seq1 = pF1KE4235.tfa, 2574 bp
seq2 = pF1KE4235/gi568815578r_49272986.tfa (gi568815578r:49272986_49582480), 309495 bp

>pF1KE4235 2574
>gi568815578r:49272986_49582480 (Chr20)

(complement)

1-567  (100001-100567)   100% ->
568-2574  (207489-209495)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGCGGGCATGACGAAGCATGGCTCCCGCTCCACCAGCTCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGCGGGCATGACGAAGCATGGCTCCCGCTCCACCAGCTCGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCGAGCCCATGGAGATCGTGCGCAGCAAGGCGTGCTCTCGGCGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCGAGCCCATGGAGATCGTGCGCAGCAAGGCGTGCTCTCGGCGGGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTCAACGTCGGGGGGCTGGCGCACGAGGTACTCTGGCGTACCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTCAACGTCGGGGGGCTGGCGCACGAGGTACTCTGGCGTACCCTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCCTGCCCCGCACGCGGCTGGGCAAGCTCCGCGACTGCAACACGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCCTGCCCCGCACGCGGCTGGGCAAGCTCCGCGACTGCAACACGCACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCGCTGCTCGAGGTGTGCGATGACTACAGCCTCGACGACAACGAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCGCTGCTCGAGGTGTGCGATGACTACAGCCTCGACGACAACGAGTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTTGACCGCCACCCGGGCGCCTTCACCTCCATCCTCAACTTCTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTTGACCGCCACCCGGGCGCCTTCACCTCCATCCTCAACTTCTACCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTGGGCGACTGCACATGATGGAGGAGATGTGCGCGCTCAGCTTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTGGGCGACTGCACATGATGGAGGAGATGTGCGCGCTCAGCTTCAGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGCTCGACTACTGGGGCATCGACGAGATCTACCTGGAGTCCTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAGCTCGACTACTGGGGCATCGACGAGATCTACCTGGAGTCCTGCTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGCCCGCTACCACCAGAAGAAAGAGCAGATGAACGAGGAGCTCAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGCCCGCTACCACCAGAAGAAAGAGCAGATGAACGAGGAGCTCAAGCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGCCGAGACCCTACGGGAGCGGGAAGGCGAGGAGTTCGATAACACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGGCCGAGACCCTACGGGAGCGGGAAGGCGAGGAGTTCGATAACACGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGCGCAGAGAAGAGGAAAAAACTCTGGGACCTACTGGAGAAGCCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGCGCAGAGAAGAGGAAAAAACTCTGGGACCTACTGGAGAAGCCCAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTCTGTGGCTGCCAAG         ATCCTTGCCATAATTTCCATCATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTCTGTGGCTGCCAAGGTG...CAGATCCTTGCCATAATTTCCATCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTCATCGTCCTCTCCACCATTGCCCTGTCCCTCAACACGCTGCCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207513 TTCATCGTCCTCTCCACCATTGCCCTGTCCCTCAACACGCTGCCTGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACAGAGCCTCGATGAGTTCGGCCAGTCCACAGACAACCCCCAGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207563 ACAGAGCCTCGATGAGTTCGGCCAGTCCACAGACAACCCCCAGCTGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACGTGGAGGCCGTGTGCATCGCATGGTTCACCATGGAGTACCTGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207613 ACGTGGAGGCCGTGTGCATCGCATGGTTCACCATGGAGTACCTGCTGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTCCTCTCCTCGCCCAAGAAGTGGAAGTTCTTCAAGGGCCCACTCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207663 TTCCTCTCCTCGCCCAAGAAGTGGAAGTTCTTCAAGGGCCCACTCAATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATTGACTTGTTGGCCATTCTGCCATACTATGTCACCATTTTCCTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207713 