seq1 = pF1KE4253.tfa, 3039 bp
seq2 = pF1KE4253/gi568815589f_127164878.tfa (gi568815589f:127164878_127493251), 328374 bp

>pF1KE4253 3039
>gi568815589f:127164878_127493251 (Chr9)

1-144  (100001-100144)   100% ->
145-219  (126291-126365)   100% ->
220-319  (146759-146858)   100% ->
320-438  (148564-148682)   100% ->
439-503  (153186-153250)   100% ->
504-567  (155838-155901)   100% ->
568-594  (160192-160218)   100% ->
595-670  (167397-167472)   100% ->
671-769  (168146-168244)   100% ->
770-873  (170353-170456)   100% ->
874-982  (171251-171359)   100% ->
983-1028  (173239-173284)   100% ->
1029-1135  (174768-174874)   100% ->
1136-1251  (177342-177457)   100% ->
1252-1356  (179358-179462)   100% ->
1357-1431  (180526-180600)   100% ->
1432-1543  (184047-184158)   100% ->
1544-1642  (188969-189067)   100% ->
1643-1759  (189417-189533)   100% ->
1760-1935  (190420-190595)   100% ->
1936-2094  (192342-192500)   100% ->
2095-2161  (200423-200489)   100% ->
2162-2269  (218561-218668)   100% ->
2270-2388  (220150-220268)   100% ->
2389-2527  (222316-222454)   100% ->
2528-2743  (224027-224242)   100% ->
2744-2870  (225764-225890)   100% ->
2871-3039  (228206-228374)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAGTTGATTTTTGCAGAAGGTTTGTGGCCAGATCGCTATGTATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAGTTGATTTTTGCAGAAGGTTTGTGGCCAGATCGCTATGTATAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGATGAAGCATTTTTGTTCCAGCTCTGTCTCGGAAGACCTAGGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGATGAAGCATTTTTGTTCCAGCTCTGTCTCGGAAGACCTAGGCTGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACGTGGGGATTTCAGTAGGAAACATTATGGATCTGTGGAGCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 GACGTGGGGATTTCAGTAGGAAACATTATGGATCTGTGGAGCTGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    CTTATTTCCAGTGATGCTGATGGAGCCATCCAAAGGGCTGGAAGATT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126288 TAGCTTATTTCCAGTGATGCTGATGGAGCCATCCAAAGGGCTGGAAGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGAGTGGAAAATGGCTCTTCAGATGAG         AATGCAACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126338 CAGAGTGGAAAATGGCTCTTCAGATGAGGTA...CAGAATGCAACTGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCCTGGTACTTGGCGAAGAACAGACGTGCACTTAGAGAACCCAGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146772 TGCCTGGTACTTGGCGAAGAACAGACGTGCACTTAGAGAACCCAGAATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACACCAGATGGTATTTCAAATATTTTTTAGGACAAG         TCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 146822 CACACCAGATGGTATTTCAAATATTTTTTAGGACAAGGTA...CAGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCAGAACTACATTGGAAACGATGCCGAGAAGAGCCCTTTCTTCTTGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148568 TCAGAACTACATTGGAAACGATGCCGAGAAGAGCCCTTTCTTCTTGTCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACCCTTTCTGACCAAAACAATCAACGTGTCCCTCAATACCGTGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148618 TGACCCTTTCTGACCAAAACAATCAACGTGTCCCTCAATACCGTGCAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTTGGAGAAAAACA         GGTACCCAGAAAATATGCCTTCCCTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 148668 CTTTGGAGAAAAACAGTA...CAGGGTACCCAGAAAATATGCCTTCCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGTCCCACAAAAACTCTTTCTGTGAAGTCCATCTTAAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 153212 CAGTCCCACAAAAACTCTTTCTGTGAAGTCCATCTTAAGGTG...CAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCATGAATCTGGACAAATTTGAGAAAGGCCCCAGGGAAATTTTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155840 CCATGAATCTGGACAAATTTGAGAAAGGCCCCAGGGAAATTTTTCATCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAATACAAAAG         GACTTGCTGGTTCTTGAAGAACAAGAG  
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>
 155890 GAAATACAAAAGGTA...CAGGACTTGCTGGTTCTTGAAGAACAAGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595        GGCTCTGTGAATTTCAAGTTTGGGGTTCTTTTTGCCAAAGATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160221 G...AAGGGCTCTGTGAATTTCAAGTTTGGGGTTCTTTTTGCCAAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GGCAGCTCACTGATGATGAGATGTTCAGCAATG         AAATTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 167440 GGCAGCTCACTGATGATGAGATGTTCAGCAATGGTG...CAGAAATTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AGCGAGCCTTTTCAAAAATTTTTAAATCTTCTGGGTGACACAATCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168154 AGCGAGCCTTTTCAAAAATTTTTAAATCTTCTGGGTGACACAATCACTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AAAGGGCTGGACGGGCTACCGTGGCGGTCTGGATACCAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 168204 AAAGGGCTGGACGGGCTACCGTGGCGGTCTGGATACCAAAAGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ATGATACCACAGGGATACATTCAGTTTATACTGTGTACCAAGGGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170353 ATGATACCACAGGGATACATTCAGTTTATACTGTGTACCAAGGGCATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATCATGTTTCATGTTTCCACCATGTTGCCATATTCCAAAGAGAACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170403 ATCATGTTTCATGTTTCCACCATGTTGCCATATTCCAAAGAGAACAAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCAG         GTGGAAAGGAAACGCCACATTGGAAACGATATCGTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170453 GCAGGTA...CAGGTGGAAAGGAAACGCCACATTGGAAACGATATCGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCATTGTGTTCCAAGAAGGAGAGGAATCTTCTCCTGCCTTTAAGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171288 CCATTGTGTTCCAAGAAGGAGAGGAATCTTCTCCTGCCTTTAAGCCTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ATGATCCGCTCCCACTTTACAC         ATATTTTTGCCTTAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 171338 ATGATCCGCTCCCACTTTACACGTA...CAGATATTTTTGCCTTAGTGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 ATACAATCAACAAAATGACAATTACAG         GCTGAAAATATTTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 173258 ATACAATCAACAAAATGACAATTACAGGTA...TAGGCTGAAAATATTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CAGAAGAGAGCGTACCACTCTTTGGCCCTCCCTTGCCAACTCCACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174782 CAGAAGAGAGCGTACCACTCTTTGGCCCTCCCTTGCCAACTCCACCAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TTTACAGACCACCAGGAATTCAGGGACTTTTTGCTAGTGAAAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 174832 TTTACAGACCACCAGGAATTCAGGGACTTTTTGCTAGTGAAATGTA...T

