seq1 = pF1KE4219.tfa, 2154 bp
seq2 = pF1KE4219/gi568815575f_118874781.tfa (gi568815575f:118874781_119117687), 242907 bp

>pF1KE4219 2154
>gi568815575f:118874781_119117687 (ChrX)

1-817  (100001-100817)   99% ->
818-936  (103565-103683)   100% ->
937-1201  (114628-114892)   99% ->
1202-1292  (115690-115780)   100% ->
1293-1407  (131341-131455)   100% ->
1408-1529  (134346-134467)   100% ->
1530-1688  (137035-137193)   100% ->
1689-1851  (138259-138421)   100% ->
1852-2001  (139427-139576)   99% ->
2002-2154  (142755-142907)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCAGTACGGATCGAACAGATGCTGAGCTTGCCCGCCGAGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100001 ATGGAGTCAGTACGGATCGAACAGATGCTGAGCTTGCCCGCTGAGGTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGACAACTTGGAGTCGGCGGAGCGAGGGGCATCAGCGGCCCAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCGACAACTTGGAGTCGGCGGAGCGAGGGGCATCAGCGGCCCAAGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACATGGGCCCCCACCCAAAGGTGGCTGCAGAGGGCCCCGCACCTCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACATGGGCCCCCACCCAAAGGTGGCTGCAGAGGGCCCCGCACCTCTACCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCGGGAGCCAGAGCAAGAGCAGTCTCCGGGGACCTCAACGCCGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGCGGGAGCCAGAGCAAGAGCAGTCTCCGGGGACCTCAACGCCGGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAAGTCCTGCTCACGCAGGCAGACGCCTTGGCGTCCCGGGGGCGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAAGTCCTGCTCACGCAGGCAGACGCCTTGGCGTCCCGGGGGCGAATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGAAGCCCTCGAGGTGTATAGACAGCTCTCCGAGCGGCAGCAGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTGAAGCCCTCGAGGTGTATAGACAGCTCTCCGAGCGGCAGCAGCTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGAGCAGCTGGAGCAGCTGGTGCGCTGCCTGGCGGAGAAAGTCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTGAGCAGCTGGAGCAGCTGGTGCGCTGCCTGGCGGAGAAAGTCCCGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGCGAGGCGCTGGCGCCGGCGCCCCCGGACGAGGGTAGCACTGCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGGCGAGGCGCTGGCGCCGGCGCCCCCGGACGAGGGTAGCACTGCAAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCACCGTGGCGGCGGAAGAGACGGGGGCCGCCGCGGCTGCGGCGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCACCGTGGCGGCGGAAGAGACGGGGGCCGCCGCGGCTGCGGCGGCCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGTGTGGGACGGCTTTAAGTGCCGGAAATGTCATGGGTTTCTATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGGTGTGGGACGGCTTTAAGTGCCGGAAATGTCATGGGTTTCTATCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCCGTGTCCTTGTCGTGTGGCCACACCTTTTGTAAACTGTGCCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCCGTGTCCTTGTCGTGTGGCCACACCTTTTGTAAACTGTGCCTGGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGGGCGGGCCGCCGACCGGCGCTGTGCGCTGTGCGGGGTCAAGCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGGGCGGGCCGCCGACCGGCGCTGTGCGCTGTGCGGGGTCAAGCTCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCTTGATGGTGGCCACTGGGCGGGCGCGTGGAGCCCGGCGGGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTTGATGGTGGCCACTGGGCGGGCGCGTGGAGCCCGGCGGGCTGGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCAGCCGCCGCCGCCGCTGCGAGTCAACGTGGTGCTCAGCGGCCTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCAGCCGCCGCCGCCGCTGCGAGTCAACGTGGTGCTCAGCGGCCTCCTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAAGTTGTTTCCAGGCCCAGCGCGAGCGTCGCAACTCCGGCACGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAAGTTGTTTCCAGGCCCAGCGCGAGCGTCGCAACTCCGGCACGAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AACCGACTGTACCGCGAGCGCCAGGTGGAGGCGGCACTGCTCAAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AACCGACTGTACCGCGAGCGCCAGGTGGAGGCGGCACTGCTCAAGTACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGAGGCAGTTAAGTTGG         CTCCAAATGACCACTTGCTTTATA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100801 CGAGGCAGTTAAGTTGGGTG...CAGCTCCAAATGACCACTTGCTTTATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCAATCGGTCTCAGATTTATTTCACCTTGGAGTCTCATGAGAATGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103589 GCAATCGGTCTCAGATTTATTTCACCTTGGAGTCTCATGAGAATGCACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CATGATGCAGAAATAGCATGTAAGCTCCGCCCGATGGGTTTTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103639 CATGATGCAGAAATAGCATGTAAGCTCCGCCCGATGGGTTTTAAGGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937     GACAATCTGGAGCTCCCACATTGTTCTAGTCAGGAGGAAGCAGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103689 .CAGGACAATCTGGAGCTCCCACATTGTTCTAGTCAGGAGGAAGCAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCAGGGGAGATGGCAGCAGTCTGATGGACCCAGCTAAAGTGAAGGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114674 CCAGGGGAGATGGCAGCAGTCTGATGGACCCAGCTAAAGTGAAGGGGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGTCAGCAGCACCACATGAAAGACCAGGAAGAAGAGGAGGAGAAGTTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 114724 GGTCAGCAGCACCACATGAAAGACCAGGAAGAAGAGGAGGAGAAGTGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGCTACCTCTCCAAAAGCTGCTTCCAGCAAGACTGGAAAATGCCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114774 TGCTACCTCTCCAAAAGCTGCTTCCAGCAAGACTGGAAAATGCCAGGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGAAAAGGAAACATTGCCAGATTGAATCCCAAGAAGAAACGGGGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114824 AGAAAAGGAAACATTGCCAGATTGAATCCCAAGAAGAAACGGGGATGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AATAAAGCCTCCAAGCAAG         ATCCTCCCACTGATCAGGGGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114874 AATAAAGCCTCCAAGCAAGGTA...CAGATCCTCCCACTGATCAGGGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CAAACCTGCTCTCAGTTTACCACTTGCATCTTTCGACGCATCTGACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115712 CAAACCTGCTCTCAGTTTACCACTTGCATCTTTCGACGCATCTGACCTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AATGCGCTCTATGTATGAG         ATTATTCTATGAGCCAGTCACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115762 AATGCGCTCTATGTATGAGGTA...CAGATTATTCTATGAGCCAGTCACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 ACACCTTGCGGGCATACTTTTTGCTTAAAATGCCTAGAAAGATGCCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131363 ACACCTTGCGGGCATACTTTTTGCTTAAAATGCCTAGAAAGATGCCTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TCACAACGCAAAGTGTCCATTGTGCAAAGACGGTCTTTCACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 131413 TCACAACGCAAAGTGTCCATTGTGCAAAGACGGTCTTTCACAGGTA...T

