seq1 = pF1KE4224.tfa, 2358 bp
seq2 = pF1KE4224/gi568815594f_147632302.tfa (gi568815594f:147632302_148172078), 539777 bp

>pF1KE4224 2358
>gi568815594f:147632302_148172078 (Chr4)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-250  (190426-190521)   100% ->
251-312  (190595-190656)   100% ->
313-384  (214850-214921)   100% ->
385-486  (225252-225353)   100% ->
487-597  (232545-232655)   100% ->
598-702  (234411-234515)   100% ->
703-832  (242720-242849)   100% ->
833-939  (246931-247037)   100% ->
940-1034  (249537-249631)   100% ->
1035-1116  (274337-274418)   100% ->
1117-1162  (277431-277476)   100% ->
1163-1228  (280773-280838)   100% ->
1229-1303  (307524-307598)   100% ->
1304-1391  (314316-314403)   100% ->
1392-1450  (323015-323073)   100% ->
1451-1556  (332723-332828)   100% ->
1557-1716  (334379-334538)   100% ->
1717-1867  (390962-391112)   100% ->
1868-2027  (414591-414750)   100% ->
2028-2180  (430847-430999)   100% ->
2181-2272  (432115-432206)   100% ->
2273-2358  (439692-439777)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTGCAGCCCCTGGAGTTCAGCGACTGCTACCTCGACAGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCTGCAGCCCCTGGAGTTCAGCGACTGCTACCTCGACAGCCCGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCCGGGAGAGGATCCGCGCTCACGAAGCGGAACTCGAGAGGACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCCGGGAGAGGATCCGCGCTCACGAAGCGGAACTCGAGAGGACCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTCATCAAAGAGCTCATTAAGGACGGGAAGAACCTCATCGCTGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTCATCAAAGAGCTCATTAAGGACGGGAAGAACCTCATCGCTGCGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAA         GTCTGTCAGTGGCCCAGCGGAAGTTTGCTCATTCACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAAGTA...TAGGTCTGTCAGTGGCCCAGCGGAAGTTTGCTCATTCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGAGACTTTAAGTTTGAGTTTATCGGTGATGCTGTGACAGATGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190463 CAGAGACTTTAAGTTTGAGTTTATCGGTGATGCTGTGACAGATGATGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GATGCATAG         ATGCTTCCTTACGTGAATTTTCAAATTTTTTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 190513 GATGCATAGGTA...CAGATGCTTCCTTACGTGAATTTTCAAATTTTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAATCTGGAGGAACAGAGAGAAATTATG         GCATTAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 190627 AAGAATCTGGAGGAACAGAGAGAAATTATGGTG...TAGGCATTAAGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AACTGAAACCCTGATTAAACCCTTGGAAAAATTCAGAAAAGAGCAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214861 AACTGAAACCCTGATTAAACCCTTGGAAAAATTCAGAAAAGAGCAACTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGCTGTAAAG         GAAGAAAAAAAGAAGTTTGACAAAGAGACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 214911 GAGCTGTAAAGGTT...TAGGAAGAAAAAAAGAAGTTTGACAAAGAGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAAAGAATTATAGTCTAATTGATAAACATTTGAATTTATCAGCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225282 GAAAAGAATTATAGTCTAATTGATAAACATTTGAATTTATCAGCAAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAAGACTCACATTTACAAGAG         GCAGATATCCAAGTAGAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 225332 GAAAGACTCACATTTACAAGAGGTA...TAGGCAGATATCCAAGTAGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGAACCGGCAACACTTCTATGAACTGTCTCTCGAGTATGTGTGTAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232564 AGAACCGGCAACACTTCTATGAACTGTCTCTCGAGTATGTGTGTAAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGAAATCCAAGAAAGAAAGAAGTTTGAGTTTGTGGAACCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 232614 CAGGAAATCCAAGAAAGAAAGAAGTTTGAGTTTGTGGAACCTGTG...