seq1 = pF1KE4248.tfa, 2832 bp
seq2 = pF1KE4248/gi568815578f_19786670.tfa (gi568815578f:19786670_20100933), 314264 bp

>pF1KE4248 2832
>gi568815578f:19786670_20100933 (Chr20)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-204  (102897-102989)   100% ->
205-305  (148430-148530)   100% ->
306-498  (169946-170138)   100% ->
499-610  (174031-174142)   100% ->
611-683  (178283-178355)   100% ->
684-775  (184169-184260)   100% ->
776-1909  (187985-189118)   100% ->
1910-2215  (203337-203642)   100% ->
2216-2347  (205499-205630)   100% ->
2348-2511  (210010-210173)   100% ->
2512-2832  (213944-214264)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGGACTCATTTTCTCAAGAATCCACTTTACCCTTCAGGGAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGGACTCATTTTCTCAAGAATCCACTTTACCCTTCAGGGAAGCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAAGAACAAGCTTCCAACCGGTACAAGTCTGGAGGAATTTCACAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAAGAACAAGCTTCCAACCGGTACAAGTCTGGAGGAATTTCACAGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCAAACTACG         GAGTCCCCGGCGTGCAGTGGAGCCTCGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCAAACTACGGTA...CAGGAGTCCCCGGCGTGCAGTGGAGCCTCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGAAATGACAGCTTGGACCATGGGCGCCCGCGGTCTGGACAAGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102927 GGGGAAATGACAGCTTGGACCATGGGCGCCCGCGGTCTGGACAAGCGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGTTTCTTTAAG         CTCATTGACACAATTGCCTCGGAGATCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102977 AAGTTTCTTTAAGGTA...TAGCTCATTGACACAATTGCCTCGGAGATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGAACTGAAACAGGAGATGGTGCGGACAGATGTCAACCTGGAAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148458 GAGAACTGAAACAGGAGATGGTGCGGACAGATGTCAACCTGGAAAATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGAACCCGCTGAAACCCACAG         CATGGTAAGACACAAGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 148508 CTGGAACCCGCTGAAACCCACAGGTG...TAGCATGGTAAGACACAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGTGGCTATTCCGAGGAAGAGGACGTGAAGACCTGTGCCCGGGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169964 TGGTGGCTATTCCGAGGAAGAGGACGTGAAGACCTGTGCCCGGGACTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTATGACAGCCTCTCCAACAGGCTCAGCATCTTGGACCGGCTCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170014 GCTATGACAGCCTCTCCAACAGGCTCAGCATCTTGGACCGGCTCCTCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCACCCCATATGGCTGCAGCTGAGTCTGAGTGAGGAGGAGGCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170064 ACCCACCCCATATGGCTGCAGCTGAGTCTGAGTGAGGAGGAGGCAGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTCCTGCAGGCCCAGCCTCCGGGG         ATCTTCCTGGTTCATA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 170114 GGTCCTGCAGGCCCAGCCTCCGGGGGTA...TAGATCTTCCTGGTTCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATCTACCAAGATGCAGAAGAAAGTCCTCTCCCTCCGCCTGCCCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174047 AATCTACCAAGATGCAGAAGAAAGTCCTCTCCCTCCGCCTGCCCTGTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGGGGCCCCACTCAAGGAATTTGCCATAAAGGAAAGCACATACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 174097 TTTGGGGCCCCACTCAAGGAATTTGCCATAAAGGAAAGCACATACAGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611      CCTTTTCCCTGGAAGGCTCAGGAATCAGTTTCGCAGATTTATTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174147 ..CAGCCTTTTCCCTGGAAGGCTCAGGAATCAGTTTCGCAGATTTATTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCTCATTGCTTTCTACTGCATCAGCAG         GGATGTTCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 178328 GGCTCATTGCTTTCTACTGCATCAGCAGGTA...CAGGGATGTTCTACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTTACCTTGAAGTTGCCTTATGCCATTTCAACAGCCAAGTCGGAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184182 TTTACCTTGAAGTTGCCTTATGCCATTTCAACAGCCAAGTCGGAGGCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTTGAAGAACTGGCCCAGATGGGACTAA         ATTTCTGGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 184232 GCTTGAAGAACTGGCCCAGATGGGACTAAGTA...CAGATTTCTGGAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCCAGCTGACAGCAAACCCCCGAACCTTCCACCTCCCCATAGGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187997 