seq1 = pF1KE4233.tfa, 2550 bp
seq2 = pF1KE4233/gi568815595f_141387084.tfa (gi568815595f:141387084_141710067), 322984 bp

>pF1KE4233 2550
>gi568815595f:141387084_141710067 (Chr3)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-251  (125080-125197)   100% ->
252-355  (129245-129348)   100% ->
356-450  (142625-142719)   100% ->
451-527  (153450-153526)   100% ->
528-611  (166774-166857)   100% ->
612-684  (168757-168829)   100% ->
685-761  (171803-171879)   100% ->
762-863  (172811-172912)   100% ->
864-1020  (183829-183985)   100% ->
1021-1169  (184323-184471)   100% ->
1170-1284  (185526-185640)   100% ->
1285-1359  (186064-186138)   100% ->
1360-1483  (186861-186984)   100% ->
1484-1590  (189917-190023)   100% ->
1591-1674  (193285-193368)   100% ->
1675-1752  (194017-194094)   100% ->
1753-1826  (198942-199015)   100% ->
1827-1936  (199563-199672)   100% ->
1937-2019  (220595-220677)   100% ->
2020-2228  (221406-221614)   100% ->
2229-2332  (222337-222440)   100% ->
2333-2522  (222794-222983)   100% ->
2523-2550  (225200-225227)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGGCGCCTGCTGCTGCGGCGGCTTCTTCCGAGGCGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCGGCGCCTGCTGCTGCGGCGGCTTCTTCCGAGGCGCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGAGTGCGACTGCAGAGCCCGAGGCCGGGGACCAGGACAGTCGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGAGTGCGACTGCAGAGCCCGAGGCCGGGGACCAGGACAGTCGCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCGAGTGTTGCAGAGCCTGCGGGGCAAGATCT         GTGAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 TTCGAGTGTTGCAGAGCCTGCGGGGCAAGATCTGTA...CAGGTGAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAAATTTATTGCCATATCTTGGACCCCACAAAATGAGAGATTGTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125088 AAAAATTTATTGCCATATCTTGGACCCCACAAAATGAGAGATTGTTTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACCATAAATTTGGACCAGGAAGAAGTTTATCGTACCCAAGTTGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125138 TACCATAAATTTGGACCAGGAAGAAGTTTATCGTACCCAAGTTGTGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATCTTTAAG         CCCATTTTTCAGTGAAGAATTTTACTTTGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125188 AATCTTTAAGGTT...TAGCCCATTTTTCAGTGAAGAATTTTACTTTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCCAAGAACTTTCCAGTATTTGTCTTTCTATGTTTATGATAAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129276 ATTCCAAGAACTTTCCAGTATTTGTCTTTCTATGTTTATGATAAGAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTACAAAGAGATCTCCGTATAG         GAAAAGTAGCCATCAAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 129326 TTTACAAAGAGATCTCCGTATAGGTA...TAGGAAAAGTAGCCATCAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGAAGACTTGTGTAATCACAGTGGCAAAGAAACTTGGTTTTCATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142643 AAGAAGACTTGTGTAATCACAGTGGCAAAGAAACTTGGTTTTCATTACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTGTTGACTCCAATTCAGAGGTTCAG         GGTAAAGTTCACCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 142693 CCTGTTGACTCCAATTCAGAGGTTCAGGTA...TAGGGTAAAGTTCACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAATTAAAACTGAATGAACTGATAACGGAGAATGGAACTGTATGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153464 TGAATTAAAACTGAATGAACTGATAACGGAGAATGGAACTGTATGCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTTGTTGTACA         CATCAAGGCATGCCATGGGTTGCCTCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 153514 AGCTTGTTGTACAGTA...TAGCATCAAGGCATGCCATGGGTTGCCTCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATAAATGGCCAAAGCTGTGACCCTTATGCAACAGTTTCTCTAGTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166802 ATAAATGGCCAAAGCTGTGACCCTTATGCAACAGTTTCTCTAGTGGGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCTAG         GAATGACCAAAAGAAGACAAAAGTAAAGAAGAAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166852 TTCTAGGTA...CAGGAATGACCAAAAGAAGACAAAAGTAAAGAAGAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAAGCAATCCGCAGTTTAATGAAATCTTTTATTTTGAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 168792 CAAGCAATCCGCAGTTTAATGAAATCTTTTATTTTGAGGTA...CAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACCAGATCCAGTAGTTACACCAGAAAGTCCCAGTTCCAGGTAGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171806 ACCAGATCCAGTAGTTACACCAGAAAGTCCCAGTTCCAGGTAGAAGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGACATTGAAAAGCTAGAAATCAG         GATCGACTTGTGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 