seq1 = pF1KE4203.tfa, 2130 bp
seq2 = pF1KE4203/gi568815579r_11294405.tfa (gi568815579r:11294405_11518785), 224381 bp

>pF1KE4203 2130
>gi568815579r:11294405_11518785 (Chr19)

(complement)

1-33  (99508-99540)   100% ->
34-147  (100002-100115)   100% ->
148-371  (101727-101950)   100% ->
372-425  (102119-102172)   100% ->
426-637  (102638-102849)   99% ->
638-780  (111922-112064)   100% ->
781-996  (112152-112367)   100% ->
997-1100  (113360-113463)   99% ->
1101-1185  (113555-113639)   100% ->
1186-1242  (116080-116136)   100% ->
1243-1329  (116245-116331)   100% ->
1330-1362  (116539-116571)   100% ->
1363-1484  (116654-116775)   100% ->
1485-1580  (118489-118584)   100% ->
1581-1649  (118678-118746)   100% ->
1650-1746  (118835-118931)   100% ->
1747-1899  (121189-121341)   100% ->
1900-2014  (121428-121542)   100% ->
2015-2130  (124266-124381)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGCACAGCAGGCAAAGAGCTGGCCCTG         GCACCGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  99508 ATGGAGCGCACAGCAGGCAAAGAGCTGGCCCTGGTA...CAGGCACCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGGACTGGGGTGAAGAGACCGAGGACGGCGCGGTGTACAGTGTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 GCAGGACTGGGGTGAAGAGACCGAGGACGGCGCGGTGTACAGTGTCTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCGGCGGCAGCGCAGTCAGCGCAGGAGCCCGGCGGAGGGCCCCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 TGCGGCGGCAGCGCAGTCAGCGCAGGAGCCCGGCGGAGGGCCCCGGGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCAG         GCTCCCAGCCCCATTGCCAATACCTTCCTCCACTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100110 AGCCAGGTG...CAGGCTCCCAGCCCCATTGCCAATACCTTCCTCCACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGAACCAGCAAGGTGAGGGTGCTGAGGGCAGCGCGCCTGGAGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101762 TCGAACCAGCAAGGTGAGGGTGCTGAGGGCAGCGCGCCTGGAGCGGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGGAGAGTTGGTGTTTGGAGACCGTGAGCAGGACCCCAGCTTCATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101812 TGGGAGAGTTGGTGTTTGGAGACCGTGAGCAGGACCCCAGCTTCATGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCTTCCTGGCCACCTACCGGACCTTTGTACCCACTGCCTGCCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101862 GCCTTCCTGGCCACCTACCGGACCTTTGTACCCACTGCCTGCCTGCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTCTGCTGCCACCAATGCCACCGCCCCCACCTCCCGG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101912 CTTTCTGCTGCCACCAATGCCACCGCCCCCACCTCCCGGGTC...CAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGAGATCAAGAAGACAGCGGTACAAGATCTGAGCTTCAACAAGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102121 TAGAGATCAAGAAGACAGCGGTACAAGATCTGAGCTTCAACAAGAACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AG         GGCTGTGGTGTCAGTGCTGGGCTCCTGGCTGCAGGACCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102171 AGGTG...CAGGGCTGTGGTGTCAGTGCTGGGCTCCTGGCTGCAGGACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCCTCAGGATTTCCGAGACCCCCCTGTCCATTCGGACCTGGGCAGTGTCC
        |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
 102677 CCCTCAGGATTTCCGAGACCACCCTGCCCATTCGGACCTGGGCAGTGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAACCTTTCTGGGCTGGGCGGCCCCAGGGAGTGCTGAGGCTCAAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102727 GAACCTTTCTGGGCTGGGCGGCCCCAGGGAGTGCTGAGGCTCAAAAAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAAGCTTCTGGAAGATTTTTTGGAGGAGGCTGAGCGAGAGCAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102777 GAGAAGCTTCTGGAAGATTTTTTGGAGGAGGCTGAGCGAGAGCAGGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGCCGCCTCAGGTGTGGACAG         GACCTCCCAGAGTTGCCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102827 GGAGCCGCCTCAGGTGTGGACAGGTG...CAGGACCTCCCAGAGTTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAACTTCTGACCCAGACTCTTCAGAGGCCTGCGCGGAGGAAGAGGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111940 AAACTTCTGACCCAGACTCTTCAGAGGCCTGCGCGGAGGAAGAGGAAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCATGCCTCAAGGTCCCCAGCTCCTGGACTTCAGCGTGGACGAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111990 CTCATGCCTCAAGGTCCCCAGCTCCTGGACTTCAGCGTGGACGAGGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGAGCAGCTGACCCTCATAGACTTG         GAGCTCTTCTCCAAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112040 CGAGCAGCTGACCCTCATAGACTTGGTG...CAGGAGCTCTTCTCCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAGGCTCTACGAGTGCTTGGGCTCCGTGTGGTCGCAGAGGGACCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112168 TGAGGCTCTACGAGTGCTTGGGCTCCGTGTGGTCGCAGAGGGACCGGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGGGCTGCAGGCGCCTCCCCCACTGTGCGCGCCACCGTGGCCCAGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112218 GGGGCTGCAGGCGCCTCCCCCACTGTGCGCGCCACCGTGGCCCAGTTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACCGTGACCGGCTGTGTGCTGGGTTCCGTGCTCGGAGCACCGGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112268 CACCGTGACCGGCTGTGTGCTGGGTTCCGTGCTCGGAGCACCGGGCTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCGCCCCGCAGAGGGCGCAGCGGCTGGAGAAGTGGATCCGCATCGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112318 CCGCCCCGCAGAGGGCGCAGCGGCTGGAGAAGTGGATCCGCATCGCCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997          CGCTGCCGAGAACTGCGGAACTTCTCCTCCTTGCGCGCCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112368 GTG...CAGCGCTGCCGAGAACTGCGGAACTTCTCCTCCTTGCGCGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTGTCCGCCCTGCAATCTAACCCCATCTACCGGCTCAAGCGCAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113401 CCTGTCCGCCCTGCAATCTAACCCCATCTACCGGCTCAAGCGCAGCTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGGCCGTGAGCCG         GGAACCGCTATCTACTTTCAGGAAACTT
