seq1 = pF1KE4302.tfa, 894 bp
seq2 = pF1KE4302/gi568815575f_119368516.tfa (gi568815575f:119368516_119571055), 202540 bp

>pF1KE4302 894
>gi568815575f:119368516_119571055 (ChrX)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-598  (101146-101632)   99% ->
599-739  (101858-101998)   99% ->
740-894  (102386-102540)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGATGCCGCTGTGTCCTTCGCCAAGGACTTCCTGGCAGGTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGATGCCGCTGTGTCCTTCGCCAAGGACTTCCTGGCAGGTGGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCAGCCATCTCCAAGACGGCGGTAGCGCCCATCGAGCGGGTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCAGCCATCTCCAAGACGGCGGTAGCGCCCATCGAGCGGGTCAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCTGCAG         GTGCAGCATGCCAGCAAGCAGATCACTGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCTGCAGGTA...TAGGTGCAGCATGCCAGCAAGCAGATCACTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATAAGCAATACAAAGGCATTATAGACTGCGTGGTCCGTATTCCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101176 GATAAGCAATACAAAGGCATTATAGACTGCGTGGTCCGTATTCCCAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGGGAGTTCTGTCCTTCTGGCGCGGTAACCTGGCCAATGTCATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101226 GCAGGGAGTTCTGTCCTTCTGGCGCGGTAACCTGGCCAATGTCATCAGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCCCCACCCAGGCTCTTAACTTCGCCTTCAAAGATAAATACAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101276 ACTTCCCCACCCAGGCTCTTAACTTCGCCTTCAAAGATAAATACAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCTTCCTGGGTGGTGTGGACAAGAGAACCCAGTTTTGGCGCTACTTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 101326 ATCTTCCTGGGTGGTGTGGACAAGAGAACCCAGTTTTGGCTCTACTTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGGGAATCTGGCATCGGGTGGTGCCGCAGGGGCCACATCCCTGTGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101376 AGGGAATCTGGCATCGGGTGGTGCCGCAGGGGCCACATCCCTGTGTTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTACCCTCTTGATTTTGCCCGTACCCGTCTAGCAGCTGATGTGGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101426 TGTACCCTCTTGATTTTGCCCGTACCCGTCTAGCAGCTGATGTGGGTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCTGGAGCTGAAAGGGAATTCCGAGGCCTCGGTGACTGCCTGGTTAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101476 GCTGGAGCTGAAAGGGAATTCCGAGGCCTCGGTGACTGCCTGGTTAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTACAAATCTGATGGGATTAAGGGCCTGTACCAAGGCTTTAACGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101526 CTACAAATCTGATGGGATTAAGGGCCTGTACCAAGGCTTTAACGTGTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCAGGGTATTATCATCTACCGAGCCGCCTACTTCGGTATCTATGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101576 TGCAGGGTATTATCATCTACCGAGCCGCCTACTTCGGTATCTATGACACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCAAAGG         GAATGCTTCCGGATCCCAAGAACACTCACATCGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101626 GCAAAGGGTA...CAGGAATGCTTCCGGATCCCAAGAACACTCACATCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATCAGCTGGATGATCGCACAGACTGTCACTGCTGTTGCCGGGTTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101892 CATCAGCTGGATGATCGCACAGACTGTCACTGCTGTTGCCGGGTTGACTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTATCCATTTGACACCGTTCGCCGCCGCATGATGATGCAGTCAGGGCGC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101942 CCTATCCATTTGACACTGTTCGCCGCCGCATGATGATGCAGTCAGGGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAGGAA         CTGACATCATGTACACAGGCACGCTTGACTGCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101992 AAAGGAAGTA...CAGCTGACATCATGTACACAGGCACGCTTGACTGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCGGAAGATTGCTCGTGATGAAGGAGGCAAAGCTTTTTTCAAGGGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102420 GCGGAAGATTGCTCGTGATGAAGGAGGCAAAGCTTTTTTCAAGGGTGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGTCCAATGTTCTCAGAGGCATGGGTGGTGCTTTTGTGCTTGTCTTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102470 GGTCCAATGTTCTCAGAGGCATGGGTGGTGCTTTTGTGCTTGTCTTGTAT

    900     .    :    .    :
    874 GATGAAATCAAGAAGTACACA
        |||||||||||||||||||||
 102520 GATGAAATCAAGAAGTACACA