seq1 = pF1KE4205.tfa, 2169 bp
seq2 = pF1KE4205/gi568815595f_140578230.tfa (gi568815595f:140578230_140800971), 222742 bp

>pF1KE4205 2169
>gi568815595f:140578230_140800971 (Chr3)

1-341  (100001-100341)   100% ->
342-1039  (104233-104930)   99% ->
1040-1860  (109493-110313)   100% ->
1861-2085  (112739-112963)   100% ->
2086-2169  (122659-122742)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTGCTATGTGCGTTTGCTGTCCATGTTGTACATGGCAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTGCTATGTGCGTTTGCTGTCCATGTTGTACATGGCAGAGATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGTCCTCAGTTATGCTCCTGTCTGTGCTGCAAGTTCATCTTCACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGTCCTCAGTTATGCTCCTGTCTGTGCTGCAAGTTCATCTTCACCTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCGGAACTGCACCTGCTTCCCCTGCCCTTACAAAGATGAGCGGAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCGGAACTGCACCTGCTTCCCCTGCCCTTACAAAGATGAGCGGAACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTTCTGCCACTGCACCTGTTCTGAGAGCCCCAACTGCCATTGGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGTTCTGCCACTGCACCTGTTCTGAGAGCCCCAACTGCCATTGGTGTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCTCTTGGGCCAATGATCCCAACTGTAAGTGCTGCTGCACAGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCTCTTGGGCCAATGATCCCAACTGTAAGTGCTGCTGCACAGCCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAATCTCAACTGCTACTACTATGAGAGCCGCTGCTGCCGCAATACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAATCTCAACTGCTACTACTATGAGAGCCGCTGCTGCCGCAATACCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCACTTTCCACAAGGGCCGCCTCAGGAGCATCCATACCTC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100301 ATCACTTTCCACAAGGGCCGCCTCAGGAGCATCCATACCTCGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCCAAGACTGCCCTGCGCACTGGGAGCAGCGATACCCAGGTGGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104233 CTCCAAGACTGCCCTGCGCACTGGGAGCAGCGATACCCAGGTGGATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAAAGTCAATACCAGCCAACAGTCACCTGGTGAACCACCTCAATTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104283 TAAAGTCAATACCAGCCAACAGTCACCTGGTGAACCACCTCAATTGCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGTGCAGCCGGCTGCGCCTGCACTCATTCATGCTGCCCTGCAACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104333 ATGTGCAGCCGGCTGCGCCTGCACTCATTCATGCTGCCCTGCAACCACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGTGCGAGAAGTGCCTGCGGCAGCTGCAGAAGCACGCCGAGGTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104383 CCTGTGCGAGAAGTGCCTGCGGCAGCTGCAGAAGCACGCCGAGGTCACCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAACTTCTTCATCCTCATCTGCCCAGTGTGCGACCGCTCGCACTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104433 AGAACTTCTTCATCCTCATCTGCCCAGTGTGCGACCGCTCGCACTGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCCTACAGCAACAAGATGCAGCTGCCCGAGAACTACCTGCACGGGCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104483 CCCTACAGCAACAAGATGCAGCTGCCCGAGAACTACCTGCACGGGCGTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CACCAAGCGCTACATGCAGGAGCACGGCTACCTCAAGTGGCGCTTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104533 CACCAAGCGCTACATGCAGGAGCACGGCTACCTCAAGTGGCGCTTTGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTCCTCCGGGCCCATCCTCTGCCAGGTCTGCCGCAACAGGCGCATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 104583 GCTCCTCCGGGCCCATCCTCTGCCAGGTCTGCCGCAACAAGCGCATCGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TACAAGCGCTGCATCACCTGCCGCCTCAACCTGTGCAACGACTGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104633 TACAAGCGCTGCATCACCTGCCGCCTCAACCTGTGCAACGACTGCCTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCCTTCCACTCGGATGTGGCCATGCAAGACCACGTCTTTGTGGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104683 GGCCTTCCACTCGGATGTGGCCATGCAAGACCACGTCTTTGTGGACACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCGCCGAGGAACAGGACGAGAAGATCTGCATCCACCACCCATCCAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104733 GCGCCGAGGAACAGGACGAGAAGATCTGCATCCACCACCCATCCAGCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATCATCGAGTACTGCCGCAATGACAACAAATTGCTCTGCACCTTCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104783 ATCATCGAGTACTGCCGCAATGACAACAAATTGCTCTGCACCTTCTGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTTCTCTTTCCACAATGGCCACGACACCATTAGCCTCATCGACGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104833 GTTCTCTTTCCACAATGGCCACGACACCATTAGCCTCATCGACGCCTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCGAGAGGGCCGCCTCACTCTTCAGCGCCATCGCCAAGTTCAAAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104883 CCGAGAGGGCCGCCTCACTCTTCAGCGCCATCGCCAAGTTCAAAGCAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040        TCCGATATGAAATTGATAATGACCTAATGGAATTCAACATCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104933 