seq1 = pF1KE4220.tfa, 2277 bp
seq2 = pF1KE4220/gi568815597f_155073967.tfa (gi568815597f:155073967_155284187), 210221 bp

>pF1KE4220 2277
>gi568815597f:155073967_155284187 (Chr1)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-325  (101420-101681)   100% ->
326-669  (101922-102265)   100% ->
670-813  (102966-103109)   99% ->
814-909  (103229-103324)   100% ->
910-1163  (104036-104289)   100% ->
1164-1285  (104526-104647)   100% ->
1286-1588  (105666-105968)   99% ->
1589-1886  (107886-108183)   100% ->
1887-2277  (109831-110221)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGGGTGAGGATATGCAGACCTTCACTTCCATCATGGACGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGGGTGAGGATATGCAGACCTTCACTTCCATCATGGACGCACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCCGCATCAGT         ACCAGCATGAAGAACATGGAGAAGGAAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCCGCATCAGTGTG...CAGACCAGCATGAAGAACATGGAGAAGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGTGCCCAGTGTGTCAAGAGATGTACAAGCAGCCACTGGTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101448 TGCTGTGCCCAGTGTGTCAAGAGATGTACAAGCAGCCACTGGTGCTGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTACCCACAACGTGTGCCAGGCCTGTGCCCGAGAGGTCTTGGGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 TGTACCCACAACGTGTGCCAGGCCTGTGCCCGAGAGGTCTTGGGCCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCTACATAGGACATGGTGGGGACCCCAGCTCCGAGCCCACCTCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 GGGCTACATAGGACATGGTGGGGACCCCAGCTCCGAGCCCACCTCTCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTCCACCCCTTCCACCCGCAGCCCCCGCCTCTCCCGCAGAACTCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101598 CCTCCACCCCTTCCACCCGCAGCCCCCGCCTCTCCCGCAGAACTCTCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCCAGACCGCCTGGACCGGCTGCTTAAGTCAG         GCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101648 AAGCCAGACCGCCTGGACCGGCTGCTTAAGTCAGGTG...CAGGCTTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACATACCCTGGGAGGAAGCGAGGTGCTTTGCACCCCCAAGTGATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101929 GACATACCCTGGGAGGAAGCGAGGTGCTTTGCACCCCCAAGTGATCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCCGTGCCCAGCCTGCCAAGGTGATGTGGAGCTTGGGGAGCGGGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101979 TCCCGTGCCCAGCCTGCCAAGGTGATGTGGAGCTTGGGGAGCGGGGTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAGGGCTTTTCCGGAACCTGACCCTGGAGCGTGTGGTGGAGCGGTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102029 GCAGGGCTTTTCCGGAACCTGACCCTGGAGCGTGTGGTGGAGCGGTACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAGAGTGTGAGTGTGGGAGGTGCCATCCTGTGCCAGTTGTGCAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102079 CCAGAGTGTGAGTGTGGGAGGTGCCATCCTGTGCCAGTTGTGCAAGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CACCACTAGAGGCCACCAAGGGCTGCACAGAGTGCCGCGCCACCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 CACCACTAGAGGCCACCAAGGGCTGCACAGAGTGCCGCGCCACCTTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATGAGTGCTTCAAGCTCTTCCACCCCTGGGGCACCCAGAAGGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102179 AATGAGTGCTTCAAGCTCTTCCACCCCTGGGGCACCCAGAAGGCCCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGCCCACCCTGCCTACCCTCTCCTTCCGACCCAAG         GGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102229 TGAGCCCACCCTGCCTACCCTCTCCTTCCGACCCAAGGTG...TAGGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTATGTGCCCAGACCACAAGGAAGAGGTGACCCACTACTGCAAGACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 TTATGTGCCCAGACCACAAGGAAGAGGTGACCCACTACTGCAAGACATGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAACGCCTGGTATGTCAACTCTGTCGGGTGCGGCGCACCCACAGCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 103020 CAACGCCTGGTATGTCAACTCTGCCGGGTGCGGCGCACCCACAGCGGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAAGATCACACCAGTGCTCAGTGCCTACCAGGCCCTCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103070 CAAGATCACACCAGTGCTCAGTGCCTACCAGGCCCTCAAGGTA...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACAAGCTGACAAAGAGCCTGACATACATCCTGGGAAACCAGGACACGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103230 ACAAGCTGACAAAGAGCCTGACATACATCCTGGGAAACCAGGACACGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGACCCAGATCTGTGAGCTGGAGGAGGCCGTGAGGCACACCGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103280 CAGACCCAGATCTGTGAGCTGGAGGAGGCCGTGAGGCACACCGAGGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    910     GTGAGTGGTCAGCAGGCCAAGGAGGAGGTGTCGCAGCTGGTGCGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103330 .CAGGTGAGTGGTCAGCAGGCCAAGGAGGAGGTGTCGCAGCTGGTGCGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGCTGGGGGCTGTGCTGGAGGAGAAGCGGGCATCACTGCTTCAGGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104082 GGCTGGGGGCTGTGCTGGAGGAGAAGCGGGCATCACTGCTTCAGGCCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAAGAATGCCAGCAGGAGCGGCTGGCCCGTCTCAGCGCCCAGATCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104132 GAAGAATGCCAGCAGGAGCGGCTGGCCCGTCTCAGCGCCCAGATCCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCACCGGAGCCTGCTGGATGGCTCAGGTCTGGTGGGCTATGCCCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104182 