seq1 = pF1KE4210.tfa, 2190 bp
seq2 = pF1KE4210/gi568815581f_2696528.tfa (gi568815581f:2696528_3130999), 434472 bp

>pF1KE4210 2190
>gi568815581f:2696528_3130999 (Chr17)

78-165  (208754-208841)   98% ->
166-201  (261232-261267)   100% ->
202-246  (266143-266187)   100% ->
247-279  (266903-266935)   100% ->
280-492  (267329-267541)   100% ->
493-596  (269013-269116)   99% ->
597-675  (283760-283838)   100% ->
676-729  (284668-284721)   100% ->
730-813  (288456-288539)   100% ->
814-914  (294770-294870)   100% ->
915-1044  (298810-298939)   100% ->
1045-1200  (301694-301849)   100% ->
1201-1272  (308842-308913)   100% ->
1273-1359  (309428-309514)   100% ->
1360-1494  (311484-311618)   100% ->
1495-1632  (321534-321671)   100% ->
1633-1751  (323950-324068)   100% ->
1752-1865  (329481-329594)   99% ->
1866-1980  (329823-329937)   99% ->
1981-2107  (330417-330543)   99% ->
2108-2190  (334395-334474)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     78 CAAGAAGCAGGAGCTGGCCAACAGCTCGGATGCGACCCTCCCAGACCGGC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208754 CAGGAAGCAGGAGCTGGCCAACAGCTCGGATGCGACCCTCCCAGACCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    128 CGCTCTCCCCTCCTCTCACGGCACCTCCCACCATGAAG         TCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 208804 CGCTCTCCCCTCCTCTCACGGCACCTCCCACCATGAAGGTA...CAGTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    169 TCGGAGTTCTTTGAGATGCTGGAGAAAATGCAG         GGGATCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 261235 TCGGAGTTCTTTGAGATGCTGGAGAAAATGCAGGTG...TAGGGGATCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    210 GCTTGAAGAGCAGAAGCCGGGACCCCAGAAGAACAAG         GACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 266151 GCTTGAAGAGCAGAAGCCGGGACCCCAGAAGAACAAGGTG...CAGGACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTATATCCCATACCCCAGCATCGACGAG         GTTGTGGAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 266907 ACTATATCCCATACCCCAGCATCGACGAGGTA...CAGGTTGTGGAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGAGGCCCGTACCCTCAGGTCATCCTGCCACAGTTTGGGGGCTATTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267341 GGAGGCCCGTACCCTCAGGTCATCCTGCCACAGTTTGGGGGCTATTGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGAGGACCCGGAGAACGTGGGCACCCCAACATCGCTGGGGAGCAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267391 CGAGGACCCGGAGAACGTGGGCACCCCAACATCGCTGGGGAGCAGCATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGAGGAGGAGGAAGAGGACAACCTCAGCCCCAACACATTTGGCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267441 GTGAGGAGGAGGAAGAGGACAACCTCAGCCCCAACACATTTGGCTACAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCGAGTGCAAGGGTGAAGCCAGGGCCTACCGGAGGCACTTCCTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267491 CTCGAGTGCAAGGGTGAAGCCAGGGCCTACCGGAGGCACTTCCTGGGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 G         GATCATCTAAACTTTTACTGTACCGGCAGCAGCCTGGGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267541 GGTG...TAGGATCATCTAAACTTTTACTGTACCGGCAGCAGCCTGGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTTGATCCTGTCCGTCAAGTGCGAGGAAGCAGAGGGGATCGAGTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269053 ACTTGATCCTGTCCGTCAAGTGCGAGGAAGCAGAGGGGATCGAGTACCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGGGTCATCCTCAG         GTCCAAACTGAAGACGGTACATGAGCG
        ||||||||||| ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 269103 CGGGTCATCCTTAGGTA...CAGGTCCAAACTGAAGACGGTACATGAGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GATCCCCTTGGCTGGACTGAGCAAGCTTCCCAGTGTCCCTCAGATTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283787 GATCCCCTTGGCTGGACTGAGCAAGCTTCCCAGTGTCCCTCAGATTGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AG         GCTTTCTGTGATGATGCAGTGGGACTGAGATTCAATCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283837 AGGTG...CAGGCTTTCTGTGATGATGCAGTGGGACTGAGATTCAATCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTCCTGTACCCCAAG         GCCTCCCAAATGATTGTGTCCTATGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 284707 GTCCTGTACCCCAAGGTA...CAGGCCTCCCAAATGATTGTGTCCTATGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGAGCATGAAGTCAACAACACATTCAAATTCGGAGTCATTTATCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288482 TGAGCATGAAGTCAACAACACATTCAAATTCGGAGTCATTTATCAAAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCAGGCAG         ACCCTGGAGGAGGAGCTATTTGGGAACAATGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 288532 CCAGGCAGGTA...CAGACCCTGGAGGAGGAGCTATTTGGGAACAATGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAGCCCAGCTTTTAAGGAGTTCTTGGACCTGCTGGGGGACACGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294803 GAGAGCCCAGCTTTTAAGGAGTTCTTGGACCTGCTGGGGGACACGATCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACTGCAGGATTTCAAAGG         TTTCCGAGGAGGCCTGGACGTGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 294853 ACTGCAGGATTTCAAAGGGTG...CAGTTTCCGAGGAGGCCTGGACGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCCACGGACAGACAGGGGTGGAATCAGTGTACACAACATTCCGGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298833 CCCACGGACAGACAGGGGTGGAATCAGTGTACACAACATTCCGGGACAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGATCATGTTTCACGTTTCCACAAAGCTGCCATTTACCGACGGAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298883 GAGATCATGTTTCACGTTTCCACAAAGCTGCCATTTACCGACGGAGACGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCAGCAG         CTCCAGAGAAAGAGACACATTGGAAATGACATCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298933 CCAGCAGGTA...TAGCTCCAGAGAAAGAGACACATTGGAAATGACATCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGCCATCATCTTCCAAGAGGAAAACACGCCGTTTGTCCCAGACATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301728 TGGCCATCATCTTCCAAGAGGAAAACACGCCGTTTGTCCCAGACATGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCTCCAATTTCTTACATGCCTACATCGTCGTGCAGGTCGAGACCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301778 GCCTCCAATTTCTTACATGCCTACATCGTCGTGCAGGTCGAGACCCCAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACAGAGACCCCATCCTACAAG         GTCTCTGTCACTGCGCGGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 301828 CACAGAGACCCCATCCTACAAGGTA...CAGGTCTCTGTCACTGCGCGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAGATGTGCCCACCTTTGGTCCACCTCTGCCCAGTCCCCCCGTTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308861 AAGATGTGCCCACCTTTGGTCCACCTCTGCCCAGTCCCCCCGTTTTCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAG         GGCCCGGAATTCAGGGAGTTTCTGCTCACCAAGCTCAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308911 AAGGTA...CAGGGCCCGGAATTCAGGGAGTTTCTGCTCACCAAGCTCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAATGCCGAGAACGCCTGCTGCAAGTCGGACAAGTTTGCAAAGCTGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 309466 CAATGCCGAGAACGCCTGCTGCAAGTCGGACAAGTTTGCAAAGCTGGAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1360         GACCGGACCAGGGCTGCCCTCCTGGACAACCTTCACGATGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309516 TG...TAGGACCGGACCAGGGCTGCCCTCCTGGACAACCTTCACGATGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTCCACGCCCACACACAGGCCATGCTGGGACTGGGCCCAGAGGAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311526 CTCCACGCCCACACACAGGCCATGCTGGGACTGGGCCCAGAGGAGGACAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GTTTGAGAATGGAGGCCACGGGGGGTTCCTGGAGTCTTTTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 311576 GTTTGAGAATGGAGGCCACGGGGGGTTCCTGGAGTCTTTTAAGGTA...T

