seq1 = pF1KE4215.tfa, 2214 bp
seq2 = pF1KE4215/gi568815589f_112474081.tfa (gi568815589f:112474081_112718913), 244833 bp

>pF1KE4215 2214
>gi568815589f:112474081_112718913 (Chr9)

1-1171  (100001-101171)   100% ->
1172-2214  (143791-144833)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGATTGTCTTCATACCTCATCTGAGAATCTGTCCAAATTGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGATTGTCTTCATACCTCATCTGAGAATCTGTCCAAATTGGTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGCCCATAGCCATGGGACTATTTGCAGCCTCATTCCAAACCTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGCCCATAGCCATGGGACTATTTGCAGCCTCATTCCAAACCTGAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTGCTTTCTGAAGGTTCCCATGGGAACCTGACAGCAATGTGGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTGCTTTCTGAAGGTTCCCATGGGAACCTGACAGCAATGTGGGGCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTGCTGGCCATGCTTATCACTGGCCACTAACAGCTACTTGCAGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTGCTGGCCATGCTTATCACTGGCCACTAACAGCTACTTGCAGAGCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCCAAGAGAGGGTCTGTTTCCAGGATAACAGAAGTTTTAACTCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCCAAGAGAGGGTCTGTTTCCAGGATAACAGAAGTTTTAACTCTGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTCCCAGTATAATCGGGGTGCCCTCTGAGACACAGACTAGCCCTGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTCCCAGTATAATCGGGGTGCCCTCTGAGACACAGACTAGCCCTGTTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGGTACCCTGGGAGACCAGTGAAAGCAAAGCTAGACTGTAACCGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGGTACCCTGGGAGACCAGTGAAAGCAAAGCTAGACTGTAACCGGACCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGACTCTTGTGACTTCTCCTACTGTAGTGAGCCCTCTGAACTGGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGACTCTTGTGACTTCTCCTACTGTAGTGAGCCCTCTGAACTGGATGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGTTGAAGAATATGAAGATGAGAACACCCTGTTTGACATGGTTTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGTTGAAGAATATGAAGATGAGAACACCCTGTTTGACATGGTTTGTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCTTCTGTTACAGATGAGGATAGTGACTTTGAACCCCAAACCCAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCTTCTGTTACAGATGAGGATAGTGACTTTGAACCCCAAACCCAAAGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCAAAGCATTGCTCGCAAAAGACCTGGGGTAGTCCCATCTTCCCTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCAAAGCATTGCTCGCAAAAGACCTGGGGTAGTCCCATCTTCCCTCCATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAAGCTCCCAGACGCAGATGGTTGACGAATGCAGCAATGATGTCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAAGCTCCCAGACGCAGATGGTTGACGAATGCAGCAATGATGTCATCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAGAAAATCAAACAAGAAATCCCCGAAGATTATTACATTGTGGCAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAGAAAATCAAACAAGAAATCCCCGAAGATTATTACATTGTGGCAAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGAACTGACAGGAGGAGTAGATGGACCAGCCCTGTCCTTGACACAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGAACTGACAGGAGGAGTAGATGGACCAGCCCTGTCCTTGACACAGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAAAACCCAAGCCTCAGACTCACGCTGGTCCCTCCTGTGTAGGGTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAAAACCCAAGCCTCAGACTCACGCTGGTCCCTCCTGTGTAGGGTCTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAACTGATTCCCCATGTCACATCTGCCATCAGCACGGAGCTAGACCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAACTGATTCCCCATGTCACATCTGCCATCAGCACGGAGCTAGACCCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGGTATGTCTGCATCCCCCTCTGTGATCTCCAGACCAATTGTCCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGGTATGTCTGCATCCCCCTCTGTGATCTCCAGACCAATTGTCCAGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGCTAGGGTATCTCTGGCTTCACCAAACAGAGGACCCCCTGGTACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGCTAGGGTATCTCTGGCTTCACCAAACAGAGGACCCCCTGGTACACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGCACCAACCAACAGGTGGCCATGCAAATGCCTGTGAGCACATCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGCACCAACCAACAGGTGGCCATGCAAATGCCTGTGAGCACATCCCATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TAACAAACAGATCAGTATCCCCTTGTCTGCCCTGCAGCTGCCTGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TAACAAACAGATCAGTATCCCCTTGTCTGCCCTGCAGCTGCCTGGACAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGAGCAAGTTGCCTCTGAAGAGTTCCTGTCCCATCTGCCCAGCCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATGAGCAAGTTGCCTCTGAAGAGTTCCTGTCCCATCTGCCCAGCCAGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCCTCCTGTGAGGTAGCCCTTTCTCCCTCAGTTAACACAGAGCCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCCTCCTGTGAGGTAGCCCTTTCTCCCTCAGTTAACACAGAGCCAGAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GAGCTCCAGTCAGCAGCAGCCCCCAGTCGCTCCAGCCATAACCACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GAGCTCCAGTCAGCAGCAGCCCCCAGTCGCTCCAGCCATAACCACTGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCACAGCACAGTGCATACCAG         ACCAGGATGAAAGAGCAGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101151 CCACAGCACAGTGCATACCAGGTA...CAGACCAGGATGAAAGAGCAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GAGCTCAGCAGGGAGCAGAACGAGAAAACCATCCGGAGCACGCAGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143811 GAGCTCAGCAGGGAGCAGAACGAGAAAACCATCCGGAGCACGCAGACCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCTCCGCAATTTCCGTGAGTTCCTCATCTCCAAGTATCCTTCTGAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143861 GCTCCGCAATTTCCGTGAGTTCCTCATCTCCAAGTATCCTTCTGAAACAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GAGAGATTTATGTCATCCCTTGCAAGGAGTTGGATGCCTACCTTGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143911 GAGAGATTTATGTCATCCCTTGCAAGGAGTTGGATGCCTACCTTGCCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TTCTTTGTTGATGCCAGGCAGAAGGATGGGTCCGAATACGAACCCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143961 TTCTTTGTTGATGCCAGGCAGAAGGATGGGTCCGAATACGAACCCAACAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CTTGGCCAATTACCAGTGTGGGCTCGAAAGGTACCTGAAAGAACACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144011 CTTGGCCAATTACCAGTGTGGGCTCGAAAGGTACCTGAAAGAACACAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ATGGCTATAGCATCACCAGGGATAAGGAATTCAAGCGTTCCCAAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144061 ATGGCTATAGCATCACCAGGGATAAGGAATTCAAGCGTTCCCAAGAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CTGAAGCAGAAGCAAATTGAACTCCGCTGTAAAGGAAAAGGAAATAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144111 CTGAAGCAGAAGCAAATTGAACTCCGCTGTAAAGGAAAAGGAAATAAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 ACACAAGTCCATGAAGCTCACCTTTGCTGACGAGCTCATCCTGCGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144161 ACACAAGTCCATGAAGCTCACCTTTGCTGACGAGCTCATCCTGCGGAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GGGGACTGCTAAGCCGATATAACCCCGAGGGTTTGCTCAACCTAGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144211 GGGGACTGCTAAGCCGATATAACCCCGAGGGTTTGCTCAACCTAGTCTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CTCAACAACACAAAAGCTTTTGGGCATTGCACAGGCTTCCATGGATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144261 CTCAACAACACAAAAGCTTTTGGGCATTGCACAGGCTTCCATGGATCTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 CTTAAAATGGGGTGATATCCGGCTCCGGGTAACAGAGACGGGTCTCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144311 CTTAAAATGGGGTGATATCCGGCTCCGGGTAACAGAGACGGGTCTCGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 ACTTGGAGTGGATGGGTCAGGACACTGGAGACTTGAATGCCAAAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144361 ACTTGGAGTGGATGGGTCAGGACACTGGAGACTTGAATGCCAAAACCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 AGAGGGGGGACAGACTCCCGTGTGTATGCCACCCAGCACGCCCCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144411 AGAGGGGGGACAGACTCCCGTGTGTATGCCACCCAGCACGCCCCACAGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 CTGCCCTGTCCAGGACTATAAGGAGTATGCCCAGCGGCGGCCTCCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144461 CTGCCCTGTCCAGGACTATAAGGAGTATGCCCAGCGGCGGCCTCCCGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 TGCGCTACGAGGATGCCCCTTTCTACTTATCCATCAAGCCAGTCGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144511 TGCGCTACGAGGATGCCCCTTTCTACTTATCCATCAAGCCAGTCGTGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 CTGGCGGCTCTGCATTGGTACAACTGCCAGGCCCTTGGCAAGAACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144561 CTGGCGGCTCTGCATTGGTACAACTGCCAGGCCCTTGGCAAGAACAAGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 GGCCAAGATGGTGAAGACCATGTGTGAGAAGGGCAACATCCCTGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144611 GGCCAAGATGGTGAAGACCATGTGTGAGAAGGGCAACATCCCTGGCAGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 AAACCAACTTCAGTGTGTATCAGAGCTGCAGCACCTTGTCTGAGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144661 AAACCAACTTCAGTGTGTATCAGAGCTGCAGCACCTTGTCTGAGGCCCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 AGCAACCAGCTCGTGCTGATCTGTAACAATCTGAGCCAGCAGGCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144711 AGCAACCAGCTCGTGCTGATCTGTAACAATCTGAGCCAGCAGGCTGCCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 GTCAGTGGCCGGCCACTCCAACAATGGCAATTTCATCGTCTCCGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144761 GTCAGTGGCCGGCCACTCCAACAATGGCAATTTCATCGTCTCCGCCTCCT

   2200     .    :    .    :
   2192 ATGACTCTTCCTCAGACACCGCT
        |||||||||||||||||||||||
 144811 ATGACTCTTCCTCAGACACCGCT