seq1 = pF1KE4227.tfa, 2406 bp
seq2 = pF1KE4227/gi568815597r_16098590.tfa (gi568815597r:16098590_16309054), 210465 bp

>pF1KE4227 2406
>gi568815597r:16098590_16309054 (Chr1)

(complement)

1-412  (100001-100412)   100% ->
413-694  (100830-101111)   100% ->
695-797  (101278-101380)   100% ->
798-874  (101457-101533)   100% ->
875-1137  (101845-102107)   100% ->
1138-1298  (102715-102875)   100% ->
1299-1451  (102972-103124)   100% ->
1452-1581  (103388-103517)   100% ->
1582-1656  (103630-103704)   100% ->
1657-1746  (103879-103968)   100% ->
1747-1907  (104136-104296)   100% ->
1908-2066  (106481-106639)   100% ->
2067-2146  (107194-107273)   100% ->
2147-2251  (109801-109905)   100% ->
2252-2406  (110311-110465)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTGTGGGCCACCTGCTACCCTCCAGCCCCACCTGACTGGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTGTGGGCCACCTGCTACCCTCCAGCCCCACCTGACTGGGCCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCACTGCCCACCACCCTGTAGCAGTGTGCCAGCAGGAGAGTCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCACTGCCCACCACCCTGTAGCAGTGTGCCAGCAGGAGAGTCTGTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCAGAGCTGCCCGCCCTGAAGCCCCCGAGCCCAGTGTGTCTGGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCAGAGCTGCCCGCCCTGAAGCCCCCGAGCCCAGTGTGTCTGGACCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCCTGTTGCCCCAGAGGAGCTTCGGGCTCCTGGCAGCCGCTGGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCCTGTTGCCCCAGAGGAGCTTCGGGCTCCTGGCAGCCGCTGGTCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGACCCCTGCCCCTCTCCAAGGGTTGCTATGGCCATTATCCCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGGACCCCTGCCCCTCTCCAAGGGTTGCTATGGCCATTATCCCCAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTCAGATACAGAGATCACCAGCGGGGGGATGCGGCCCAGCAGGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTCAGATACAGAGATCACCAGCGGGGGGATGCGGCCCAGCAGGGCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCTGGCCACACTGTCCTGGTGCCCAGCCCCCAGCTCTGGAGGGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCTGGCCACACTGTCCTGGTGCCCAGCCCCCAGCTCTGGAGGGACCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGTCCCCGACACACACAGCCACAGCGCCGGGCCAGCCACGGCTCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGTCCCCGACACACACAGCCACAGCGCCGGGCCAGCCACGGCTCGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAAGTCTGCCT         GGCGCAAGATGCGGGTGTACCAGCGTGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGAAGTCTGCCTGTG...TAGGGCGCAAGATGCGGGTGTACCAGCGTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGGTCCCCGGCTGCCCCGAGGCCCACGCTGTCTTCCTAGAGCCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100859 GAGGTCCCCGGCTGCCCCGAGGCCCACGCTGTCTTCCTAGAGCCTGGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGTAGTGCAAGAGCAGGCCCTGAGCACAGAGGAGCCCAGGGTGGAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100909 GGTAGTGCAAGAGCAGGCCCTGAGCACAGAGGAGCCCAGGGTGGAGTTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGGGTCCACCCGAGTGAGCCTCGAAGGTCCTGAGCGGAGGCGCTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100959 CTGGGTCCACCCGAGTGAGCCTCGAAGGTCCTGAGCGGAGGCGCTTCTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCATCGGAGCTGATGACCCGGCTGCACTCTTCTCTGCGCCTGGGGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 GCATCGGAGCTGATGACCCGGCTGCACTCTTCTCTGCGCCTGGGGCGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCAGCAGCCCGGGCACTCATCTCTGGGTCAGGCACCGGAGCAGCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 TTCAGCAGCCCGGGCACTCATCTCTGGGTCAGGCACCGGAGCAGCCCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAG         GGAAAGCATCTGGAATGGAGGCTCGAAGTGTAGAGATG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 