GCACCGGAGCCTGCTGGATGGCTCAGGTCTGGTGGGCTATGCCCAGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TACTTAAGGAAACAGACCAGCCTTGCTTTGTGCAAGCCGCCAAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104232 TACTTAAGGAAACAGACCAGCCTTGCTTTGTGCAAGCCGCCAAGCAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CACAACAG         GATTGCCCGAGCCACTGAAGCCCTCCAGACATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104282 CACAACAGGTA...CAGGATTGCCCGAGCCACTGAAGCCCTCCAGACATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCGGCCAGCTGCCAGCTCCTCCTTCCGCCATTGCCAGCTCGACGTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104559 CCGGCCAGCTGCCAGCTCCTCCTTCCGCCATTGCCAGCTCGACGTGGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GTGAGATGAAGCTGCTGACAGAGCTTAACTTCCTGCGAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104609 GTGAGATGAAGCTGCTGACAGAGCTTAACTTCCTGCGAGGTA...CAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CCTGAGGCCCCCGTCATTGACACCCAGCGCACCTTTGCCTATGATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105668 CCTGAGGCCCCCGTCATTGACACCCAGCGCACCTTTGCCTATGATCAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTTCCTGTGCTGGCGGCTGCCCCCCCATTCACCACCTGCCTGGCACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105718 CTTCCTGTGCTGGCGGCTGCCCCCCCATTCACCACCTGCCTGGCACTATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCGTTGAGTTCCGGCGCACGGATGTGCCTGCTCAGCCAGGCCCCACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105768 CCGTTGAGTTCCGGCGCACGGATGTGCCTGCTCAGCCAGGCCCCACCCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TGGCAGCGGCGGGAGGAGGTGAGGGGCACCAGTGCCCTGCTTGAGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105818 TGGCAGCGGCGGGAGGAGGTGAGGGGCACCAGTGCCCTGCTTGAGAACCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CGACACGGGCTCTGTGTATGTGCTGCGTGTCCGCGGCTGCAACAAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105868 CGACACGGGCTCTGTGTATGTGCTGCGTGTCCGCGGCTGCAACAAGGCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GCTACGGCGAATACAGTGAAGATGTGCACCTGCACACGCCCCCAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 105918 GCTACGGCGAATACAGTGAAGATGTGCACCTGCACACGCCCCCGGCACCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 G         TCCTGCACTTCTTCCTCGATAGCCGCTGGGGCGCAAGCCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105968 GGTG...CAGTCCTGCACTTCTTCCTCGATAGCCGCTGGGGCGCAAGCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGAGCGGCTGGCTATCAGCAAGGACCAGCGAGCAGTACGGAGTGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107926 AGAGCGGCTGGCTATCAGCAAGGACCAGCGAGCAGTACGGAGTGTTCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 GGCTGCCCCTGCTGCTGGCTGCTGACCGGCTGCTGACCGGCTGCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107976 GGCTGCCCCTGCTGCTGGCTGCTGACCGGCTGCTGACCGGCTGCCACCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 AGTGTGGATGTGGTCCTGGGCGACGTGGCTGTGACCCAGGGCCGCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108026 AGTGTGGATGTGGTCCTGGGCGACGTGGCTGTGACCCAGGGCCGCAGCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CTGGGCCTGCGCCGTAGACCCAGCCTCCTACTTGGTCAAGGTGGGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108076 CTGGGCCTGCGCCGTAGACCCAGCCTCCTACTTGGTCAAGGTGGGCGTCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GGCTGGAGAGCAAGCTTCAAGAAAGTTTCCAGGGTGCCCCCGATGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108126 GGCTGGAGAGCAAGCTTCAAGAAAGTTTCCAGGGTGCCCCCGATGTGATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 AGCCCCAG         GTACGACCCGGACAGCGGGCACGACAGCGGTGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108176 AGCCCCAGGTC...CAGGTACGACCCGGACAGCGGGCACGACAGCGGTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CGAGGATGCCACAGTGGAGGCGTCGCCACCCTTCGCTTTCCTAACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109864 CGAGGATGCCACAGTGGAGGCGTCGCCACCCTTCGCTTTCCTAACCATTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GCATGGGCAAGATCCTGCTGGGGTCGGGGGCAAGCTCAAACGCAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109914 GCATGGGCAAGATCCTGCTGGGGTCGGGGGCAAGCTCAAACGCAGGGCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 ACAGGGAGGGATGGCCCCACAGCCGGCTGCACAGTGCCCCTGCCACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109964 ACAGGGAGGGATGGCCCCACAGCCGGCTGCACAGTGCCCCTGCCACCCCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CCTGGGCATCTGCCTGGACTATGAGCGGGGCCGGGTTTCCTTCCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110014 CCTGGGCATCTGCCTGGACTATGAGCGGGGCCGGGTTTCCTTCCTGGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CTGTTTCCTTCCGTGGGCTCTTGGAGTGCCCCCTGGACTGCTCAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110064 CTGTTTCCTTCCGTGGGCTCTTGGAGTGCCCCCTGGACTGCTCAGGGCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 GTGTGCCCTGCCTTTTGCTTCATCGGGGGTGGCGCAGTACAGCTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110114 GTGTGCCCTGCCTTTTGCTTCATCGGGGGTGGCGCAGTACAGCTCCAGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GCCAGTGGGCACTAAGCCTGAGAGGAAAGTCACCATTGGGGGCTTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110164 GCCAGTGGGCACTAAGCCTGAGAGGAAAGTCACCATTGGGGGCTTCGCCA

   2350     .
   2270 AGCTGGAC
        ||||||||
 110214 AGCTGGAC