171856 GGACATTGAAAAGCTAGAAATCAGGTA...CAGGATCGACTTGTGGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATGGAAACCTAGTCCAAGATGTTTTCCTAGGTGAGATTAAGGTTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172828 ATGGAAACCTAGTCCAAGATGTTTTCCTAGGTGAGATTAAGGTTCCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AACGTATTAAGAACTGATTCCTCTCATCAAGCCTG         GTACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 172878 AACGTATTAAGAACTGATTCCTCTCATCAAGCCTGGTA...TAGGTACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCTACAGCCAAGAGACAATGGAAACAAGTCATCCAAAACTGATGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183835 GCTACAGCCAAGAGACAATGGAAACAAGTCATCCAAAACTGATGACCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGTCTCTTCGATTAAATATATGTTATACAGAAGACTACGTGCTTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183885 GGTCTCTTCGATTAAATATATGTTATACAGAAGACTACGTGCTTCCTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGTACTATGGTCCTTTGAAAACTTTGCTGCTAAAATCACCAGATGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183935 GAGTACTATGGTCCTTTGAAAACTTTGCTGCTAAAATCACCAGATGTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 A         CCAATATCTGCCTCAGCTGCTTACATTTTGAGTGAAATAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183985 AGTA...TAGCCAATATCTGCCTCAGCTGCTTACATTTTGAGTGAAATAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GTCGAGATAAAAATGATGCTGTTTTGCCCCTTGTACGACTGCTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184363 GTCGAGATAAAAATGATGCTGTTTTGCCCCTTGTACGACTGCTGCTGCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CATGATAAACTTGTTCCTTTTGCCACTGCTGTGGCTGAATTAGACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184413 CATGATAAACTTGTTCCTTTTGCCACTGCTGTGGCTGAATTAGACTTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGATACACA         AGATGCAAACACAATTTTTAGAGGAAATTCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 184463 GGATACACAGTA...CAGAGATGCAAACACAATTTTTAGAGGAAATTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGGCTACCCGATGTCTGGATGAGATGATGAAAATAGTGGGAGGGCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185558 TGGCTACCCGATGTCTGGATGAGATGATGAAAATAGTGGGAGGGCACTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTGAAAGTAACATTAAAACCTATTCTTGATGAG         ATATGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 185608 CTGAAAGTAACATTAAAACCTATTCTTGATGAGGTA...CAGATATGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTCCTCAAAATCCTGTGAAATCGATCCTATTAAATTGAAAGAGGGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186072 CTCCTCAAAATCCTGTGAAATCGATCCTATTAAATTGAAAGAGGGAGATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATGTAGAAAATAATAAG         GAGAATCTGCGCTACTATGTAGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 186122 ATGTAGAAAATAATAAGGTA...CAGGAGAATCTGCGCTACTATGTAGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AAGTTATTCAATACAATTGTAAAATCAAGTATGAGCTGCCCCACTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186885 AAGTTATTCAATACAATTGTAAAATCAAGTATGAGCTGCCCCACTGTAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GTGTGATATCTTTTATTCTCTAAGGCAGATGGCTACTCAGAGATTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186935 GTGTGATATCTTTTATTCTCTAAGGCAGATGGCTACTCAGAGATTTCCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484          ATGACCCTCATGTTCAGTATTCTGCAGTGAGCAGCTTTGTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186985 GTA...CAGATGACCCTCATGTTCAGTATTCTGCAGTGAGCAGCTTTGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TTTCTTCGTTTCTTTGCTGTAGCCGTAGTATCACCTCATACTTTTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189958 TTTCTTCGTTTCTTTGCTGTAGCCGTAGTATCACCTCATACTTTTCATTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GCGACCTCATCATCCA         GATGCACAGACAATTAGAACATTAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 190008 GCGACCTCATCATCCAGTA...TAGGATGCACAGACAATTAGAACATTAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CTCTCATCTCAAAAACTATACAAACTTTGGGAAGCTGGGGGAGTCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193310 CTCTCATCTCAAAAACTATACAAACTTTGGGAAGCTGGGGGAGTCTGTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AAAAGCAAG         TCAAGTTTCAAAGAGACATTCATGTGTGAATT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 193360 AAAAGCAAGGTA...TAGTCAAGTTTCAAAGAGACATTCATGTGTGAATT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 TTTCAAAATGTTTCAAGAAGAAGGATATATTATAGCAGTTAAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 194049 TTTCAAAATGTTTCAAGAAGAAGGATATATTATAGCAGTTAAAAAGGTA.

