seq1 = pF1KE4306.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KE4306/gi568815597r_39974064.tfa (gi568815597r:39974064_40197238), 223175 bp

>pF1KE4306 918
>gi568815597r:39974064_40197238 (Chr1)

(complement)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-234  (104732-104841)   100% ->
235-362  (105067-105194)   100% ->
363-433  (105840-105910)   100% ->
434-536  (107727-107829)   100% ->
537-627  (116752-116842)   100% ->
628-726  (118581-118679)   100% ->
727-798  (120326-120397)   100% ->
799-918  (123056-123175)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCGCCCGGCTGCCTGTGGCTCTTGGCTGTGGCTCTCCTGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCGCCCGGCTGCCTGTGGCTCTTGGCTGTGGCTCTCCTGCCATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCTGCGCTTCTCGGGCGCTGCAGCATCTGGACCCGCCGGCGCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCTGCGCTTCTCGGGCGCTGCAGCATCTGGACCCGCCGGCGCCGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTTGGTGATCTGGCATGGGATGG         GAGACAGCTGTTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 CGTTGGTGATCTGGCATGGGATGGGTG...TAGGAGACAGCTGTTGCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTTAAGCATGGGTGCTATTAAAAAAATGGTGGAGAAGAAAATACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104749 CCCTTAAGCATGGGTGCTATTAAAAAAATGGTGGAGAAGAAAATACCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATTTACGTCTTATCTTTAGAGATTGGGAAGACCCTGATGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104799 AATTTACGTCTTATCTTTAGAGATTGGGAAGACCCTGATGGAGGTA...T

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   GACGTGGAGAACAGCTTCTTCTTGAATGTCAATTCCCAAGTAACAACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105065 AGGACGTGGAGAACAGCTTCTTCTTGAATGTCAATTCCCAAGTAACAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGTGTCAGGCACTTGCTAAGGATCCTAAATTGCAGCAAGGCTACAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105115 GTGTGTCAGGCACTTGCTAAGGATCCTAAATTGCAGCAAGGCTACAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATGGGATTCTCCCAGGGAGGCCAATTTCT         GAGGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105165 TATGGGATTCTCCCAGGGAGGCCAATTTCTGTA...TAGGAGGGCAGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCAGAGATGCCCTTCACCTCCCATGATCAATCTGATCTCGGTTGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105851 CTCAGAGATGCCCTTCACCTCCCATGATCAATCTGATCTCGGTTGGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAACATCAAG         GTGTTTTTGGACTCCCTCGATGCCCAGGAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105901 CAACATCAAGGTA...TAGGTGTTTTTGGACTCCCTCGATGCCCAGGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGCTCTCACATCTGTGACTTCATCCGAAAAACACTGAATGCTGGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107758 GAGCTCTCACATCTGTGACTTCATCCGAAAAACACTGAATGCTGGGGCGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTCCAAAGTTGTTCAGGAACG         CCTCGTGCAAGCCGAATAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107808 ACTCCAAAGTTGTTCAGGAACGGTA...CAGCCTCGTGCAAGCCGAATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGGCATGACCCCATAAAGGAGGATGTGTATCGCAACCACAGCATCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116771 TGGCATGACCCCATAAAGGAGGATGTGTATCGCAACCACAGCATCTTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCAGATATAAATCAGGAGCGG         GGTATCAATGAGTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 116821 GGCAGATATAAATCAGGAGCGGGTA...CAGGGTATCAATGAGTCCTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGAAAAACCTGATGGCCCTGAAGAAGTTTGTGATGGTGAAATTCCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118600 AGAAAAACCTGATGGCCCTGAAGAAGTTTGTGATGGTGAAATTCCTCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATTCCATTGTGGACCCTGTAGATTCGGAG         TGGTTTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 118650 GATTCCATTGTGGACCCTGTAGATTCGGAGGTG...CAGTGGTTTGGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTACAGAAGTGGCCAAGCCAAGGAAACCATTCCCTTACAGGAGACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120337 TTACAGAAGTGGCCAAGCCAAGGAAACCATTCCCTTACAGGAGACCTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTACACACAG         GACCGCCTGGGGCTAAAGGAAATGGACAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120387 TGTACACACAGGTA...CAGGACCGCCTGGGGCTAAAGGAAATGGACAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCAGGACAGCTAGTGTTTCTGGCTACAGAAGGGGACCATCTTCAGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123086 GCAGGACAGCTAGTGTTTCTGGCTACAGAAGGGGACCATCTTCAGTTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAAGAATGGTTTTATGCCCACATCATACCATTCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123136 TGAAGAATGGTTTTATGCCCACATCATACCATTCCTTGGA