AAGGTA...CAGGGAAAGCATCTGGAATGGAGGCTCGAAGTGTAGAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGCGGGGACCGGGTGTCGCGGCCAGCCCCTGGTGACTCACGAGAGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101316 AGCGGGGACCGGGTGTCGCGGCCAGCCCCTGGTGACTCACGAGAGGGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTGGTCCGAGCCCAG         GCTAGACACACAGGAAGAGCCGCCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101366 TTGGTCCGAGCCCAGGTA...TAGGCTAGACACACAGGAAGAGCCGCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGGGGTCCAGGAGCACCAACGAGCGGCGCCAGTCTCGATTCCTCCTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101483 TGGGGTCCAGGAGCACCAACGAGCGGCGCCAGTCTCGATTCCTCCTTAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 T         CCGTCCTCTATCAGGAATACAGCGACGTGGCCAGCGCCCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101533 TGTA...CAGCCGTCCTCTATCAGGAATACAGCGACGTGGCCAGCGCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGAACTGCGGCGGCAGCAGCGCGAGGAGGAGGGCCCGGGGGACGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101885 CGAACTGCGGCGGCAGCAGCGCGAGGAGGAGGGCCCGGGGGACGAGGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGGCGCAGAGGAGGGGCCGGGGCCGCCGCGGGCCAACCTCTCCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101935 AGGGCGCAGAGGAGGGGCCGGGGCCGCCGCGGGCCAACCTCTCCCCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AGCTCCTTCCGGGCGCAGCGCTCGGCGCGAGGCTCCACCTTCTCGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101985 AGCTCCTTCCGGGCGCAGCGCTCGGCGCGAGGCTCCACCTTCTCGCTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCAGGATATCCCCGACGTACGCGGCAGCGGCGTCCTGGCCACGCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102035 GCAGGATATCCCCGACGTACGCGGCAGCGGCGTCCTGGCCACGCTGAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGCGGGACTGCAAGCTGCAGGAG         GCCAAGTTTGAGCTGATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102085 TGCGGGACTGCAAGCTGCAGGAGGTG...CAGGCCAAGTTTGAGCTGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACCTCCGAGGCCTCCTACATCCACAGCCTGTCGGTGGCTGTGGGCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102733 ACCTCCGAGGCCTCCTACATCCACAGCCTGTCGGTGGCTGTGGGCCACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTTAGGCTCTGCCGAGCTGAGCGAGTGTCTGGGGGCGCAGGACAAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102783 CTTAGGCTCTGCCGAGCTGAGCGAGTGTCTGGGGGCGCAGGACAAGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GGCTGTTTTCCAAACTGCCCGAGGTCAAGAGCACCAGCGAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102833 GGCTGTTTTCCAAACTGCCCGAGGTCAAGAGCACCAGCGAGAGGTG...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1299   GTTCCTGCAGGACCTGGAGCAGCGGCTGGAGGCAGATGTGCTGCGCTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 AGGTTCCTGCAGGACCTGGAGCAGCGGCTGGAGGCAGATGTGCTGCGCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CAGCGTGTGCGACGTGGTGCTGGACCACTGCCCGGCCTTCCGCAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103020 CAGCGTGTGCGACGTGGTGCTGGACCACTGCCCGGCCTTCCGCAGAGTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ACCTGCCCTATGTCACCAACCAGGCCTACCAGGAGCGCACCTACCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103070 ACCTGCCCTATGTCACCAACCAGGCCTACCAGGAGCGCACCTACCAGCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CTGCT         CCTGGAGAACCCCAGGTTCCCTGGCATCCTGGCTCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103120 CTGCTGTA...CAGCCTGGAGAACCCCAGGTTCCCTGGCATCCTGGCTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CCTGGAGGAGTCTCCTGTGTGCCAGCGTCTGCCCCTTACCTCCTTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103424 CCTGGAGGAGTCTCCTGTGTGCCAGCGTCTGCCCCTTACCTCCTTCCTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TCCTGCCCTTCCAGAGGATCACCCGCCTCAAGATGTTGGTGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103474 TCCTGCCCTTCCAGAGGATCACCCGCCTCAAGATGTTGGTGGAGGTA...

