seq1 = pF1KE4194.tfa, 2109 bp
seq2 = pF1KE4194/gi568815587f_117134273.tfa (gi568815587f:117134273_117385148), 250876 bp

>pF1KE4194 2109
>gi568815587f:117134273_117385148 (Chr11)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-618  (104329-104839)   100% ->
619-678  (105529-105588)   100% ->
679-819  (110173-110313)   100% ->
820-959  (112537-112676)   100% ->
960-1056  (145636-145732)   100% ->
1057-1145  (145899-145987)   100% ->
1146-1236  (147042-147132)   100% ->
1237-1335  (147328-147426)   100% ->
1336-1712  (147622-147998)   100% ->
1713-1845  (148132-148264)   100% ->
1846-1950  (148474-148578)   100% ->
1951-2046  (148843-148938)   100% ->
2047-2109  (150814-150876)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGTCTGAGGTTGCTGGTGTTGTGGCCAATGCCCCCAGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCGTCTGAGGTTGCTGGTGTTGTGGCCAATGCCCCCAGTCCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAATCTTCTAGTTTATGTGCTTCCAAATCAGACGAAGGTCTCCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAATCTTCTAGTTTATGTGCTTCCAAATCAGACGAAGGTCTCCCAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCTAAG         CACCAAAGACTCTGCACAGAAGCAGAAGAACTCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCTAAGGTA...TAGCACCAAAGACTCTGCACAGAAGCAGAAGAACTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTCTGTTGAGTGTAAGTAGCCAAACAATAACCAAGGAGAATAACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104363 CCTCTGTTGAGTGTAAGTAGCCAAACAATAACCAAGGAGAATAACAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCCATTTGGAGCACTCAGAGCAGAATCCTGGTTCATCAGCAGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104413 TGTCCATTTGGAGCACTCAGAGCAGAATCCTGGTTCATCAGCAGGTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTCAGCAGCGCACCAGGTGGTTTTAGGAGAAAACTTGATAGCCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104463 CCTCAGCAGCGCACCAGGTGGTTTTAGGAGAAAACTTGATAGCCACAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTTGTCTTTCTGGCAGTGGGTCTCAGTCTGATTTGAAGGATGTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104513 CTTTGTCTTTCTGGCAGTGGGTCTCAGTCTGATTTGAAGGATGTGGCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACAGCAGGAGAGGAGGGGGACACAAGCCTTCGGGAGAGCCTCCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104563 CACAGCAGGAGAGGAGGGGGACACAAGCCTTCGGGAGAGCCTCCATCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCACTCGGTCTCTTAAGGCAGGGTGCCATACTAAGCAGCTTGCCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104613 TCACTCGGTCTCTTAAGGCAGGGTGCCATACTAAGCAGCTTGCCTCCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AATTGCTCTGAAGAGAAATCCCCACAAACCTCCATCCTAAAGGAAGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104663 AATTGCTCTGAAGAGAAATCCCCACAAACCTCCATCCTAAAGGAAGGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGGGACACAAGCTTGGATTTCCGACCTGTAGTGTCTCCAGCAAATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104713 CAGGGACACAAGCTTGGATTTCCGACCTGTAGTGTCTCCAGCAAATGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGAAGGAGTCCGAGTGGATCAGGATGATGATCAAGATAGCTCTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104763 TTGAAGGAGTCCGAGTGGATCAGGATGATGATCAAGATAGCTCTTCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGCTTTCTCAGAACATTGCTGTACAG         ACTGACTTTAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104813 AAGCTTTCTCAGAACATTGCTGTACAGGTC...TAGACTGACTTTAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGCTGATTCAGAGGTAAACACAGATCAAGATATTGAAAAGAATTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105543 AGCTGATTCAGAGGTAAACACAGATCAAGATATTGAAAAGAATTTGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679      GATAAAATGATGACAGAGAGAACCCTGTTGAAAGAGCGTTACCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105593 ..TAGGATAAAATGATGACAGAGAGAACCCTGTTGAAAGAGCGTTACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGGTCCTGGACAAACAGAGGCAAGTGGAGAATCAGCTCCAAGTGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110218 GAGGTCCTGGACAAACAGAGGCAAGTGGAGAATCAGCTCCAAGTGCAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AAAGCAGCTTCAGCAAAGGAGAGAAGAGGAAATGAAGAATCACCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110268 AAAGCAGCTTCAGCAAAGGAGAGAAGAGGAAATGAAGAATCACCAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820      GAGATATTAAAGGCTATTCAGGATGTGACAATAAAGCGGGAAGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110318 ..CAGGAGATATTAAAGGCTATTCAGGATGTGACAATAAAGCGGGAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACAAAGAAGAAGATAGAGAAAGAGAAGAAGGAGTTTTTGCAGAAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112582 ACAAAGAAGAAGATAGAGAAAGAGAAGAAGGAGTTTTTGCAGAAGGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGATCTGAAAGCTGAAATTGAGAAGCTTTGTGAGAAGGGCAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112632 GGATCTGAAAGCTGAAATTGAGAAGCTTTGTGAGAAGGGCAGAAGGTA..