seq1 = pF1KE4307.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE4307/gi568815581f_60050035.tfa (gi568815581f:60050035_60259337), 209303 bp

>pF1KE4307 936
>gi568815581f:60050035_60259337 (Chr17)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-112  (105280-105333)   100% ->
113-268  (106526-106681)   100% ->
269-414  (107393-107538)   100% ->
415-513  (107656-107754)   100% ->
514-580  (108027-108093)   100% ->
581-744  (108249-108412)   100% ->
745-936  (109196-109387)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGATGCTGCTGGCGCTCCTGGCCCTCTCCGCGGCGCGGCCATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGATGCTGCTGGCGCTCCTGGCCCTCTCCGCGGCGCGGCCATCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTGCAG         AGTCACACTGGTGCTACGAGGTTCAAGCCGAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTGCAGGTG...CAGAGTCACACTGGTGCTACGAGGTTCAAGCCGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCCAACTACCCCTGCTTGG         TGCCAGTCAAGTGGGGTGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105313 CCTCCAACTACCCCTGCTTGGGTG...CAGTGCCAGTCAAGTGGGGTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACTGCCAGAAGGACCGCCAGTCCCCCATCAACATCGTCACCACCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106546 AACTGCCAGAAGGACCGCCAGTCCCCCATCAACATCGTCACCACCAAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAGGTGGACAAAAAACTGGGACGCTTCTTCTTCTCTGGCTACGATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106596 AAAGGTGGACAAAAAACTGGGACGCTTCTTCTTCTCTGGCTACGATAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCAAACGTGGACTGTCCAAAATAACGGGCACTCAG         TGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106646 AGCAAACGTGGACTGTCCAAAATAACGGGCACTCAGGTG...CAGTGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATGTTGCTGGAGAACAAGGCCAGCATTTCTGGAGGAGGACTGCCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107398 ATGTTGCTGGAGAACAAGGCCAGCATTTCTGGAGGAGGACTGCCTGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATACCAGGCCAAACAGTTGCACCTGCACTGGTCCGACTTGCCATATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107448 ATACCAGGCCAAACAGTTGCACCTGCACTGGTCCGACTTGCCATATAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTCGGAGCACAGCCTCGATGGGGAGCACTTTGCCATGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107498 GCTCGGAGCACAGCCTCGATGGGGAGCACTTTGCCATGGAGGTG...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGCACATAGTACATGAGAAAGAGAAGGGGACATCGAGGAATGTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107656 ATGCACATAGTACATGAGAAAGAGAAGGGGACATCGAGGAATGTGAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCCCAGGACCCTGAAGACGAAATTGCGGTGCTGGCCTTTCTGGTGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107706 GGCCCAGGACCCTGAAGACGAAATTGCGGTGCTGGCCTTTCTGGTGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514         GCTGGAACCCAGGTGAACGAGGGCTTCCAGCCACTGGTGGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107756 TG...CAGGCTGGAACCCAGGTGAACGAGGGCTTCCAGCCACTGGTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCACTGTCTAATATCCCCAAACCTG         AGATGAGCACTACGAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108069 GCACTGTCTAATATCCCCAAACCTGGTG...CAGAGATGAGCACTACGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCAGAGAGCAGCCTGTTGGACCTGCTCCCCAAGGAGGAGAAACTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108265 GGCAGAGAGCAGCCTGTTGGACCTGCTCCCCAAGGAGGAGAAACTGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTACTTCCGCTACCTGGGCTCACTCACCACACCGACCTGCGATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108315 ACTACTTCCGCTACCTGGGCTCACTCACCACACCGACCTGCGATGAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTCGTCTGGACTGTGTTCCGGGAGCCCATTCAGCTTCACAGAGAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108365 GTCGTCTGGACTGTGTTCCGGGAGCCCATTCAGCTTCACAGAGAACAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745        ATCCTGGCATTCTCTCAGAAGCTGTACTACGACAAGGAACAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108415 G...CAGATCCTGGCATTCTCTCAGAAGCTGTACTACGACAAGGAACAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGTGAGCATGAAGGACAATGTCAGGCCCCTGCAGCAGCTGGGGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109239 CAGTGAGCATGAAGGACAATGTCAGGCCCCTGCAGCAGCTGGGGCAGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACGGTGATAAAGTCCGGGGCCCCGGGTCGGCCGCTGCCCTGGGCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109289 ACGGTGATAAAGTCCGGGGCCCCGGGTCGGCCGCTGCCCTGGGCCCTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    888 TGCCCTGCTGGGCCCCATGCTGGCCTGCCTGCTGGCCGGCTTCCTGCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109339 TGCCCTGCTGGGCCCCATGCTGGCCTGCCTGCTGGCCGGCTTCCTGCGA