seq1 = pF1KE4265.tfa, 3186 bp
seq2 = pF1KE4265/gi568815586f_63744817.tfa (gi568815586f:63744817_64242669), 497853 bp

>pF1KE4265 3186
>gi568815586f:63744817_64242669 (Chr12)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-263  (239131-239326)   100% ->
264-426  (245094-245256)   100% ->
427-489  (272134-272196)   100% ->
490-672  (297974-298156)   100% ->
673-801  (298631-298759)   100% ->
802-1023  (318101-318322)   100% ->
1024-1125  (320302-320403)   100% ->
1126-1323  (334103-334300)   99% ->
1324-1408  (335470-335554)   100% ->
1409-1436  (342183-342210)   100% ->
1437-1470  (347077-347110)   100% ->
1471-1531  (350116-350176)   100% ->
1532-1609  (350311-350388)   100% ->
1610-1744  (352425-352559)   100% ->
1745-1850  (364116-364221)   100% ->
1851-2075  (366946-367170)   100% ->
2076-2155  (370998-371077)   100% ->
2156-2336  (381161-381341)   100% ->
2337-2471  (382774-382908)   100% ->
2472-2811  (383045-383384)   100% ->
2812-3186  (397479-397853)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACCCCGAGCCGATTCAAGAAGGACAAAGAGATCATAGCCGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACCCCGAGCCGATTCAAGAAGGACAAAGAGATCATAGCCGAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAAGTCAAGTCAAAG         AAATTCGAGCTCAACTGGTAGAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAAGTCAAGTCAAAGGTA...TAGAAATTCGAGCTCAACTGGTAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACAAAAATGCCTGGAGCAGCAAACGGAGATGCGAGTTCAGCTTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239155 AACAAAAATGCCTGGAGCAGCAAACGGAGATGCGAGTTCAGCTTCTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATCTGCAAGATTTCTTCCGAAAAAAAGCTGAAATTGAGACGGAATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239205 GATCTGCAAGATTTCTTCCGAAAAAAAGCTGAAATTGAGACGGAATATTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGAATCTAGAGAAGTTAGCAGAAAGGTTCATGGCAAAAACAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239255 CCGGAATCTAGAGAAGTTAGCAGAAAGGTTCATGGCAAAAACAAGAAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTAAGGATCATCAACAATACAA         GAAAGACCAGAACCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 239305 CTAAGGATCATCAACAATACAAGTA...TAGGAAAGACCAGAACCTGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTCCAGTGAACTGCTGGTATTTGCTCCTGAACCAAGTAAGGAGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245113 TCTCCAGTGAACTGCTGGTATTTGCTCCTGAACCAAGTAAGGAGAGAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAAGACCATGCAACCTTGAGTGACATCTATCTGAACAATGTGATTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245163 CAAAGACCATGCAACCTTGAGTGACATCTATCTGAACAATGTGATTATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGTTCATGCAGATAAGTGAGGATTCTACCAGGATGTTTAAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 245213 GGTTCATGCAGATAAGTGAGGATTCTACCAGGATGTTTAAAAAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    AGCAAAGAGATTGCATTCCAACTTCATGAGGATTTAATGAAGGTTCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272131 CAGAGCAAAGAGATTGCATTCCAACTTCATGAGGATTTAATGAAGGTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAATGAGCTTTATACG         GTGATGAAAACATACCATATGTATC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 272181 TAATGAGCTTTATACGGTA...CAGGTGATGAAAACATACCATATGTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCAGAGAGCATCAGTGCAGAGAGCAAGCTGAAAGAGGCCGAAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297999 ATGCAGAGAGCATCAGTGCAGAGAGCAAGCTGAAAGAGGCCGAAAAACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGAAAAGCAAATTGGGAGATCTGGTGATCCAGTCTTCCATATTCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298049 GAGGAAAAGCAAATTGGGAGATCTGGTGATCCAGTCTTCCATATTCGACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGAGGAGAGACATCAACGGCGAAGCTCTGTAAAGAAAATTGAAAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298099 