seq1 = pF1KE4231.tfa, 2445 bp
seq2 = pF1KE4231/gi568815597f_215467686.tfa (gi568815597f:215467686_215720615), 252930 bp

>pF1KE4231 2445
>gi568815597f:215467686_215720615 (Chr1)

1-83  (100001-100083)   98% ->
84-137  (106101-106154)   100% ->
138-183  (106388-106433)   100% ->
184-257  (108216-108289)   100% ->
258-316  (109985-110043)   100% ->
317-397  (110316-110396)   100% ->
398-535  (111315-111452)   100% ->
536-626  (112224-112314)   100% ->
627-817  (118810-119000)   100% ->
818-933  (127671-127786)   100% ->
934-1021  (134182-134269)   100% ->
1022-1138  (134400-134516)   100% ->
1139-1309  (136447-136617)   100% ->
1310-1465  (140332-140487)   100% ->
1466-1562  (144140-144236)   100% ->
1563-1747  (151201-151385)   100% ->
1748-1886  (151468-151606)   100% ->
1887-2445  (152372-152930)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGAGGGCACTGCGGCAGCGTCCCCGCGGCGGCGGCCGGCAGCGG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGAGGGCACTGCGGCAGCTTCCCCGCGGCGGCGGCCGGCAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGATCGTCCAACTGAACGTAGGGGGGACCAG         ATTTAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 CGAGATCGTCCAACTGAACGTAGGGGGGACCAGGTG...CAGATTTAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCAAGACAAACTCTTATGTGGATTCCAGATTCTTTTTTTTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106109 CCTCAAGACAAACTCTTATGTGGATTCCAGATTCTTTTTTTTCCAGGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138      TTTGCTGAGTGGGAGAATTTCAACACTTCGAGATGAAACTGGTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106159 ..CAGTTTGCTGAGTGGGAGAATTTCAACACTTCGAGATGAAACTGGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 T         ATATTTATTGATAGAGATCCAGCAGCATTTGCACCCATTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106433 TGTG...CAGATATTTATTGATAGAGATCCAGCAGCATTTGCACCCATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TAAATTTTCTTCGGACAAAAGAACTAGACTTAAG         GGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108256 TAAATTTTCTTCGGACAAAAGAACTAGACTTAAGGTA...TAGGGGAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AGTATTAATGTTCTCAGGCATGAAGCAGAATTTTACGGGATCACTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109992 AGTATTAATGTTCTCAGGCATGAAGCAGAATTTTACGGGATCACTCCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AG         TAAGAAGGCTTCTCTTATGTGAAGAATTGGAGCGTTCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110042 AGGTA...TAGTAAGAAGGCTTCTCTTATGTGAAGAATTGGAGCGTTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CTTGTGGCAGTGTCCTTTTTCATGGTTACTTGCCCCCACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110355 CTTGTGGCAGTGTCCTTTTTCATGGTTACTTGCCCCCACCAGGTA...TA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398  GTATTCCTAGTCGTAAAATAAACAACACAGTCAGATCTGCTGATTCTAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111314 GGTATTCCTAGTCGTAAAATAAACAACACAGTCAGATCTGCTGATTCTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GAATGGTCTAAATTCTACAGAAGGTGAAGCCCGGGGAAATGGTACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111364 GAATGGTCTAAATTCTACAGAAGGTGAAGCCCGGGGAAATGGTACACAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CTGTTCTCTCTGGAACGGGAGAAGAAACTGTTAGGCTAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111414 CTGTTCTCTCTGGAACGGGAGAAGAAACTGTTAGGCTAGGTA...CAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 TTTCCTGTGGATCCACGAAAGGTGCTAATAGTAGCTGGCCATCACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112226 TTTCCTGTGGATCCACGAAAGGTGCTAATAGTAGCTGGCCATCACAACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GATTGTAGCTGCATATGCCCATTTTGCTGTGTGTTACAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112276 GATTGTAGCTGCATATGCCCATTTTGCTGTGTGTTACAGGTA...CAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TCAAAGAATCTTCAGGATGGCAGCAAGTGTTTACGAGCCCATATTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118812 