seq1 = pF1KE4242.tfa, 2712 bp
seq2 = pF1KE4242/gi568815592f_138713275.tfa (gi568815592f:138713275_139002624), 289350 bp

>pF1KE4242 2712
>gi568815592f:138713275_139002624 (Chr6)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-179  (101217-101329)   100% ->
180-342  (125078-125240)   100% ->
343-595  (129705-129957)   100% ->
596-764  (131138-131306)   100% ->
765-903  (133265-133403)   100% ->
904-1069  (135995-136160)   100% ->
1070-1198  (140752-140880)   100% ->
1199-1291  (149353-149445)   100% ->
1292-1474  (151722-151904)   100% ->
1475-1578  (154829-154932)   100% ->
1579-1665  (163198-163284)   100% ->
1666-1880  (167683-167897)   100% ->
1881-2028  (169450-169597)   100% ->
2029-2102  (172232-172305)   100% ->
2103-2259  (172400-172556)   100% ->
2260-2325  (173583-173648)   100% ->
2326-2414  (175669-175757)   100% ->
2415-2587  (187674-187846)   100% ->
2588-2712  (189226-189350)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCTTCCACACCAGATTTAGTGCCTGGACACCTTTTAGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCTTCCACACCAGATTTAGTGCCTGGACACCTTTTAGCAACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCATTAAATAGACAG         CTCTTTCAGGAAAGAGTGGCTCTTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCATTAAATAGACAGGTA...TAGCTCTTTCAGGAAAGAGTGGCTCTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAGTCATTGGTTTGACCTCTGGACTAACAAGCAACGTCAAGAATTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101242 TAAGTCATTGGTTTGACCTCTGGACTAACAAGCAACGTCAAGAATTCTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCGCAATTTTTTTAAGATGCACTAAATCACAATTAAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101292 TTCGCAATTTTTTTAAGATGCACTAAATCACAATTAAGGTA...TAGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTCCAAGACTGGTTTTCAGAAAGGATGCAAGTGGCCAAAGTGGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125081 TGTCCAAGACTGGTTTTCAGAAAGGATGCAAGTGGCCAAAGTGGACTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTACAGTGTTACCACGCTTCATTTCTCTATATATCTTTTCCTTTTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125131 CTACAGTGTTACCACGCTTCATTTCTCTATATATCTTTTCCTTTTTGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCGAAAGATTTGTGTGCCGCTGCCCAAGTCAGCTGGCCCTGGAAGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125181 CCGAAAGATTTGTGTGCCGCTGCCCAAGTCAGCTGGCCCTGGAAGTTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACTGAACAG         GATTGCTTATGGATGCCCAAATGCGTTAAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125231 AACTGAACAGGTT...AAGGATTGCTTATGGATGCCCAAATGCGTTAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCGGATGGTTTCTGCCCTATACTCCAACAGATAATGAGTATGGTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129736 TCGGATGGTTTCTGCCCTATACTCCAACAGATAATGAGTATGGTGCTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCGCCATTACATTGCTTGTGTGTCCCACTTAGACTGGCTGACACCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129786 AAGCGCCATTACATTGCTTGTGTGTCCCACTTAGACTGGCTGACACCTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGGCTGCTGCTACTTATGGGACGCTGAATGAACCCAAAACAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129836 GGAGGCTGCTGCTACTTATGGGACGCTGAATGAACCCAAAACAGAAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGAACTACTGGAGAGACAAAGAGAAAAGTGCCTGAGGAAAAGAATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129886 AGGAACTACTGGAGAGACAAAGAGAAAAGTGCCTGAGGAAAAGAATTTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGAAAATTGCACTACGTAAGA         AGGAGTTATTCAAAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 129936 GAGAAAATTGCACTACGTAAGAGTA...CAGAGGAGTTATTCAAAGTTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACCCCCTTGGGTGAGTGGAACTTGCTGCTCTAGCGTGCTAAAGCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131157 ACCCCCTTGGGTGAGTGGAACTTGCTGCTCTAGCGTGCTAAAGCCCAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCAACCACGCCTCTCCCAGACTGTAAGGGAGCGAGTGGGATTACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131207 GCCAACCACGCCTCTCCCAGACTGTAAGGGAGCGAGTGGGATTACATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTTTGGAGAAACAGCTTGTTTTGACATCGTTAGAAACCTTGCCCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131257 GCTTTGGAGAAACAGCTTGTTTTGACATCGTTAGAAACCTTGCCCAAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765          AAGCAATATTTCTGGAAGCCATTCCTACCCTTTATTATCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131307 GTA...TAGAAGCAATATTTCTGGAAGCCATTCCTACCCTTTATTATCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGAAAAATTGGCATGGAGTTCATAAAAATGATGACAGATCTTCATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133306 AGAAAAATTGGCATGGAGTTCATAAAAATGATGACAGATCTTCATATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTCCGGCCACACTTCATGTTAATATCATCCCGGATTCCTGCGTATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 133356 CTCCGGCCACACTTCATGTTAATATCATCCCGGATTCCTGCGTATGAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904        