        |||| ||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113451 GGGCAGTGAGCCGGTG...CAGGGAACCGCTATCTACTTTCAGGAAACTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCGCAGATTTTCTCCGATGAGAACAACCACCTCAGCAGCAGAGAGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113583 TCGCAGATTTTCTCCGATGAGAACAACCACCTCAGCAGCAGAGAGATTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TTTCCAG         GAGGAGGCCACTGAGGGATCCCAAGAAGAGGACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113633 TTTCCAGGTA...CAGGAGGAGGCCACTGAGGGATCCCAAGAAGAGGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACACCCCAGGCAGCCTGCCCTCA         AAACCACCCCCAGGCCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116114 ACACCCCAGGCAGCCTGCCCTCAGTG...CAGAAACCACCCCCAGGCCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTCCCCTACCTTGGCACCTTCCTTACGGACCTGGTTATGCTGGACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116263 GTCCCCTACCTTGGCACCTTCCTTACGGACCTGGTTATGCTGGACACAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTGCCGGATATGTTGGAG         GGGGATCTCATTAACTTTGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116313 CCTGCCGGATATGTTGGAGGTC...CAGGGGGATCTCATTAACTTTGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGAGGAGGAAG         GAGTGGGAGATCCTGGCCCGCATCCAGCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 116561 AGAGGAGGAAGGTG...CAGGAGTGGGAGATCCTGGCCCGCATCCAGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTGCAGAGGCGCTGTCAGAGCTACACCCTGAGCCCCCACCCGCCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116684 CTGCAGAGGCGCTGTCAGAGCTACACCCTGAGCCCCCACCCGCCCATCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGCTGCCCTGCATGCCCAGAACCAGCTCACCGAGGAGCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 116734 GGCTGCCCTGCATGCCCAGAACCAGCTCACCGAGGAGCAGAGGTG...CA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1485  CTACCGGCTCTCCCGGGTCATTGAGCCACCAGCTGCCTCCTGCCCCAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118488 GCTACCGGCTCTCCCGGGTCATTGAGCCACCAGCTGCCTCCTGCCCCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCCCCACGCATCCGACGGCGGATCAGCCTCACCAAGCGTCTCAGTGC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118538 TCCCCACGCATCCGACGGCGGATCAGCCTCACCAAGCGTCTCAGTGCGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1581       GAAGCTTGCCCGAGAGAAAAGCTCATCACCTAGTGGGAGTCCCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118588 ...TAGGAAGCTTGCCCGAGAGAAAAGCTCATCACCTAGTGGGAGTCCCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GGGACCCCTCATCCCCCACCTCCAG         TGTGTCCCCAGGGTCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 118722 GGGACCCCTCATCCCCCACCTCCAGGTG...CAGTGTGTCCCCAGGGTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CCCCCCTCAAGTCCTAGAAGCAGAGATGCTCCTGCTGGCAGTCCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118851 CCCCCCTCAAGTCCTAGAAGCAGAGATGCTCCTGCTGGCAGTCCCCCGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CTCTCCAGGGCCCCAGGGCCCCAGCACCAAG         CTGCCCCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118901 CTCTCCAGGGCCCCAGGGCCCCAGCACCAAGGTA...CAGCTGCCCCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 GCCTGGACCTGCCCAGCCCCCGGCCCTTCGCTTTGCCTCTGGGCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121199 GCCTGGACCTGCCCAGCCCCCGGCCCTTCGCTTTGCCTCTGGGCAGCCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CGAATCCCCCTCCCGGCGCAGCAGAGCTCGGAGGCCCGTGTCATCCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121249 CGAATCCCCCTCCCGGCGCAGCAGAGCTCGGAGGCCCGTGTCATCCGCGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CAGCATCGACAATGACCACGGGAACCTGTATCGAAGCATCTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121299 CAGCATCGACAATGACCACGGGAACCTGTATCGAAGCATCTTGGTG...C

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1900   CTGACCAGTCAGGACAAAGCCCCCAGCGTGGTCCGGCGAGCCTTGCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121426 AGCTGACCAGTCAGGACAAAGCCCCCAGCGTGGTCCGGCGAGCCTTGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AAGCACAATGTGCCCCAGCCCTGGGCCTGTGACTATCAGCTCTTTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121476 AAGCACAATGTGCCCCAGCCCTGGGCCTGTGACTATCAGCTCTTTCAAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CCTTCCTGGGGACCGGG         TGCTCCTGATTCCTGACAATGCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121526 CCTTCCTGGGGACCGGGGTG...CAGTGCTCCTGATTCCTGACAATGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 ACGTCTTCTATGCCATGAGTCCAGTCGCCCCCAGAGACTTCATGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124290 ACGTCTTCTATGCCATGAGTCCAGTCGCCCCCAGAGACTTCATGCTGCGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 CGGAAAGAGGGGACCCGGAACACTCTGTCTGTCTCCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124340 CGGAAAGAGGGGACCCGGAACACTCTGTCTGTCTCCCCAAGC