AGAGGAGAGACATCAACGGCGAAGCTCTGTAAAGAAAATTGAAAAAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGAAAAA         AGACAAGCAAAATATTCAGAAAATAAGCTAAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 298149 AAGAAAAAGTA...CAGAGACAAGCAAAATATTCAGAAAATAAGCTAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCAATTAAGGCACGGAACGAATATCTCCTAACACTTGAAGCCACCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298664 TCAATTAAGGCACGGAACGAATATCTCCTAACACTTGAAGCCACCAATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCAGTTTTCAAGTACTATATTCATGATCTTTCTGATTTAATTGAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 298714 CTCAGTTTTCAAGTACTATATTCATGATCTTTCTGATTTAATTGATGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      TGCTGTGATCTTGGCTACCATGCAAGTCTGAACAGAGCCCTAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298764 ..AAGTGCTGTGATCTTGGCTACCATGCAAGTCTGAACAGAGCCCTAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACATATCTGTCTGCGGAGTACAACCTTGAAACCTCCAGACATGAGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318146 ACATATCTGTCTGCGGAGTACAACCTTGAAACCTCCAGACATGAGGGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGACATTATTGAGAATGCAGTTGATAATTTAGAGCCCAGGAGCGATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318196 AGACATTATTGAGAATGCAGTTGATAATTTAGAGCCCAGGAGCGATAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAGATTCATGGAGATGTACCCTGCTGCGTTCTGTCCACCAATGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318246 AGAGATTCATGGAGATGTACCCTGCTGCGTTCTGTCCACCAATGAAGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGTTTCAGTCTCACATGGGTGATGAG         GTGTGCCAGGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 318296 GAGTTTCAGTCTCACATGGGTGATGAGGTC...CAGGTGTGCCAGGTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGCCCAGCAGCCAGTCCAGGCAGAGCTCATGCTCAGGTACCAACAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320316 TGCCCAGCAGCCAGTCCAGGCAGAGCTCATGCTCAGGTACCAACAGTTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGTCCCGCCTTGCCACGCTCAAAATCGAGAATGAAGAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 320366 AGTCCCGCCTTGCCACGCTCAAAATCGAGAATGAAGAGGTG...CAGGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGAAAACGACTGAAGCCACCTTGCAGACGATACAAGATATGGTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334106 AAGAAAACGACTGAAGCCACCTTGCAGACGATACAAGATATGGTCACCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGAGGACTATGATGTTTCTGAATGCTTCCAGCACAGTCGTTCCACAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334156 CGAGGACTATGATGTTTCTGAATGCTTCCAGCACAGTCGTTCCACAGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGTGAAGTCCACTGTCTCTGAAACCTACCTGAGTAAACCCAGCATCGCC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334206 CAGTGAAGTCCACTGTCTCTGAAACCTACCTGAGTAAACCCAGCATCGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGAGAAGAGCCAACCAGCAGGAAACTGAACAGTTCTACTTCATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 334256 AAGAGAAGAGCCAACCAGCAGGAAACTGAACAGTTCTACTTCATGGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324     AAACTCAGAGAATATTTGGAAGGCAGTAATCTCATCACAAAACTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334306 .CAGAAACTCAGAGAATATTTGGAAGGCAGTAATCTCATCACAAAACTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAGCCAAACATGACTTGCTGCAGAGGACCCTGGGAGAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 335516 AAGCCAAACATGACTTGCTGCAGAGGACCCTGGGAGAAGGTG...CAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CATAGAGCTGAATATATGACTACAAG         CCGAGGACGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 342185 CATAGAGCTGAATATATGACTACAAGGTA...TAGCCGAGGACGAAGAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTCGCACACAAGACATCAG         GACTCAGGACAGGTTATTCCCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 347092 