ATGGTGATGGAGAGTGTGAAGGCTGGTGTTGTTTCTGTGGTAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133406 A...CAGATGGTGATGGAGAGTGTGAAGGCTGGTGTTGTTTCTGTGGTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGAACACAGCGTAACCTTGGAAAGCCTTCTGTATCTTATAGAAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136038 ATGAACACAGCGTAACCTTGGAAAGCCTTCTGTATCTTATAGAAAAAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGATGGGCAGAAGGCACAGAGCATCGGAATATTTAGCGATGGAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136088 CTGGATGGGCAGAAGGCACAGAGCATCGGAATATTTAGCGATGGAGACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAGAGAAATCAATTTACTCCAAG         GCTATAAAATTGGTGTTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 136138 CAGAGAAATCAATTTACTCCAAGGTA...CAGGCTATAAAATTGGTGTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAAATTTACTGAGGCCTGAAGTGAGAGATTTCTGGGAGAAATTAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140770 AAAATTTACTGAGGCCTGAAGTGAGAGATTTCTGGGAGAAATTAGGAAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TATGTGGCCACTGAAGAAGAAGGGGGTCACGTGGACTTCTTCGTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140820 TATGTGGCCACTGAAGAAGAAGGGGGTCACGTGGACTTCTTCGTGCCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGGAGCATCAG         AGGCAGGAATTGAAGTTCTTTCCCAGCTGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 140870 TGGAGCATCAGGTT...CAGAGGCAGGAATTGAAGTTCTTTCCCAGCTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTCAACTAACTGGCACGTTCTTTACGGCCCCCACTGGGATTGCAACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149383 CTCAACTAACTGGCACGTTCTTTACGGCCCCCACTGGGATTGCAACTGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCTTACCAGCACA         TTCTTAGTGATTGGCTGGGATCCCAATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 149433 TCTTACCAGCACAGTA...CAGTTCTTAGTGATTGGCTGGGATCCCAATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGGAAAGGCCCCCTCTTCCATCTACTTCTGCGAATCGAAGCTACAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151750 GGGAAAGGCCCCCTCTTCCATCTACTTCTGCGAATCGAAGCTACAGACGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GGTCCAGCTTCACAGACTTCCTAGAAGAAACCTTGAAAACAGTAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151800 GGTCCAGCTTCACAGACTTCCTAGAAGAAACCTTGAAAACAGTAAGGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAGCTGTATCCTTTCTTCAAGGAACTGCAGAAGAGCATCAGTGGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151850 CAGCTGTATCCTTTCTTCAAGGAACTGCAGAAGAGCATCAGTGGCAGGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GATAG         GGCAGTTTATGTTTGACACCATGGGTATGACCAACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151900 GATAGGTA...CAGGGCAGTTTATGTTTGACACCATGGGTATGACCAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TTCTAAACAACCAAGATACTGCGCAAGCTCTGGCAGATGGATTGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154865 TTCTAAACAACCAAGATACTGCGCAAGCTCTGGCAGATGGATTGATGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TTGTCAAAAGAAGATTCT         GAAAGAAATGTTGTAGAAGACAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 154915 TTGTCAAAAGAAGATTCTGTA...CAGGAAAGAAATGTTGTAGAAGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TTCTTGGGACACAAAGTCCAGGCTCAGCAAAAATGATTTAAATTTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163221 TTCTTGGGACACAAAGTCCAGGCTCAGCAAAAATGATTTAAATTTTGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CACTGATTAATCTG         GAGAGAATACTCCAGAAGGACTCAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 163271 CACTGATTAATCTGGTA...CAGGAGAGAATACTCCAGAAGGACTCAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAAAAGCGAGCTAGAGTTGTCAGAGAACTCTTACAGAGTGAGAGAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167710 GAAAAGCGAGCTAGAGTTGTCAGAGAACTCTTACAGAGTGAGAGAAAATA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CGTGCAGATACTGGAAATTGTGAGAGATGTTTATGTCGCACCACTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167760 CGTGCAGATACTGGAAATTGTGAGAGATGTTTATGTCGCACCACTGAAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CAGCATTGTCATCAAACAGAGCGATTCTGAGTGCTGCCAATATCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167810 CAGCATTGTCATCAAACAGAGCGATTCTGAGTGCTGCCAATATCCAGATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ATTTTCTGTGACATTCTACAGATTTTAAGTCTCAACAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 167860 ATTTTCTGTGACATTCTACAGATTTTAAGTCTCAACAGGTA...CAGGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GTTTCTAGATAACCTGAGAGACAGACTGCAGGAATGGGGCCCAGCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169453 GTTTCTAGATAACCTGAGAGACAGACTGCAGGAATGGGGCCCAGCTCACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GTGTGGGAGAAATAGTCACGAAGTTTGGAAGCCAGTTAAACACATATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169503 GTGTGGGAGAAATAGTCACGAAGTTTGGAAGCCAGTTAAACACATATACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AATTTCTTCAACAATTACCCTGTCATTCTGAAAACTATTGAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 169553 AATTTCTTCAACAATTACCCTGTCATTCTGAAAACTATTGAGAAGGTA..