TCAAAGAATCTTCAGGATGGCAGCAAGTGTTTACGAGCCCATATTTGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TGGACTATCGAACGAGTAGCTTTAAATGCAAAGGTGGTTGGAGGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118862 TGGACTATCGAACGAGTAGCTTTAAATGCAAAGGTGGTTGGAGGGCCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGGAGACAAAGACAAAATGGTTGCTGTTGCCTCAGAGAGTAGCATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118912 TGGAGACAAAGACAAAATGGTTGCTGTTGCCTCAGAGAGTAGCATCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGTGGAGTGTTCAGGATGGGGGAAGTGGAAGTGAAATTG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118962 TGTGGAGTGTTCAGGATGGGGGAAGTGGAAGTGAAATTGGTA...AAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GTGTTCAGCCTGGGTGTTCCTGTAGATGCTCTCTTCTTTATTGGTAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127673 GTGTTCAGCCTGGGTGTTCCTGTAGATGCTCTCTTCTTTATTGGTAACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GTTGGTGGCCACGAGTCATACAGGGAAAGTGGGAGTGTGGAATGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127723 GTTGGTGGCCACGAGTCATACAGGGAAAGTGGGAGTGTGGAATGCTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTCAGCACTGGCAG         GTTCAAGATGTTGTTCCTATAACTAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 127773 CTCAGCACTGGCAGGTT...CAGGTTCAAGATGTTGTTCCTATAACTAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TATGACACTGCTGGATCATTCCTTCTGCTTGGATGTAACAATGGATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134209 TATGACACTGCTGGATCATTCCTTCTGCTTGGATGTAACAATGGATCAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ATATTACATAG         ATATGCAGAAGTTCCCCTTGCGAATGAAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 134259 ATATTACATAGGTA...TAGATATGCAGAAGTTCCCCTTGCGAATGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ATAATGATCTTCTTGTAACTGAACTGTATCATGATCCTTCAAATGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134430 ATAATGATCTTCTTGTAACTGAACTGTATCATGATCCTTCAAATGATGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ATTACTGCTCTGAGTGTTTACCTCACACCCAAAACAA         GTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 134480 ATTACTGCTCTGAGTGTTTACCTCACACCCAAAACAAGTT...TAGGTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CAGTGGTAACTGGATCGAGATCGCCTATGGTACGAGCTCTGGAGCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136451 CAGTGGTAACTGGATCGAGATCGCCTATGGTACGAGCTCTGGAGCAGTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GAGTGATTGTACAACACCCAGAGACAGTTGGGTCAGGTCCTCAGCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136501 GAGTGATTGTACAACACCCAGAGACAGTTGGGTCAGGTCCTCAGCTTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CAGACTTTCACAGTTCACCGAAGTCCCGTAACAAAAATCATGCTATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136551 CAGACTTTCACAGTTCACCGAAGTCCCGTAACAAAAATCATGCTATCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAAGCATCTTGTATCAG         TCTGTGCAGATAATAATCATGTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 136601 GAAGCATCTTGTATCAGGTA...TAGTCTGTGCAGATAATAATCATGTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GGACGTGGACAGTAACACGATTCAGAGGAATGATCTCTACTCAGCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140356 GGACGTGGACAGTAACACGATTCAGAGGAATGATCTCTACTCAGCCAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TCTACTCCTTTAGCGTCATTCAAGATACTATCCCTGGAGGAGACAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140406 TCTACTCCTTTAGCGTCATTCAAGATACTATCCCTGGAGGAGACAGAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCATGGTAGCTATTCCTCTGGAAATGACATAG         GACCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 140456 TCATGGTAGCTATTCCTCTGGAAATGACATAGGTG...AAGGACCTTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GAGAGCGAGACGATCAACAGGTGTTTATCCAGAAAGTTGTTCCCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144149 GAGAGCGAGACGATCAACAGGTGTTTATCCAGAAAGTTGTTCCCATCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 