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1495   AGGGCCATCCGCGTACGCAGCCACTCCATGGAGACCATGGTGGGCGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321532 AGAGGGCCATCCGCGTACGCAGCCACTCCATGGAGACCATGGTGGGCGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAGAAGAAGTCGCACAGTGGGGGCATCCCTGGCAGCCTCAGCGGGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321582 CAGAAGAAGTCGCACAGTGGGGGCATCCCTGGCAGCCTCAGCGGGGGCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTCCCACAACAGCATGGAGGTCACCAAGACCACCTTCTCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 321632 CTCCCACAACAGCATGGAGGTCACCAAGACCACCTTCTCGGTG...CAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CTCCAGTGGTGGCGGCAACGGTGAAGAACCAGTCACGGAGTCCCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323951 CTCCAGTGGTGGCGGCAACGGTGAAGAACCAGTCACGGAGTCCCATCAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CGACGCTCGGGGCTCTTCCCCCGCCTGCACACGGGCTCAGAAGGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324001 CGACGCTCGGGGCTCTTCCCCCGCCTGCACACGGGCTCAGAAGGCCAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CGACAGCCGGGCACGATG         TGACAGCACATCCAGCACACCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 324051 CGACAGCCGGGCACGATGGTA...CAGTGACAGCACATCCAGCACACCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGACCCCAGATGGTGGACACTCCTCTCAGGAGATAAAGTCTGAGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329504 AGACCCCAGATGGTGGACACTCCTCTCAGGAGATAAAGTCTGAGACCTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TCCAATCCCAGCTCTCCAGAAATCTGCCCCAACAAGGAGAA         
        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 329554 TCCAATCCCAGCTCTCCGGAAATCTGCCCCAACAAGGAGAAGTA...CAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GCCCTTCATGAAGTTGAAGGAAAACGGCCGCGCCATCTCCCGCTCCTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 329823 GCCCTTCATGAAGTTGAAGGAAAACGGCCGTGCCATCTCCCGCTCCTCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CCAGCACCAGCAGCGTCAGCAGCACTGCAGGGGAGGGCGAGGCCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329873 CCAGCACCAGCAGCGTCAGCAGCACTGCAGGGGAGGGCGAGGCCATGGAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GAGGGCGACAGTGGG         GGCAGCCAGCCGTCCACGACCTCACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 329923 GAGGGCGACAGTGGGGTA...CAGGGCAGCCAGCCGTCCACGACCTCACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CTTCAAGCAGGAGGTGTTTGTCTACAGCCCGTCCCCGAGCAGCGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330443 CTTCAAGCAGGAGGTGTTTGTCTACAGCCCGTCCCCGAGCAGCGAGAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CCAGCCTGGGGGCAGCTGCCACCCCAATCATCATGAGCCGGAGTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 330493 CCAGCCTGGGGGCAGCTGCCACCCCGATCATCATGAGCCGGAGTCCCACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 G         ATGCCAAAAGCAGAAACTCCCCGAGATCGAACCTGAAATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330543 GGTC...TAGATGCCAAAAGCAGAAACTCCCCGAGATCGAACCTGAAATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CCGCTTTGACAAGCTCAGCCATGCCAGCTCTGGTGCGGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|-|-
 334435 CCGCTTTGACAAGCTCAGCCATGCCAGCTCTGGTGCGG T A