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136   TAATTAATGGTGAAAAAGCCACTTTGGAAACCCCAACATTTGCCCAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177340 AGTAATTAATGGTGAAAAAGCCACTTTGGAAACCCCAACATTTGCCCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AACGTCGGCGTACCCTGGATATGTTGATTAGATCTTTACACCAGGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177390 AACGTCGGCGTACCCTGGATATGTTGATTAGATCTTTACACCAGGATTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 ATGCCAGATTTGCATAAG         AACATGCTTAATAGACGATCTTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 177440 ATGCCAGATTTGCATAAGGTA...TAGAACATGCTTAATAGACGATCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TAGTGATGTCTTACCAGAGTCACCCAAGTCAGCGCGGAAGAAAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179381 TAGTGATGTCTTACCAGAGTCACCCAAGTCAGCGCGGAAGAAAGAGGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CCCGCCAGGCGGAGTTTGTTAGAATAGGGCAG         GCACTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 179431 CCCGCCAGGCGGAGTTTGTTAGAATAGGGCAGGTG...AAGGCACTAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CTGAAATCCATTGTGAGAGGGGATGCTCCATCAAGCTTGGCAGCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180535 CTGAAATCCATTGTGAGAGGGGATGCTCCATCAAGCTTGGCAGCTTCAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 GATCTGTAAAAAAGAG         CCGTGGGAGCCCCAGTGTTTCTGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 180585 GATCTGTAAAAAAGAGGTG...CAGCCGTGGGAGCCCCAGTGTTTCTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 GTAATTTCCCTCATGAAGCCGTGTGTGCAGATCCCTGGGGCCAGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184072 GTAATTTCCCTCATGAAGCCGTGTGTGCAGATCCCTGGGGCCAGGCCTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 CTGGTTTCCACTGATGCTGGCGTCTTGCTAGTGGATG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 184122 CTGGTTTCCACTGATGCTGGCGTCTTGCTAGTGGATGGTT...CAGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 CCTTCCATCAGTGCCCGTGTTTGACAGAACTCTGCCAGTGAAGCAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188973 CCTTCCATCAGTGCCCGTGTTTGACAGAACTCTGCCAGTGAAGCAAATGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 ATGTGCTTGAGACCCTGGACCTTCTGGTTCTCAGAGCAGACAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 189023 ATGTGCTTGAGACCCTGGACCTTCTGGTTCTCAGAGCAGACAAAGGTG..