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  ATGCTGTCATTTTTTCAGGGGATGTTTACCTTCTATCATCAGGGCCATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234410 GATGCTGTCATTTTTTCAGGGGATGTTTACCTTCTATCATCAGGGCCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACTTGCCAAAGACTTCAATCACTACAAAATGGAACTACAGATCAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234460 AACTTGCCAAAGACTTCAATCACTACAAAATGGAACTACAGATCAACATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGAAT         ACACGGAATCGATTTGAAGGAACAAGGTCAGAAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234510 CAGAATGTA...CAGACACGGAATCGATTTGAAGGAACAAGGTCAGAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAAGAGCTCATGAACAAAATCAGACAGAATCCCAAGGACCACAAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242755 GGAAGAGCTCATGAACAAAATCAGACAGAATCCCAAGGACCACAAACGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAAGTCAGTTTACAGCCGAAGGCTACCTGTATGTCCAGGAAAAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 242805 CAAGTCAGTTTACAGCCGAAGGCTACCTGTATGTCCAGGAAAAAAGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833     GGCCTGCTCCGTTTGGTTCCAGTTGGGTCAAACACTATTGCATGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242855 .AAGGGCCTGCTCCGTTTGGTTCCAGTTGGGTCAAACACTATTGCATGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCGAAAAGCAGCAAAGAAGTTCAACATGATCCCATTTGAGCACAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246977 TCGAAAAGCAGCAAAGAAGTTCAACATGATCCCATTTGAGCACAGATCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAGGGAAACTT         GGGGACGGAGAGGTGTTCTTTTTGAAAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 247027 GAGGGAAACTTGTA...CAGGGGGACGGAGAGGTGTTCTTTTTGAAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGTACCAAGAGGCATACTGACTCCATTGACAGAAGGTTTTGTTTTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249567 TGTACCAAGAGGCATACTGACTCCATTGACAGAAGGTTTTGTTTTGACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAAGCTGCTGATCG         GCCTGGCGTTTCCTTGACCATGCAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 249617 AGAAGCTGCTGATCGGTA...CAGGCCTGGCGTTTCCTTGACCATGCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CATTTTCCGAAGAGGAAAGGAAGCAGTGGTTGGAAGCTCTGGGTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274363 CATTTTCCGAAGAGGAAAGGAAGCAGTGGTTGGAAGCTCTGGGTGGAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAAGCT         CTGTCCCATAGTTTTAATACAGCCATCATCCCAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274413 GAAGCTGTA...TAGCTGTCCCATAGTTTTAATACAGCCATCATCCCAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ACCAGAAGGAA         ATGCACAGTTGGATAAGATGGGGTTCACAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 277466 ACCAGAAGGAAGTA...TAGATGCACAGTTGGATAAGATGGGGTTCACAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TTATCAGAAAATGCATCAGTGCCGTTGAAACACGAG         GTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 280803 TTATCAGAAAATGCATCAGTGCCGTTGAAACACGAGGTA...TAGGTATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AATGACCAAGGATTGTACAGAGTTGTGGGGGTGAGTTCAAAGGTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307529 AATGACCAAGGATTGTACAGAGTTGTGGGGGTGAGTTCAAAGGTCCAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 ACTTCTGAGTATGTTGATGG         ATGTAAAAACATGCAATGAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 307579 ACTTCTGAGTATGTTGATGGGTA...TAGATGTAAAAACATGCAATGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TGGACCTGGAGAATTCTGCAGATTGGGAAGTGAAGACAATAACAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314337 TGGACCTGGAGAATTCTGCAGATTGGGAAGTGAAGACAATAACAAGTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TTGAAACAGTATTTGAG         GAGTCTTCCAGAGCCTCTCATGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 314387 TTGAAACAGTATTTGAGGTA...CAGGAGTCTTCCAGAGCCTCTCATGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CTATGAGTTACATGGAGATTTCATTGTTCCAGCCA         AAAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 323039 CTATGAGTTACATGGAGATTTCATTGTTCCAGCCAGTA...AAGAAAGCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 GCAGCCCAGAATCTCGTGTTAATGCGATCCATTTCTTGGTACACAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332729 