C...CAGTCCGATATGAAATTGATAATGACCTAATGGAATTCAACATCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AAAAAACAGCTTTAAAGCTGACAAGGAGGCAAAGCGAAAAGAGATCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109536 AAAAAACAGCTTTAAAGCTGACAAGGAGGCAAAGCGAAAAGAGATCAGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ATGGCTTTCTCAAGTTGCGCAGCATTCTTCAGGAGAAAGAGAAGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109586 ATGGCTTTCTCAAGTTGCGCAGCATTCTTCAGGAGAAAGAGAAGATCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ATGGAGCAGATAGAGAATCTAGAAGTGTCCAGGCAGAAGGAAATTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109636 ATGGAGCAGATAGAGAATCTAGAAGTGTCCAGGCAGAAGGAAATTGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 ATATGTGTATGTTACAACCATGAAAGTGAACGAGATGGATGGTCTGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109686 ATATGTGTATGTTACAACCATGAAAGTGAACGAGATGGATGGTCTGATCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCTACTCCAAGGAAGCCCTGAAGGAGACTGGCCAGGTGGCATTCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109736 CCTACTCCAAGGAAGCCCTGAAGGAGACTGGCCAGGTGGCATTCCTGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCAGCCAAGATCCTGGTGGACCAGATCGAGGACGGCATCCAGACCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109786 TCAGCCAAGATCCTGGTGGACCAGATCGAGGACGGCATCCAGACCACCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CAGGCCTGACCCACAGCTCCGGCTGCACTCAATAAACTACGTGCCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109836 CAGGCCTGACCCACAGCTCCGGCTGCACTCAATAAACTACGTGCCCTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ACTTTGTTGAGCTTTCCAGTGCCATCCATGAGCTCTTCCCCACAGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109886 ACTTTGTTGAGCTTTCCAGTGCCATCCATGAGCTCTTCCCCACAGGGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 AAGAAGGTACGCTCCTCAGGGGACTCCCTGCCCTCCCCCTACCCCGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109936 AAGAAGGTACGCTCCTCAGGGGACTCCCTGCCCTCCCCCTACCCCGTGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CTCAGAAACAATGATTGCCAGGAAGGTCACTTTCAGCACCCACAGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109986 CTCAGAAACAATGATTGCCAGGAAGGTCACTTTCAGCACCCACAGCCTCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GCAACCAGCACATATACCAGCGAAGCTCCTCCATGTTGTCCTTCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110036 GCAACCAGCACATATACCAGCGAAGCTCCTCCATGTTGTCCTTCAGCAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 ACTGACAAGAAGGCCAAGGTGGGTCTGGAGGCCTGTGGGAGAGCCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110086 ACTGACAAGAAGGCCAAGGTGGGTCTGGAGGCCTGTGGGAGAGCCCAGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 AGCCACCCCCGCCAAACCCACAGACGGCCTCTACACCTACTGGAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110136 AGCCACCCCCGCCAAACCCACAGACGGCCTCTACACCTACTGGAGTGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 GAGCAGACAGCCAGTCTGTACAGAACAGCAGCAGCTTCCACAACTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110186 GAGCAGACAGCCAGTCTGTACAGAACAGCAGCAGCTTCCACAACTGGTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 TCATTCAACGATGGCTCTGTGAAGACCCCAGGCCCAATTGTTATCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110236 TCATTCAACGATGGCTCTGTGAAGACCCCAGGCCCAATTGTTATCTACCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 GACTCTGGTGTACCCAAGAGCTGCCAAG         GTTTACTGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110286 GACTCTGGTGTACCCAAGAGCTGCCAAGGTA...TAGGTTTACTGGACAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 GTCCAGCAGAAGACGTGGACTCTTTTGAGATGGAATTCTATGAAGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112752 GTCCAGCAGAAGACGTGGACTCTTTTGAGATGGAATTCTATGAAGTCATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 ACTTCTCCTCCTAACAACGTACAAATGGAGCTCTGTGGACAAATTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112802 ACTTCTCCTCCTAACAACGTACAAATGGAGCTCTGTGGACAAATTCGGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 CATAATGCAGCAAAATCTGGAGCTGCACAACCTGACCCCCAACACAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112852 CATAATGCAGCAAAATCTGGAGCTGCACAACCTGACCCCCAACACAGAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 ACGTGTTTAAAGTTAGAGCCATCAATGATAATGGTCCTGGGCAATGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112902 ACGTGTTTAAAGTTAGAGCCATCAATGATAATGGTCCTGGGCAATGGAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 GATATCTGCAAG         GTGGTAACACCAGATGGACATGGGAAGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112952 GATATCTGCAAGGTA...CAGGTGGTAACACCAGATGGACATGGGAAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 CCGAGCTAAGTGGGGCCTGCTGAAGAATATCCAGTCTGCCCTCCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122688 CCGAGCTAAGTGGGGCCTGCTGAAGAATATCCAGTCTGCCCTCCAGAAGC

   2200     .
   2165 ACTTC
        |||||
 122738 ACTTC