CTCGCACACAAGACATCAGGTA...CAGGACTCAGGACAGGTTATTCCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCATTGTGGAAAGCTGTATTCGGTTCATCAATCTCTATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 350138 TCATTGTGGAAAGCTGTATTCGGTTCATCAATCTCTATGGTA...TAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CTTCAGCATCAGGGGATTTTCAGAGTGTCTGGTTCCCAGGTGGAAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350313 CTTCAGCATCAGGGGATTTTCAGAGTGTCTGGTTCCCAGGTGGAAGTCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGATATTAAAAATTCATTTGAGAGAG         GTGAAAATCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 350363 TGATATTAAAAATTCATTTGAGAGAGGTA...TAGGTGAAAATCCTTTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTGATGACCAGAGTAACCATGATATTAACTCAGTTGCTGGCGTTCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352440 CTGATGACCAGAGTAACCATGATATTAACTCAGTTGCTGGCGTTCTGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTCTATTTCCGTGGGCTGGAAAACCCCCTCTTTCCTAAGGAAAGATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352490 CTCTATTTCCGTGGGCTGGAAAACCCCCTCTTTCCTAAGGAAAGATTTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CGATCTGATTTCTTGTATCA         GAATAGATAATCTCTATGAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 352540 CGATCTGATTTCTTGTATCAGTA...TAGGAATAGATAATCTCTATGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GGGCGCTTCACATCCGCAAACTCCTCCTGACTTTGCCCAGGTCGGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364137 GGGCGCTTCACATCCGCAAACTCCTCCTGACTTTGCCCAGGTCGGTCCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATAGTGATGAGGTACCTCTTTGCCTTCCTCAATCA         TCTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 364187 ATAGTGATGAGGTACCTCTTTGCCTTCCTCAATCAGTA...TAGTCTATC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 ACAGTACAGCGATGAGAATATGATGGACCCTTATAACCTGGCCATTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 366952 ACAGTACAGCGATGAGAATATGATGGACCCTTATAACCTGGCCATTTGCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TTGGCCCAACATTGATGCCTGTCCCAGAAATACAGGATCAAGTGTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367002 TTGGCCCAACATTGATGCCTGTCCCAGAAATACAGGATCAAGTGTCTTGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CAGGCACATGTGAATGAAATTATCAAAACCATCATCATCCACCATGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367052 CAGGCACATGTGAATGAAATTATCAAAACCATCATCATCCACCATGAGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 TATTTTCCCAGATGCTAAAGAGCTGGATGGCCCTGTTTATGAGAAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367102 TATTTTCCCAGATGCTAAAGAGCTGGATGGCCCTGTTTATGAGAAATGTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TGGCTGGAGATGACTATTG         CGACAGCCCATACAGTGAGCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 367152 TGGCTGGAGATGACTATTGGTA...CAGCGACAGCCCATACAGTGAGCAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GGTACATTGGAGGAAGTGGACCAAGATGCTGGTACAGAGCCCCACACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 371020 GGTACATTGGAGGAAGTGGACCAAGATGCTGGTACAGAGCCCCACACAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 TGAAGATG         AATGTGAGCCAATAGAAGCAATAGCCAAGTTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 371070 TGAAGATGGTA...TAGAATGTGAGCCAATAGAAGCAATAGCCAAGTTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 ACTATGTTGGGCGGTCTGCCAGAGAACTATCCTTCAAGAAGGGTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381194 ACTATGTTGGGCGGTCTGCCAGAGAACTATCCTTCAAGAAGGGTGCCTCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 CTGCTGCTGTATCACCGTGCATCTGAGGACTGGTGGGAAGGCAGGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381244 CTGCTGCTGTATCACCGTGCATCTGAGGACTGGTGGGAAGGCAGGCACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CGGGATTGACGGGCTGGTGCCTCACCAGTATATAGTGGTGCAGGATAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 381294 