GCAGCCCAGAATCTCGTGTTAATGCGATCCATTTCTTGGTACACAAACTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 CCAGAGAAGAATAAAGAGATGTTGGATATTTTGGTGAAACACTTAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332779 CCAGAGAAGAATAAAGAGATGTTGGATATTTTGGTGAAACACTTAACAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557          TGTTTCAAATCACTCCAAGCAGAACCTGATGACTGTGGCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332829 GTA...CAGTGTTTCAAATCACTCCAAGCAGAACCTGATGACTGTGGCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 ACTTAGGAGTGGTGTTTGGACCAACTCTGATGAGGCCACAGGAAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334420 ACTTAGGAGTGGTGTTTGGACCAACTCTGATGAGGCCACAGGAAGAAACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GTCGCTGCCCTCATGGACTTGAAGTTTCAGAATATTGTTGTGGAAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334470 GTCGCTGCCCTCATGGACTTGAAGTTTCAGAATATTGTTGTGGAAATCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 AATTGAAAACCATGAAAAG         ATTTTTCGGACGCCGCCCGATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 334520 AATTGAAAACCATGAAAAGGTA...AAGATTTTTCGGACGCCGCCCGATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 CTACATTCCCTGAGCCCACCTGCCTGTCAGCATCACCCCCAAATGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 390984 CTACATTCCCTGAGCCCACCTGCCTGTCAGCATCACCCCCAAATGCGCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CCAAGGCAGTCGAAGAGACAAGGCCAGAGAACCAAGAGGCCCGTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391034 CCAAGGCAGTCGAAGAGACAAGGCCAGAGAACCAAGAGGCCCGTGGCCGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CTACAATCTTTGTCTGGAGCTGGAAGATG         GTGACAATCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 391084 CTACAATCTTTGTCTGGAGCTGGAAGATGGTA...TAGGTGACAATCCTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 ACCCTTCCAAGGAGGACACCCCTACCAGCAGTCTGGACTCACTTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414603 ACCCTTCCAAGGAGGACACCCCTACCAGCAGTCTGGACTCACTTTCCTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 CCGTCTCCCGTGACTACAGCTGTCCCTGGGCCTCCTGGACCAGACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414653 CCGTCTCCCGTGACTACAGCTGTCCCTGGGCCTCCTGGACCAGACAAAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 CCACCTTCTGGCAGATGGAGGGAGCTTTGGAGACTGGGCATCCACTAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 414703 CCACCTTCTGGCAGATGGAGGGAGCTTTGGAGACTGGGCATCCACTATGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2028        CCCAGGCCAGACCCGATCGTCTATGGTCCAGTGGCTTAACCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 414753 A...TAGCCCAGGCCAGACCCGATCGTCTATGGTCCAGTGGCTTAACCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CAGTCTCCAACCACAACAAGCTCCAACTCAGCTGTGACACCTCTTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 430890 CAGTCTCCAACCACAACAAGCTCCAACTCAGCTGTGACACCTCTTTCACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 CGGGTCGTCCCCTTTCCCCTTTTCTCCTCCTGCTACTGTAGCGGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 430940 CGGGTCGTCCCCTTTCCCCTTTTCTCCTCCTGCTACTGTAGCGGACAAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 CACCTGAAAG         CATCCGCAGTCGGAAGGCTCGAGCCGTGTAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 430990 CACCTGAAAGGTA...CAGCATCCGCAGTCGGAAGGCTCGAGCCGTGTAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 CCGTGTGAAGCAGAACACAGCTCGGAATTATCTTTTGAAATAGGAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432146 CCGTGTGAAGCAGAACACAGCTCGGAATTATCTTTTGAAATAGGAGCAAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 TTTTGAGGATG         TACAAACCTCCAGGGAACCTGGCTGGCTAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 432196 TTTTGAGGATGGTA...CAGTACAAACCTCCAGGGAACCTGGCTGGCTAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2303 AAGGGACTCTGAACGGCAAGAGGGGGCTGATTCCACAGAACTACGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 439722 AAGGGACTCTGAACGGCAAGAGGGGGCTGATTCCACAGAACTACGTCAAG

   2550     .
   2353 CTGCTG
        ||||||
 439772 CTGCTG