CATTGACTTGTTGGCCATTCTGCCATACTATGTCACCATTTTCCTCACCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AATCCAACAAGAGCGTGCTGCAATTCCAGAATGTCCGCCGCGTGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207763 AATCCAACAAGAGCGTGCTGCAATTCCAGAATGTCCGCCGCGTGGTCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATCTTCCGCATCATGCGAATTCTCCGCATCCTTAAGCTTGCACGCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207813 ATCTTCCGCATCATGCGAATTCTCCGCATCCTTAAGCTTGCACGCCACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CACTGGCCTCCAGTCTCTGGGCTTCACTTTGCGGAGGAGCTACAATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207863 CACTGGCCTCCAGTCTCTGGGCTTCACTTTGCGGAGGAGCTACAATGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGGGCTTGCTCATCCTCTTCCTTGCCATGGGCATTATGATCTTCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207913 TGGGCTTGCTCATCCTCTTCCTTGCCATGGGCATTATGATCTTCTCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTTGTCTTCTTTGCTGAGAAGGATGAGGACGACACCAAGTTCAAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207963 CTTGTCTTCTTTGCTGAGAAGGATGAGGACGACACCAAGTTCAAAAGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCCAGCCTCTTTCTGGTGGGCCACCATCACCATGACTACTGTTGGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208013 CCCAGCCTCTTTCTGGTGGGCCACCATCACCATGACTACTGTTGGGTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GAGACATCTACCCCAAGACTCTCCTGGGGAAAATTGTTGGGGGACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208063 GAGACATCTACCCCAAGACTCTCCTGGGGAAAATTGTTGGGGGACTCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TGCATTGCAGGAGTCCTGGTGATTGCTCTTCCCATCCCCATCATCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208113 TGCATTGCAGGAGTCCTGGTGATTGCTCTTCCCATCCCCATCATCGTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TAACTTCTCTGAGTTCTATAAGGAGCAGAAGAGACAGGAGAAAGCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208163 TAACTTCTCTGAGTTCTATAAGGAGCAGAAGAGACAGGAGAAAGCAATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AACGGCGAGAGGCTCTGGAGAGAGCCAAGAGGAATGGCAGCATCGTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208213 AACGGCGAGAGGCTCTGGAGAGAGCCAAGAGGAATGGCAGCATCGTATCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 ATGAACATGAAGGATGCTTTTGCCCGGAGCATTGAGATGATGGACATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208263 ATGAACATGAAGGATGCTTTTGCCCGGAGCATTGAGATGATGGACATTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GGTTGAGAAAAATGGGGAGAATATGGGTAAGAAAGACAAAGTACAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208313 GGTTGAGAAAAATGGGGAGAATATGGGTAAGAAAGACAAAGTACAAGATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ACCACTTGTCTCCTAACAAATGGAAATGGACAAAGAGGACACTGTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208363 ACCACTTGTCTCCTAACAAATGGAAATGGACAAAGAGGACACTGTCTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 ACCAGCTCAAGTAAGTCCTTTGAAACCAAGGAACAGGGATCCCCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208413 ACCAGCTCAAGTAAGTCCTTTGAAACCAAGGAACAGGGATCCCCTGAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 AGCCAGATCGTCTTCTAGTCCTCAGCACCTGAACGTTCAGCAGTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208463 AGCCAGATCGTCTTCTAGTCCTCAGCACCTGAACGTTCAGCAGTTGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 ACATGTACAATAAGATGGCCAAGACCCAATCCCAACCCATCCTCAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208513 ACATGTACAATAAGATGGCCAAGACCCAATCCCAACCCATCCTCAATACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 AAGGAGTCAGCAGCACAGAGCAAACCAAAGGAAGAACTTGAAATGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208563 AAGGAGTCAGCAGCACAGAGCAAACCAAAGGAAGAACTTGAAATGGAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TATCCCCAGCCCCGTAGCCCCTCTGCCCACTCGCACAGAAGGGGTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208613 