AACAAACTATTTGTAAGACTCTCATCGACTGGAAAAAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 144199 AACAAACTATTTGTAAGACTCTCATCGACTGGAAAAAGGTA...CAGAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 ATGTGAGATCCAGGCTGTTGACTGTACTACAATATCCTCATTTACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151204 ATGTGAGATCCAGGCTGTTGACTGTACTACAATATCCTCATTTACAGTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 GGGAATGTGAGGGATCCAGTAGGATGGGCTCAAGACCAAGGCGCTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151254 GGGAATGTGAGGGATCCAGTAGGATGGGCTCAAGACCAAGGCGCTACTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TTCACAGGCCATACAAATGGCAGTATTCAAATGTGGGATCTGACCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151304 TTCACAGGCCATACAAATGGCAGTATTCAAATGTGGGATCTGACCACTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TATGGATATGGTTAACAAAAGTGAAGATAAGG         ATGTAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 151354 TATGGATATGGTTAACAAAAGTGAAGATAAGGGTA...AAGATGTAGGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 GTCCAACCGAAGAAGAGCTACTCAAATTACTCGATCAATGTGATTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151477 GTCCAACCGAAGAAGAGCTACTCAAATTACTCGATCAATGTGATTTGAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 ACATCTCGCTGTGCTACTCCTAACATCAGTCCAGCAACTTCCGTAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151527 ACATCTCGCTGTGCTACTCCTAACATCAGTCCAGCAACTTCCGTAGTTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GCATAGCCACTTACGAGAATCAAATTCTAG         CCTTCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 151577 GCATAGCCACTTACGAGAATCAAATTCTAGGTA...CAGCCTTCAGCTTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 AGCACCATGATACCACCCATGAAGCAGCTACTTACGGTTCCATGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152383 AGCACCATGATACCACCCATGAAGCAGCTACTTACGGTTCCATGAGGCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 TACAGAGAAAGTCCTTTATTAGCAAGGGCAAGAAGGACTGAGAGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152433 TACAGAGAAAGTCCTTTATTAGCAAGGGCAAGAAGGACTGAGAGCTTTCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CAGTTATAGGGACTTCCAGACTATTAATTTGAACAGAAATGTAGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152483 CAGTTATAGGGACTTCCAGACTATTAATTTGAACAGAAATGTAGAAAGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CTGTCCCTGAAAATGGTAACTTGGGTCCAATACAAGCTGAAGTGAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152533 CTGTCCCTGAAAATGGTAACTTGGGTCCAATACAAGCTGAAGTGAAAGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GCAACAGGGGAATGTAATATATCTGAGAGAAAGTCTCCTGGAGTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152583 GCAACAGGGGAATGTAATATATCTGAGAGAAAGTCTCCTGGAGTAGAAAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 AAAAAGTTTGAGAGAATTGGATAGTGGATTGGAAGTGCATAAAATAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152633 AAAAAGTTTGAGAGAATTGGATAGTGGATTGGAAGTGCATAAAATAGCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AAGGTTTTTCAGAATCCAAGAAAAGGTCATCAGAAGATGAAAATGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152683 AAGGTTTTTCAGAATCCAAGAAAAGGTCATCAGAAGATGAAAATGAAAAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 AAAATAGAGTTTAGGAAGAAAGGAGGATTTGAAGGGGGAGGATTCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152733 AAAATAGAGTTTAGGAAGAAAGGAGGATTTGAAGGGGGAGGATTCCTTGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 AAGAAAGAAAGTTCCCTATCTGGCGTCATCACCAAGTACTTCCGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152783 AAGAAAGAAAGTTCCCTATCTGGCGTCATCACCAAGTACTTCCGATGGAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 GAACTGACTCACCTGGTACTGCGTCCCCATCTCCTACAAAGACTACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152833 GAACTGACTCACCTGGTACTGCGTCCCCATCTCCTACAAAGACTACTCCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2398 TCTCCTCGGCATAAAAAAAGTGATTCTTCAGGTCAGGAGTACAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152883 TCTCCTCGGCATAAAAAAAGTGATTCTTCAGGTCAGGAGTACAGCTTG