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1582    AACATCCTGAAGCGGACAGCACAGGGCTCTGAAGACGAAGACATGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103627 CAGAACATCCTGAAGCGGACAGCACAGGGCTCTGAAGACGAAGACATGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CACCAAGGCCTTCAATGCGCTCAAGGAG         CTGGTGCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103677 CACCAAGGCCTTCAATGCGCTCAAGGAGGTG...CAGCTGGTGCAGGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GCAATGCTAGTGTACAGTCCATGAAGAGGACAGAGGAACTCATCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103892 GCAATGCTAGTGTACAGTCCATGAAGAGGACAGAGGAACTCATCCACCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AGCAAGAAGATCCACTTTGAGGGCAAG         ATTTTCCCGCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103942 AGCAAGAAGATCCACTTTGAGGGCAAGGTG...TAGATTTTCCCGCTGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CTCTCAGGCCCGCTGGCTGGTTCGGCATGGAGAGTTGGTAGAGCTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104150 CTCTCAGGCCCGCTGGCTGGTTCGGCATGGAGAGTTGGTAGAGCTGGCAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CACTGCCTGCAGCACCCCCTGCCAAGCTGAAGCTGTCCAGCAAGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104200 CACTGCCTGCAGCACCCCCTGCCAAGCTGAAGCTGTCCAGCAAGGCAGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TACCTCCACCTCTTCAATGACTGCTTGCTGCTCTCTCGGCGGAAGGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104250 TACCTCCACCTCTTCAATGACTGCTTGCTGCTCTCTCGGCGGAAGGAGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1908       GCTAGGGAAGTTTGCCGTTTTCGTCCATGCCAAGATGGCTGAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104300 ...CAGGCTAGGGAAGTTTGCCGTTTTCGTCCATGCCAAGATGGCTGAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TGCAGGTGCGGGACCTGAGCCTGAAGCTGCAGGGCATCCCCGGCCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106525 TGCAGGTGCGGGACCTGAGCCTGAAGCTGCAGGGCATCCCCGGCCACGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TTCCTCCTCCAGCTCCTCCACGGGCAGCACATGAAGCACCAGTTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106575 TTCCTCCTCCAGCTCCTCCACGGGCAGCACATGAAGCACCAGTTCCTGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GCGGGCCCGGACGGA         AAGTGAGAAGCAGCGATGGATCTCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106625 GCGGGCCCGGACGGAGTG...TAGAAGTGAGAAGCAGCGATGGATCTCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CCTTGTGCCCCTCCAGCCCCCAGGAGGACAAGGAGGTCATCAGTGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107220 CCTTGTGCCCCTCCAGCCCCCAGGAGGACAAGGAGGTCATCAGTGAGGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GAAG         ATTGCCCCCAGGTTCAGTGTGTTAGGACATACAAGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107270 GAAGGTA...CAGATTGCCCCCAGGTTCAGTGTGTTAGGACATACAAGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 ACTGCACCCAGATGAGCTGACCTTGGAGAAGACTGACATCCTGTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109838 ACTGCACCCAGATGAGCTGACCTTGGAGAAGACTGACATCCTGTCAGTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 GGACCTGGACCAGTGACG         GCTGGCTGGAAGGGGTCCGCCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109888 GGACCTGGACCAGTGACGGTG...TAGGCTGGCTGGAAGGGGTCCGCCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 GCAGATGGTGAGAAGGGGTGGGTGCCCCAGGCCTATGTGGAAGAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110334 GCAGATGGTGAGAAGGGGTGGGTGCCCCAGGCCTATGTGGAAGAGATCAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CAGCCTCAGCGCCCGCCTCCGAAACCTCCGGGAGAATAAGCGAGTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110384 CAGCCTCAGCGCCCGCCTCCGAAACCTCCGGGAGAATAAGCGAGTCACAA

   2500     .    :    .    :    .    :
   2375 GTGCCACCAGCAAACTGGGGGAGGCTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 110434 GTGCCACCAGCAAACTGGGGGAGGCTCCTGTG