CGGGATTGACGGGCTGGTGCCTCACCAGTATATAGTGGTGCAGGATATGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2337        GGATGATACGTTTTCAGACACTCTGAGCCAAAAAGCCGACAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381344 G...CAGGGATGATACGTTTTCAGACACTCTGAGCCAAAAAGCCGACAGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GAGGCCAGCAGTGGGCCAGTCACGGAAGACAAGTCCTCATCCAAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382817 GAGGCCAGCAGTGGGCCAGTCACGGAAGACAAGTCCTCATCCAAGGACAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 GAACTCCCCGACAGACCGTCATCCTGACGGCTATTTAGCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 382867 GAACTCCCCGACAGACCGTCATCCTGACGGCTATTTAGCCAGGTA...TA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2472  GCAACGAAAAAGAGGAGAGCCACCCCCTCCAGTAAGGCGTCCTGGCAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 383044 GGCAACGAAAAAGAGGAGAGCCACCCCCTCCAGTAAGGCGTCCTGGCAGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 ACCAGTGATGGCCATTGCCCGCTCCACCCTCCACATGCCCTTTCTAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 383094 ACCAGTGATGGCCATTGCCCGCTCCACCCTCCACATGCCCTTTCTAACTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 CTCAGTTGACCTAGGGTCCCCAAGCCTTGCCAGTCACCCCCGGGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 383144 CTCAGTTGACCTAGGGTCCCCAAGCCTTGCCAGTCACCCCCGGGGCCTGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 TGCAGAACCGTGGCCTCAACAATGACAGTCCTGAGCGGAGGCGCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 383194 TGCAGAACCGTGGCCTCAACAATGACAGTCCTGAGCGGAGGCGCAGGCCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 GGCCATGGCAGCCTGACCAACATCAGCCGGCACGACTCCCTCAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 383244 GGCCATGGCAGCCTGACCAACATCAGCCGGCACGACTCCCTCAAGAAGAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 CGACAGCCCTCCCATTAGAAGGTCCACGTCATCAGGGCAATACACGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 383294 CGACAGCCCTCCCATTAGAAGGTCCACGTCATCAGGGCAATACACGGGCT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 TCAATGACCACAAGCCACTGGACCCAGAGACAATTGCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 383344 TCAATGACCACAAGCCACTGGACCCAGAGACAATTGCTCAGGTA...TAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 GATATTGAAGAAACGATGAACACAGCTTTGAATGAACTCCGAGAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397479 GATATTGAAGAAACGATGAACACAGCTTTGAATGAACTCCGAGAACTGGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 GAGACAGAGCACAGCAAAGCATGCCCCTGATGTGGTGCTGGATACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397529 GAGACAGAGCACAGCAAAGCATGCCCCTGATGTGGTGCTGGATACCCTGG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2912 AGCAAGTGAAAAACTCTCCCACCCCTGCCACTTCCACGGAATCTCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397579 AGCAAGTGAAAAACTCTCCCACCCCTGCCACTTCCACGGAATCTCTCAGC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2962 CCTTTGCACAACGTTGCCCTCAGGAGCTCCGAGCCTCAGATTCGACGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397629 CCTTTGCACAACGTTGCCCTCAGGAGCTCCGAGCCTCAGATTCGACGTAG

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3012 CACGAGCTCCTCCAGTGACACAATGAGTACTTTCAAGCCTATGGTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397679 CACGAGCTCCTCCAGTGACACAATGAGTACTTTCAAGCCTATGGTGGCAC

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3062 CCAGAATGGGCGTGCAGCTGAAGCCTCCAGCCCTTAGGCCAAAACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397729 CCAGAATGGGCGTGCAGCTGAAGCCTCCAGCCCTTAGGCCAAAACCTGCT

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3112 GTTCTTCCAAAAACAAATCCTACCATAGGACCTGCCCCACCTCCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397779 GTTCTTCCAAAAACAAATCCTACCATAGGACCTGCCCCACCTCCCCAGGG

   3350     .    :    .    :    .
   3162 TCCAACAGACAAGTCATGCACAATG
        |||||||||||||||||||||||||
 397829 TCCAACAGACAAGTCATGCACAATG