TATCCCCAGCCCCGTAGCCCCTCTGCCCACTCGCACAGAAGGGGTCATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 ACATGCGAAGTATGTCAAGCATTGATAGTTTCATTAGCTGTGCCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208663 ACATGCGAAGTATGTCAAGCATTGATAGTTTCATTAGCTGTGCCACAGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 TTCCCTGAGGCCACCAGATTCTCCCACAGCCCTTTGACATCACTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208713 TTCCCTGAGGCCACCAGATTCTCCCACAGCCCTTTGACATCACTCCCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 CAAGACTGGGGGCAGCACAGCCCCAGAAGTGGGCTGGCGGGGAGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208763 CAAGACTGGGGGCAGCACAGCCCCAGAAGTGGGCTGGCGGGGAGCTCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 GTGCCAGTGGTGGTAGGTTTGTGGAGGCCAACCCCAGCCCTGATGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208813 GTGCCAGTGGTGGTAGGTTTGTGGAGGCCAACCCCAGCCCTGATGCCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 CAGCACTCTAGTTTCTTCATCGAGAGCCCCAAGAGTTCCATGAAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208863 CAGCACTCTAGTTTCTTCATCGAGAGCCCCAAGAGTTCCATGAAAACTAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 CAACCCTTTGAAGCTCCGAGCACTTAAAGTCAACTTCATGGAGGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208913 CAACCCTTTGAAGCTCCGAGCACTTAAAGTCAACTTCATGGAGGGTGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 CCAGTCCACTCCTCCCCGTTCTAGGGATGTACCATGACCCTCTCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208963 CCAGTCCACTCCTCCCCGTTCTAGGGATGTACCATGACCCTCTCAGGAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 CGGGGGAGTGCTGCGGCTGCTGTCGCTGGACTGGAGTGTGCCACGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209013 CGGGGGAGTGCTGCGGCTGCTGTCGCTGGACTGGAGTGTGCCACGCTTTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 GGACAAGGCTGTGCTGAGCCCAGAGTCCTCCATCTACACCACAGCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209063 GGACAAGGCTGTGCTGAGCCCAGAGTCCTCCATCTACACCACAGCAAGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2192 CTAAGACACCCCCCCGGTCTCCTGAGAAACACACAGCAATAGCGTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209113 CTAAGACACCCCCCCGGTCTCCTGAGAAACACACAGCAATAGCGTTCAAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 TTTGAGGCGGGTGTCCACCAGTACATTGACGCAGACACAGATGATGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209163 TTTGAGGCGGGTGTCCACCAGTACATTGACGCAGACACAGATGATGAGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 ACAGCTGCTCTACAGTGTGGACTCCAGCCCCCCCAAAAGCCTCCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209213 ACAGCTGCTCTACAGTGTGGACTCCAGCCCCCCCAAAAGCCTCCCTGGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 GCACCAGTCCGAAGTTCAGCACGGGGACAAGATCGGAGAAAAACCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209263 GCACCAGTCCGAAGTTCAGCACGGGGACAAGATCGGAGAAAAACCACTTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2392 GAAAGCTCCCCTTTACCCACCTCCCCTAAGTTCTTAAGGCAGAACTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209313 GAAAGCTCCCCTTTACCCACCTCCCCTAAGTTCTTAAGGCAGAACTGTAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2442 TTACTCCACAGAAGCATTGACTGGAAAAGGCCCCAGTGGTCAGGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209363 TTACTCCACAGAAGCATTGACTGGAAAAGGCCCCAGTGGTCAGGAAAAGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2492 GCAAACTTGAGAACCACATCTCCCCTGACGTCCGTGTGTTGCCAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209413 GCAAACTTGAGAACCACATCTCCCCTGACGTCCGTGTGTTGCCAGGGGGA

   2550     .    :    .    :    .    :
   2542 GGAGCCCATGGAAGCACACGAGATCAGAGCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 209463 GGAGCCCATGGAAGCACACGAGATCAGAGCATC