seq1 = pF1KE4308.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KE4308/gi568815586f_55621185.tfa (gi568815586f:55621185_55824542), 203358 bp

>pF1KE4308 954
>gi568815586f:55621185_55824542 (Chr12)

1-310  (100001-100310)   99% ->
311-569  (100505-100763)   100% ->
570-733  (102702-102865)   100% ->
734-954  (103138-103358)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTGCCTCTTCTGCTGGGTGCCTTACTCTGGGCAGTGCTGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCTGCCTCTTCTGCTGGGTGCCTTACTCTGGGCAGTGCTGTGGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCAGGGACCGGCAGAGCCTGCCCGCCAGCAATGCCCTTGTCTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100051 GCTCAGGGACCGGCAGAGCCTGCCCGCCAGCAATGCCTTTGTCTTCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGCTGTGACTCAGGCTTTGGGCGCCTTCTGGCACTGCAGCTGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGCTGTGACTCAGGCTTTGGGCGCCTTCTGGCACTGCAGCTGGACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAGGCTTCCGAGTCCTGGCCAGCTGCCTGACCCCCTCCGGGGCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAGGCTTCCGAGTCCTGGCCAGCTGCCTGACCCCCTCCGGGGCCGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGCAGCGGGTGGCCTCCTCCCGCCTCCACACCACCCTGTTGGATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGCAGCGGGTGGCCTCCTCCCGCCTCCACACCACCCTGTTGGATATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGATCCCCAGAGCGTCCAGCAGGCAGCCAAGTGGGTGGAGATGCACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGATCCCCAGAGCGTCCAGCAGGCAGCCAAGTGGGTGGAGATGCACGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGAAGCAG         GGCTTTTTGGTCTGGTGAATAATGCTGGTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGGAAGCAGGTA...CAGGGCTTTTTGGTCTGGTGAATAATGCTGGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCTGGTATCATCGGACCCACACCATGGCTGACCCGGGACGATTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100536 GGCTGGTATCATCGGACCCACACCATGGCTGACCCGGGACGATTTCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGGTGCTGAATGTGAACACAATGGGTCCCATCGGGGTCACCCTTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100586 GGGTGCTGAATGTGAACACAATGGGTCCCATCGGGGTCACCCTTGCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGCCTCTGCTGCAGCAAGCCCGGGGCCGGGTGATCAACATCACCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100636 CTGCCTCTGCTGCAGCAAGCCCGGGGCCGGGTGATCAACATCACCAGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGGGTCGCCTGGCAGCCAATGGTGGGGGCTACTGTGTCTCCAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100686 CCTGGGTCGCCTGGCAGCCAATGGTGGGGGCTACTGTGTCTCCAAATTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCTGGAGGCCTTCTCTGACAGCCTGAG         GCGGGATGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100736 GCCTGGAGGCCTTCTCTGACAGCCTGAGGTG...TAGGCGGGATGTAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CATTTTGGGATACGAGTCTCCATCGTGGAGCCTGGCTTCTTCCGAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102715 CATTTTGGGATACGAGTCTCCATCGTGGAGCCTGGCTTCTTCCGAACCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGTGACCAACCTGGAGAGTCTGGAGAAAACCCTGCAGGCCTGCTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102765 TGTGACCAACCTGGAGAGTCTGGAGAAAACCCTGCAGGCCTGCTGGGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGCTGCCTCCTGCCACACAGGCCCACTATGGGGGGGCCTTCCTCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102815 GGCTGCCTCCTGCCACACAGGCCCACTATGGGGGGGCCTTCCTCACCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 T         ACCTGAAAATGCAACAGCGCATCATGAACCTGATCTGTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102865 TGTG...CAGACCTGAAAATGCAACAGCGCATCATGAACCTGATCTGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCCGGACCTAACCAAGGTGAGCCGATGCCTGGAGCATGCCCTGACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103178 CCCGGACCTAACCAAGGTGAGCCGATGCCTGGAGCATGCCCTGACTGCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GACACCCCCGAACCCGCTACAGCCCAGGTTGGGATGCCAAGCTGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103228 GACACCCCCGAACCCGCTACAGCCCAGGTTGGGATGCCAAGCTGCTCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTGCCTGCCTCCTACCTGCCAGCCAGCCTGGTGGATGCTGTGCTCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103278 CTGCCTGCCTCCTACCTGCCAGCCAGCCTGGTGGATGCTGTGCTCACCTG

    950     .    :    .    :    .    :
    924 GGTCCTTCCCAAGCCTGCCCAAGCAGTCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 103328 GGTCCTTCCCAAGCCTGCCCAAGCAGTCTAC