATACAAAAGGATATCACAGAAGGATATTGAACAGAGTATTAAATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    686 AAACATCTGGTAGCTTTGAAGATGCTCTGCTGGCTATAG         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 130604 AAACATCTGGTAGCTTTGAAGATGCTCTGCTGGCTATAGGTA...CAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727 AAGTGCATGAGGAACAAATCTGCATATTTTGCTGAAAAGCTCTATAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131230 AAGTGCATGAGGAACAAATCTGCATATTTTGCTGAAAAGCTCTATAAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    777 GATGAAG         GGCTTGGGCACCGATGATAACACCCTCATCAGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131280 GATGAAGGTA...TAGGGCTTGGGCACCGATGATAACACCCTCATCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    818 TGATGGTTTCTCGAGCAGAAATTGACATGTTGGATATCCGGGCACACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132681 TGATGGTTTCTCGAGCAGAAATTGACATGTTGGATATCCGGGCACACTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    868 AAGAGACTCTATGGAAAGTCTCTGTACTCGTTCATCAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 132731 AAGAGACTCTATGGAAAGTCTCTGTACTCGTTCATCAAGGTA...CAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    909 TGACACATCTGGAGACTACAGGAAAGTACTGCTTGTTCTCTGTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137406 TGACACATCTGGAGACTACAGGAAAGTACTGCTTGTTCTCTGTGGAGGAG

   1050     .
    959 ATGAT
        |||||
 137456 ATGAT