CCCCAGCTGACAGCAAACCCCCGAACCTTCCACCTCCCCATAGGCCTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCCTCCGACGGTGTCTGTCCTGCCTCCCTGCGTCAGCTCTGCCTTATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188047 TCCTCCGACGGTGTCTGTCCTGCCTCCCTGCGTCAGCTCTGCCTTATAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGAGTGCATTCTATCAAAACCAGGACGCCTTCAGAGCTGGAGTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188097 TGGAGTGCATTCTATCAAAACCAGGACGCCTTCAGAGCTGGAGTGCAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGACCAACGGGGCCCTGTGCTTTATTAATCCCCTTTTCTTGAAAGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188147 AGACCAACGGGGCCCTGTGCTTTATTAATCCCCTTTTCTTGAAAGTGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCCAGGACCTCAGTGGAGGCCTGAAACGGCCGAGCACAAGGACTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188197 AGCCAGGACCTCAGTGGAGGCCTGAAACGGCCGAGCACAAGGACTCCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGCGAATGGCACGGAGCGGACTCGGTCCCCCCCACCCAGGCCCCCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188247 CGCGAATGGCACGGAGCGGACTCGGTCCCCCCCACCCAGGCCCCCGCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCGCTATTAATAGTCTCCACACAAGCCCTCGGCTGGCCAGGACTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188297 CCGCTATTAATAGTCTCCACACAAGCCCTCGGCTGGCCAGGACTGAAACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGACGAGCATGCCAGAAACAGTCAACCATAACAAACATGGGAACGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188347 CAGACGAGCATGCCAGAAACAGTCAACCATAACAAACATGGGAACGTAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TCTGCCTGGAACGAAACCAACTCCCATCCCTCCACCCCGGCTGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188397 TCTGCCTGGAACGAAACCAACTCCCATCCCTCCACCCCGGCTGAAGAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGGCTTCTTTTCTGGAAGCAGAGGGCGGTGCAAAGACCTTGAGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188447 AGGCTTCTTTTCTGGAAGCAGAGGGCGGTGCAAAGACCTTGAGCGGCGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CGGCCGGGCGCAGGCCCGGAGCTGGAGCTGGGCACAGCTGGCAGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188497 CGGCCGGGCGCAGGCCCGGAGCTGGAGCTGGGCACAGCTGGCAGCCCAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TGGGGCCCCGCCTGAGGCCGCCCCGGGGGATTGCACAAGGGCCCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188547 TGGGGCCCCGCCTGAGGCCGCCCCGGGGGATTGCACAAGGGCCCCGCCGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCAGCTCTGAATCACGGCCCCCGTGCCATGGAGGCCGGCAGCGGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188597 CCAGCTCTGAATCACGGCCCCCGTGCCATGGAGGCCGGCAGCGGCTGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GACATGAGCATTTCTACTTCCTCCTCCGACTCGCTGGAGTTCGACCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188647 GACATGAGCATTTCTACTTCCTCCTCCGACTCGCTGGAGTTCGACCGGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CATGCCTCTGTTTGGCTACGAGGCGGACACCAACAGCAGCCTGGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188697 CATGCCTCTGTTTGGCTACGAGGCGGACACCAACAGCAGCCTGGAGGACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ACGAGGGGGAAAGTGACCAAGAGACCATGGCGCCCCCCATCAAGTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188747 ACGAGGGGGAAAGTGACCAAGAGACCATGGCGCCCCCCATCAAGTCCAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 AAGAAAAGGAGCAGCTCCTTCGTGCTGCCCAAGCTCGTCAAGTCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188797 AAGAAAAGGAGCAGCTCCTTCGTGCTGCCCAAGCTCGTCAAGTCCCAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GCAGAAGGTGAGCGGGGTGTTCAGCTCCTTCATGACCCCGGAGAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188847 GCAGAAGGTGAGCGGGGTGTTCAGCTCCTTCATGACCCCGGAGAAGCGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TGGTCCGCAGGATCGCCGAGCTTTCCCGGGACAAATGCACCTACTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188897 TGGTCCGCAGGATCGCCGAGCTTTCCCGGGACAAATGCACCTACTTCGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 TGCTTAGTGCAGGACTACGTGAGCTTCCTGCAGGAGAACAAGGAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188947 TGCTTAGTGCAGGACTACGTGAGCTTCCTGCAGGAGAACAAGGAGTGCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CGTGTCCAGCACCGACATGCTGCAGACCATCCGGCAGTTCATGACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188997 CGTGTCCAGCACCGACATGCTGCAGACCATCCGGCAGTTCATGACCCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TCAAGAACTATTTGTCTCAGAGCTCGGAGCTGGACCCCCCCATCGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189047 