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643     GAAAAGATGCTCGCCTCTTTGTCTTCAGGCTAAGTGCTCTGCAAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189073 .CAGGAAAAGATGCTCGCCTCTTTGTCTTCAGGCTAAGTGCTCTGCAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 GGGCCTTGAGGGGAAGCAGGCTGGGAAGAGCAGGTCTGACTGCAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189463 GGGCCTTGAGGGGAAGCAGGCTGGGAAGAGCAGGTCTGACTGCAGAGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 ACAAGTTGGAGAAAACAAAAG         GCTGCCACCTGTATGCTATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 189513 ACAAGTTGGAGAAAACAAAAGGTG...CAGGCTGCCACCTGTATGCTATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 AACACTCACCACAGCAGAGAGCTGAGGATTGTGGTTGCAATTCGGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190440 AACACTCACCACAGCAGAGAGCTGAGGATTGTGGTTGCAATTCGGAATAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 ACTGCTTCTGATCACAAGAAAACACAACAAGCCAAGCGGGGTCACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190490 ACTGCTTCTGATCACAAGAAAACACAACAAGCCAAGCGGGGTCACCAGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 CCTCATTGTTATCTCCCCTGTCTGAGTCACCTGTTGAAGAATTCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190540 CCTCATTGTTATCTCCCCTGTCTGAGTCACCTGTTGAAGAATTCCAGTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 ATCAGG         GAGATCTGTCTGTCTGACTCTCCCATGGTGATGAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190590 ATCAGGGTA...CAGGAGATCTGTCTGTCTGACTCTCCCATGGTGATGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 CTTAGTGGATGGGCCAGCTGAAGAGAGTGACAATCTCATCTGTGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192377 CTTAGTGGATGGGCCAGCTGAAGAGAGTGACAATCTCATCTGTGTGGCTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 ATCGACACCAATTTGATGTGGTGAATGAGAGCACAGGAGAAGCCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192427 ATCGACACCAATTTGATGTGGTGAATGAGAGCACAGGAGAAGCCTTCAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CTGCACCACGTGGAGGCCAACAGG         GTTAATTTTGTTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 192477 CTGCACCACGTGGAGGCCAACAGGGTA...CAGGTTAATTTTGTTGCAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 TATTGATGTGTACGAAGATGGAGAAGCTGGTTTGCTGTTGTGTTACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200440 TATTGATGTGTACGAAGATGGAGAAGCTGGTTTGCTGTTGTGTTACAACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162          ACAGTTGCATCTATAAAAAGGTTTGCCCCTTTAATGGTGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200490 GTA...CAGACAGTTGCATCTATAAAAAGGTTTGCCCCTTTAATGGTGGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2203 TCTTTTTTGGTTCAACCTTCTGCGTCAGATTTCCAGTTCTGTTGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218602 TCTTTTTTGGTTCAACCTTCTGCGTCAGATTTCCAGTTCTGTTGGAACCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 GGCTCCCTATGCAATTG         TCTGTGCTTTCCCGTATCTCCTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 218652 GGCTCCCTATGCAATTGGTA...CAGTCTGTGCTTTCCCGTATCTCCTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2294 CCTTCACCACCGACTCCATGGAGATCCGCCTGGTGGTGAACGGGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220174 CCTTCACCACCGACTCCATGGAGATCCGCCTGGTGGTGAACGGGAACCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2344 GTCCACACTGCAGTCGTGCCGCAGCTGCAGCTGGTGGCCTCCAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 220224 GTCCACACTGCAGTCGTGCCGCAGCTGCAGCTGGTGGCCTCCAGGGTG..