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029     TGCAGAGAAATGATACCAGCATTCCGAACTTTCCTGAAGAGGCATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169603 .TAGTGCAGAGAAATGATACCAGCATTCCGAACTTTCCTGAAGAGGCATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ATAAGACCATTGTTACCAAAATGCTGAG         CCTGCCAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 172278 ATAAGACCATTGTTACCAAAATGCTGAGGTA...CAGCCTGCCAGAGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CTGCTGTACCCATCCCGAAGATTTGAAGAATACCTTAATCTTCTCTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172413 CTGCTGTACCCATCCCGAAGATTTGAAGAATACCTTAATCTTCTCTACGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TGTCAGGCTTCATACCCCTGCAGAGCATGTTGACCGTGGGGACTTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172463 TGTCAGGCTTCATACCCCTGCAGAGCATGTTGACCGTGGGGACTTGACCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CTGCAATTGACCAAATCAAAAAATATAAAGGTTATATAGATCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 172513 CTGCAATTGACCAAATCAAAAAATATAAAGGTTATATAGATCAGGTT...

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2260    ATGAAGCAAAACATCACTATGAAGGATCATCTGTCAGATATACAGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173580 TAGATGAAGCAAAACATCACTATGAAGGATCATCTGTCAGATATACAGAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 AATCATCTGGGGATGCCCT         ACTCTATCAGAAGTAAACAGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 173630 AATCATCTGGGGATGCCCTGTA...CAGACTCTATCAGAAGTAAACAGAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 ATCTGATTAGGGTACAAGATGTAGCCCAACTTCATTGCTGTGATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175691 ATCTGATTAGGGTACAAGATGTAGCCCAACTTCATTGCTGTGATGAAGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 ATAAGTTTCTCTTTAAG         GCTCTATGAACACATCCATGATCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 175741 ATAAGTTTCTCTTTAAGGTA...CAGGCTCTATGAACACATCCATGATCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 CAGCCTTTTCCTCTTCAATGATGCCCTGCTCGTTTCTAGTCGGGGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187698 CAGCCTTTTCCTCTTCAATGATGCCCTGCTCGTTTCTAGTCGGGGCACAT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 CTCACACTCCATTTGAGAGGACTTCAAAAACAACCTACCAGTTCATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187748 CTCACACTCCATTTGAGAGGACTTCAAAAACAACCTACCAGTTCATTGCA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 TCAGTGGCCCTTCATCGGTTACTCATAGAAAATATTCCAGATTCCAAGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 187798 TCAGTGGCCCTTCATCGGTTACTCATAGAAAATATTCCAGATTCCAAGTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2588         ATGTCAAGAATGCATTTATTCTTCAGGGTCCAAAATATAAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187848 TA...CAGATGTCAAGAATGCATTTATTCTTCAGGGTCCAAAATATAAAT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 GGATTTGTGCTACAGAAATAGAGGATGATAAGTTCCTATGGCTGTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189268 GGATTTGTGCTACAGAAATAGAGGATGATAAGTTCCTATGGCTGTCAGTA

   2850     .    :    .    :    .    :
   2680 CTTCGAAATGCAATCAAAAGCAGTATGGAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 189318 CTTCGAAATGCAATCAAAAGCAGTATGGAGAAG