TCAAGAACTATTTGTCTCAGAGCTCGGAGCTGGACCCCCCCATCGAGTCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CTGATCCCTGAAGACCAAATAG         ATGTGGTGCTGGAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 189097 CTGATCCCTGAAGACCAAATAGGTA...CAGATGTGGTGCTGGAAAAAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CATGCACAAGTGCATCTTGAAGCCCCTCAAGGGGCACGTGGAGGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203356 CATGCACAAGTGCATCTTGAAGCCCCTCAAGGGGCACGTGGAGGCCATGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 TGAAGGACTTTCACATGGCCGATGGCTCATGGAAGCAACTCAAGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203406 TGAAGGACTTTCACATGGCCGATGGCTCATGGAAGCAACTCAAGGAGAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 CTGCAGCTTGTGCGGCAGAGGAATCCGCAGGAGCTGGGGGTCTTCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203456 CTGCAGCTTGTGCGGCAGAGGAATCCGCAGGAGCTGGGGGTCTTCGCCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 GACCCCTGATTTTGTGGATGTGGAGAAAATCAAAGTCAAGTTCATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203506 GACCCCTGATTTTGTGGATGTGGAGAAAATCAAAGTCAAGTTCATGACCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 TGCAGAAGATGTATTCGCCGGAAAAGAAGGTCATGCTGCTGCTGCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203556 TGCAGAAGATGTATTCGCCGGAAAAGAAGGTCATGCTGCTGCTGCGGGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 TGCAAGCTCATTTACACGGTCATGGAGAACAACTCAG         GGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 203606 TGCAAGCTCATTTACACGGTCATGGAGAACAACTCAGGTG...CAGGGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GATGTATGGCGCTGATGACTTCTTGCCAGTCCTGACCTATGTCATAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205503 GATGTATGGCGCTGATGACTTCTTGCCAGTCCTGACCTATGTCATAGCCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 AGTGTGACATGCTTGAATTGGACACTGAAATCGAGTACATGATGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205553 AGTGTGACATGCTTGAATTGGACACTGAAATCGAGTACATGATGGAGCTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 CTAGACCCATCGCTGTTACATGGAGAAG         GAGGCTATTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 205603 CTAGACCCATCGCTGTTACATGGAGAAGGTA...CAGGAGGCTATTACTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2361 GACAAGCGCATATGGAGCACTTTCTCTGATAAAGAATTTCCAAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210023 GACAAGCGCATATGGAGCACTTTCTCTGATAAAGAATTTCCAAGAAGAAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2411 AAGCAGCGCGACTGCTCAGCTCAGAAACCAGAGACACCCTGAGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210073 AAGCAGCGCGACTGCTCAGCTCAGAAACCAGAGACACCCTGAGGCAGTGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2461 CACAAACGGAGAACCACCAACCGGACCATCCCCTCTGTGGACGACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210123 CACAAACGGAGAACCACCAACCGGACCATCCCCTCTGTGGACGACTTCCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2511 G         AATTACCTCCGAGTTGCATTTCAGGAGGTCAACAGTGGTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210173 GGTG...CAGAATTACCTCCGAGTTGCATTTCAGGAGGTCAACAGTGGTT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2552 GCACAGGAAAGACCCTCCTTGTGAGACCTTACATCACCACTGAGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213984 GCACAGGAAAGACCCTCCTTGTGAGACCTTACATCACCACTGAGGATGTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2602 TGTCAGATCTGCGCTGAGAAGTTCAAGGTGGGGGACCCTGAGGAGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214034 TGTCAGATCTGCGCTGAGAAGTTCAAGGTGGGGGACCCTGAGGAGTACAG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2652 CCTCTTTCTCTTCGTTGACGAGACATGGCAGCAGCTGGCAGAGGACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214084 CCTCTTTCTCTTCGTTGACGAGACATGGCAGCAGCTGGCAGAGGACACTT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2702 ACCCTCAAAAAATCAAGGCGGAGCTGCACAGCCGACCACAGCCCCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214134 ACCCTCAAAAAATCAAGGCGGAGCTGCACAGCCGACCACAGCCCCACATC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2752 TTCCACTTTGTCTACAAACGCATCAAGAACGATCCTTATGGCATCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214184 TTCCACTTTGTCTACAAACGCATCAAGAACGATCCTTATGGCATCATTTT

   2900     .    :    .    :    .    :
   2802 CCAGAACGGGGAAGAAGACCTCACCACCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 214234 CCAGAACGGGGAAGAAGACCTCACCACCTCC