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1408   TGCTTGGCATCAAGAAAATACAGCAAAAATGTAATAATGGAGGAGCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134344 AGTGCTTGGCATCAAGAAAATACAGCAAAAATGTAATAATGGAGGAGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 ATAGCTAAATTCCTTCCAGAAGAACTGAAGGAACGAAGGAAGCTTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134394 ATAGCTAAATTCCTTCCAGAAGAACTGAAGGAACGAAGGAAGCTTTATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AGAGGAAATGGAAGAACTTTCTAA         CCTTAATAAGAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 134444 AGAGGAAATGGAAGAACTTTCTAAGTA...CAGCCTTAATAAGAATGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CTATTTTCGTGTGTACTATGGCCTATCCCACCGTTCCTTGTCCCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137052 CTATTTTCGTGTGTACTATGGCCTATCCCACCGTTCCTTGTCCCCTGCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 ATCTTTGAGCCTTGTTACCGCCTGATGATTCGTAGATGCATTGAGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137102 ATCTTTGAGCCTTGTTACCGCCTGATGATTCGTAGATGCATTGAGACAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CACGAGACAGTTTGGCATGTGCCTTGGAGATCCTGTCAAAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 137152 CACGAGACAGTTTGGCATGTGCCTTGGAGATCCTGTCAAAGGGTA...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689  GTTTGCAGAATATGGCTGCATCCTAGAGATCAGAAATGTTCAATTCTTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138258 GGTTTGCAGAATATGGCTGCATCCTAGAGATCAGAAATGTTCAATTCTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GCTGATGGCCGCTCAGTGGTTGACAGCATAGGCAAGAGGCGCTTCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138308 GCTGATGGCCGCTCAGTGGTTGACAGCATAGGCAAGAGGCGCTTCAGGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GCTCCATCAGAGCCAGCGGGATGGCTACAACACAGCCGACATTGAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138358 GCTCCATCAGAGCCAGCGGGATGGCTACAACACAGCCGACATTGAATACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TTGAAGACCAAAAG         GTTCAGGGAGAGGATTGTGCTGAGCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 138408 TTGAAGACCAAAAGGTA...CAGGTTCAGGGAGAGGATTGTGCTGAGCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 ATGGGATTACATAACTGTGTCTATCAGCAAGCGTCATTGTGGTTTCATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 139454 ATGGGATTACATAACTGTGTCTATCAGCAAGCATCATTGTGGTTTCATTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 GCTCAAATTATCCCTAAAGAATCGGATACTCAATCACTTTGGTCCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139504 GCTCAAATTATCCCTAAAGAATCGGATACTCAATCACTTTGGTCCCATGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 CGGAGAAAGACGCCGATCCTCAG         ATGAACCCGAATGGCCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 139554 CGGAGAAAGACGCCGATCCTCAGGTA...CAGATGAACCCGAATGGCCCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GCCTGGTGCTGGTGGATGTTAGCAGTTCTTCCCTTGGAAAGCCGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142773 GCCTGGTGCTGGTGGATGTTAGCAGTTCTTCCCTTGGAAAGCCGAGCTCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 GCTCCCCTTCCTAGCAATGAGGTCCTTAAAGGACAGACTGAATGGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142823 GCTCCCCTTCCTAGCAATGAGGTCCTTAAAGGACAGACTGAATGGTATTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2120 GACGAGTCCTGGCCTTCATATCCCGAAACCAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142873 GACGAGTCCTGGCCTTCATATCCCGAAACCAAAAC