seq1 = pF1KE4304.tfa, 903 bp
seq2 = pF1KE4304/gi568815593r_156987105.tfa (gi568815593r:156987105_157206962), 219858 bp

>pF1KE4304 903
>gi568815593r:156987105_157206962 (Chr5)

(complement)

1-58  (97980-98037)   100% ->
59-394  (100001-100336)   100% ->
395-478  (102214-102297)   98% ->
479-522  (108062-108105)   100% ->
523-676  (111504-111657)   100% ->
677-713  (117986-118022)   100% ->
714-903  (119669-119858)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTTCACATCTTCCCTTTGACTGTGTCCTGCTGCTGCTGCTGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  97980 ATGTTTTCACATCTTCCCTTTGACTGTGTCCTGCTGCTGCTGCTGCTACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTTACAA         GGTCCTCAGAAGTGGAATACAGAGCGGAGGTCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
  98030 ACTTACAAGTA...CAGGGTCCTCAGAAGTGGAATACAGAGCGGAGGTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTCAGAATGCCTATCTGCCCTGCTTCTACACCCCAGCCGCCCCAGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100034 GTCAGAATGCCTATCTGCCCTGCTTCTACACCCCAGCCGCCCCAGGGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCGTGCCCGTCTGCTGGGGCAAAGGAGCCTGTCCTGTGTTTGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100084 CTCGTGCCCGTCTGCTGGGGCAAAGGAGCCTGTCCTGTGTTTGAATGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACGTGGTGCTCAGGACTGATGAAAGGGATGTGAATTATTGGACATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100134 CAACGTGGTGCTCAGGACTGATGAAAGGGATGTGAATTATTGGACATCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GATACTGGCTAAATGGGGATTTCCGCAAAGGAGATGTGTCCCTGACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100184 GATACTGGCTAAATGGGGATTTCCGCAAAGGAGATGTGTCCCTGACCATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGAATGTGACTCTAGCAGACAGTGGGATCTACTGCTGCCGGATCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100234 GAGAATGTGACTCTAGCAGACAGTGGGATCTACTGCTGCCGGATCCAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCAGGCATAATGAATGATGAAAAATTTAACCTGAAGTTGGTCATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100284 CCCAGGCATAATGAATGATGAAAAATTTAACCTGAAGTTGGTCATCAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAG         CCAAGGTCACCCCTGCACCGACTCTGCAGAGAGACTTC
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100334 CAGGTG...TAGCCAAGGTCACCCCTGCACCGACTCGGCAGAGAGACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGCAGCCTTTCCAAGGATGCTTACCACCAGGGGACATGGCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102252 ACTGCAGCCTTTCCAAGGATGCTTACCACCAGGGGACATGGCCCAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479      CAGAGACACAGACACTGGGGAGCCTCCCTGATATAAATCTAACA 
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102302 ..TAGCAGAGACACAGACACTGGGGAGCCTCCCTGATATAAATCTAACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         CAAATATCCACATTGGCCAATGAGTTACGGGACTCTAGATTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108107 TA...TAGCAAATATCCACATTGGCCAATGAGTTACGGGACTCTAGATTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCAATGACTTACGGGACTCTGGAGCAACCATCAGAATAGGCATCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111546 GCCAATGACTTACGGGACTCTGGAGCAACCATCAGAATAGGCATCTACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGGAGCAGGGATCTGTGCTGGGCTGGCTCTGGCTCTTATCTTCGGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111596 CGGAGCAGGGATCTGTGCTGGGCTGGCTCTGGCTCTTATCTTCGGCGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TAATTTTCAAAT         GGTATTCTCATAGCAAAGAGAAGATACAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111646 TAATTTTCAAATGTA...TAGGGTATTCTCATAGCAAAGAGAAGATACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATTTAAG         CCTCATCTCTTTGGCCAACCTCCCTCCCTCAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118015 AATTTAAGGTA...CAGCCTCATCTCTTTGGCCAACCTCCCTCCCTCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATTGGCAAATGCAGTAGCAGAGGGAATTCGCTCAGAAGAAAACATCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119702 ATTGGCAAATGCAGTAGCAGAGGGAATTCGCTCAGAAGAAAACATCTATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCATTGAAGAGAACGTATATGAAGTGGAGGAGCCCAATGAGTATTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119752 CCATTGAAGAGAACGTATATGAAGTGGAGGAGCCCAATGAGTATTATTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATGTCAGCAGCAGGCAGCAACCCTCACAACCTTTGGGTTGTCGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119802 TATGTCAGCAGCAGGCAGCAACCCTCACAACCTTTGGGTTGTCGCTTTGC

    950     .
    897 AATGCCA
        |||||||
 119852 AATGCCA