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1753      TTCTTGGATGAAATTTCATCTACTGAAACTAAAGAGTCCAGTGGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194099 ..TAGTTCTTGGATGAAATTTCATCTACTGAAACTAAAGAGTCCAGTGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 ACGAGTGAGCCTGTGCACCTGAAAGAAGG         TGAGATGTATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 198987 ACGAGTGAGCCTGTGCACCTGAAAGAAGGGTA...CAGTGAGATGTATAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 AAGAGCTCAAGGAAGAACTCGGATTGGAAAAAAGAATTTTAAGAAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199575 AAGAGCTCAAGGAAGAACTCGGATTGGAAAAAAGAATTTTAAGAAACGAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 GGTTCTGCTTAACAAGCAGAGAGCTCACCTACCACAAACAGCCAGGTA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 199625 GGTTCTGCTTAACAAGCAGAGAGCTCACCTACCACAAACAGCCAGGTAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1937        GCAAAGATGCAATCTACACAATCCCAGTAAAAAACATTCTTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199675 T...TAGGCAAAGATGCAATCTACACAATCCCAGTAAAAAACATTCTTGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 TGTGGAAAAACTGGAAGAGAGCTCTTTCAACAAGAAAAAT         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 220638 TGTGGAAAAACTGGAAGAGAGCTCTTTCAACAAGAAAAATGTA...AAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 TGTTCCAAGTAATACATACGGAGAAACCACTCTATGTCCAGGCAAATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221407 TGTTCCAAGTAATACATACGGAGAAACCACTCTATGTCCAGGCAAATAAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 TGTGTAGAAGCTAATGAATGGATAGACGTACTCTGCAGGGTGAGCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221457 TGTGTAGAAGCTAATGAATGGATAGACGTACTCTGCAGGGTGAGCCGATG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 CAATCAAAACAGGCTCAGTTTTTATCATCCCTCTGTGTATCTGAACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221507 CAATCAAAACAGGCTCAGTTTTTATCATCCCTCTGTGTATCTGAACGGAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 ATTGGCTCTGCTGTCAGGAGACTGGTGAAAACACTCTCGGCTGCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221557 ATTGGCTCTGCTGTCAGGAGACTGGTGAAAACACTCTCGGCTGCAAGCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 TGTACTGC         AGGTGTCCCTGCAGACATCCAAATAGATATTGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 221607 TGTACTGCGTA...TAGAGGTGTCCCTGCAGACATCCAAATAGATATTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 TGAAGACAGAGAAACAGAAAGAATTTATTCCCTTTTTACCCTCAGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222370 TGAAGACAGAGAAACAGAAAGAATTTATTCCCTTTTTACCCTCAGTTTAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 TTAAGCTGCAGAAGATGGAAG         AGGCTTGTGGAACTATTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 222420 TTAAGCTGCAGAAGATGGAAGGTA...TAGAGGCTTGTGGAACTATTGCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 GTCTATCAAGGACCACAGAAAGAGCCTGATGATTATTCTAACTTTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222814 GTCTATCAAGGACCACAGAAAGAGCCTGATGATTATTCTAACTTTGTAAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 CGAGGATTCTGTAACAACCTTTAAGACAATTCAGCAAATAAAAAGCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222864 CGAGGATTCTGTAACAACCTTTAAGACAATTCAGCAAATAAAAAGCATAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 TTGAGAAGCTGGATGAACCTCATGAAAAATATAGGAAGAAAAGATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222914 TTGAGAAGCTGGATGAACCTCATGAAAAATATAGGAAGAAAAGATCCAGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 AGTGCAAAATATGGGAGCAA         GGAAAATCCAATTGTTGGGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 222964 AGTGCAAAATATGGGAGCAAGTG...TAGGGAAAATCCAATTGTTGGGAA

   2750     .
   2544 AGCATCT
        |||||||
 225221 AGCATCT