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389     TCGGATATATACTTCACAGCAACTGCAGCTGTGAATGAGGTCTCAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220274 .TAGTCGGATATATACTTCACAGCAACTGCAGCTGTGAATGAGGTCTCAT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2435 CTGGAGGCAGCTCCAAGGGGGCCAGTGCCCGAAATTCTCCTCAGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222362 CTGGAGGCAGCTCCAAGGGGGCCAGTGCCCGAAATTCTCCTCAGACACCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2485 CCGGGCCGAGATACTCCAGTATTTCCTTCTTCCCTGGGGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 222412 CCGGGCCGAGATACTCCAGTATTTCCTTCTTCCCTGGGGGAAGGTG...C

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2528   GTGAAATTCAATCAAAAAATCTGTACAAGATTCCACTTAGAAACCTCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224025 AGGTGAAATTCAATCAAAAAATCTGTACAAGATTCCACTTAGAAACCTCG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2576 TGGGCAGAAGCATCGAACGACCTCTGAAGTCACCCTTAGTCTCCAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224075 TGGGCAGAAGCATCGAACGACCTCTGAAGTCACCCTTAGTCTCCAAGGTC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2626 ATCACCCCACCCACTCCCATCAGTGTGGGCCTTGCTGCCATTCCAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224125 ATCACCCCACCCACTCCCATCAGTGTGGGCCTTGCTGCCATTCCAGTCAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2676 GCACTCCTTGTCCCTGTCTCGCATGGAGATCAAAGAAATAGCAAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224175 GCACTCCTTGTCCCTGTCTCGCATGGAGATCAAAGAAATAGCAAGCAGGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2726 CCCGCAGGGAACTACTGG         GCCTCTCGGATGAAGGTGGACCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 224225 CCCGCAGGGAACTACTGGGTA...CAGGCCTCTCGGATGAAGGTGGACCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2767 AAGTCAGAAGGAGCGCCAAAGGCCAAATCAAAACCCCGGAAGCGGTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225787 AAGTCAGAAGGAGCGCCAAAGGCCAAATCAAAACCCCGGAAGCGGTTAGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2817 AGAAAGCCAAGGAGGCCCCAAGCCAGGGGCAGTGAGGTCATCTAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225837 AGAAAGCCAAGGAGGCCCCAAGCCAGGGGCAGTGAGGTCATCTAGCAGTG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2867 ACAG         GATCCCATCAGGCTCCTTGGAAAGTGCTTCTACTTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225887 ACAGGTA...TAGGATCCCATCAGGCTCCTTGGAAAGTGCTTCTACTTCC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2908 GAAGCCAACCCTGAGGGGCACTCAGCCAGCTCTGACCAGGACCCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228243 GAAGCCAACCCTGAGGGGCACTCAGCCAGCTCTGACCAGGACCCTGTGGC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2958 AGACAGAGAGGGCAGCCCGGTCTCCGGCAGCAGCCCCTTCCAGCTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228293 AGACAGAGAGGGCAGCCCGGTCTCCGGCAGCAGCCCCTTCCAGCTCACGG

   3250     .    :    .    :    .    :
   3008 CTTTCTCCGATGAAGACATTATAGACTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 228343 CTTTCTCCGATGAAGACATTATAGACTTGAAG