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    960     AGAGGTGTGGGAAATGGAACTGGATAGACTCAAGAATCAGGATGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112682 .CAGAGAGGTGTGGGAAATGGAACTGGATAGACTCAAGAATCAGGATGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAAATAAATAGGAACATTATGGAAGAGACTGAACGGGCCTGGAAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145682 GAAATAAATAGGAACATTATGGAAGAGACTGAACGGGCCTGGAAGGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 G         ATCTTATCACTAGAGAGCCGGAAAGAGTTACTGGTACTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145732 GGTG...TAGATCTTATCACTAGAGAGCCGGAAAGAGTTACTGGTACTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AACTAGAAGAAGCAGAAAAAGAGGCAGAATTGCACCTTACTTACCTCAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 145939 AACTAGAAGAAGCAGAAAAAGAGGCAGAATTGCACCTTACTTACCTCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1146         GTCAACTCCCCCAACACTGGAGACAGTTCGTTCCAAACAGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145989 TA...AAGGTCAACTCCCCCAACACTGGAGACAGTTCGTTCCAAACAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTGGGAGACGAGACTGAATGGAGTTCGGATAATGAAAAAGAATGTTCGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 147084 GTGGGAGACGAGACTGAATGGAGTTCGGATAATGAAAAAGAATGTTCGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237         GACCAATTTAATAGTCATATCCAGTTAGTGAGGAACGGAGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147134 TA...TAGGACCAATTTAATAGTCATATCCAGTTAGTGAGGAACGGAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGCTGAGCAGCCTTCCTCAAATCCCTACTCCCACTTTACCTCCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147370 AAGCTGAGCAGCCTTCCTCAAATCCCTACTCCCACTTTACCTCCACCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ATCAGAG         ACAGACTTCATGCTTCAGGTGTTTCAACCCAGTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147420 ATCAGAGGTA...CAGACAGACTTCATGCTTCAGGTGTTTCAACCCAGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCTCTCTGGCTCCTCGGATGCCCTTCTCCATTGGGCAGGTCACAATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147656 CCTCTCTGGCTCCTCGGATGCCCTTCTCCATTGGGCAGGTCACAATGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATGGTTATGCCCAGTGCAGATCCCCGCTCCTTGTCTTTCCCAATCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147706 ATGGTTATGCCCAGTGCAGATCCCCGCTCCTTGTCTTTCCCAATCCTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCCTGCCCTTTCCCAGCCCAGCCAGCCTTCCTCACCCCTTCCTGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147756 CCCTGCCCTTTCCCAGCCCAGCCAGCCTTCCTCACCCCTTCCTGGCTCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATGGCAGAAATAGCCCTGGCTTGGGTTCCCTTGTCAGCCCCCACGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147806 ATGGCAGAAATAGCCCTGGCTTGGGTTCCCTTGTCAGCCCCCACGGTCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CACATGCCCCCTGCCGCCTCCATCCCACCTCCCCCAGGCTTGGGCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147856 CACATGCCCCCTGCCGCCTCCATCCCACCTCCCCCAGGCTTGGGCGGTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TAAGGCTTCTGCTGAAACTCCCCGGCCCCAACCAGTAGACAAACTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147906 TAAGGCTTCTGCTGAAACTCCCCGGCCCCAACCAGTAGACAAACTGGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AGATCCTGGAGAAGCTGCTGACCCGGTTCCCACAGTGCAATAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 147956 AGATCCTGGAGAAGCTGCTGACCCGGTTCCCACAGTGCAATAAGTA...C

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1713   GGCCCAGATGACCAACATTCTTCAGCAGATCAAGACAGCACGTACCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148130 AGGGCCCAGATGACCAACATTCTTCAGCAGATCAAGACAGCACGTACCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CATGGCAGGCCTGACCATGGAGGAACTTATCCAGTTGGTTGCTGCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148180 CATGGCAGGCCTGACCATGGAGGAACTTATCCAGTTGGTTGCTGCACGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TGGCAGAACATGAGCGGGTGGCAGCAAGTACTCAG         CCACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 148230 TGGCAGAACATGAGCGGGTGGCAGCAAGTACTCAGGTG...CAGCCACTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GGTCGCATCCGGGCCTTGTTCCCTGCTCCACTGGCCCAAATCAGTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148480 GGTCGCATCCGGGCCTTGTTCCCTGCTCCACTGGCCCAAATCAGTACCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 AATGTTCTTGCCTTCTGCCCAAGTTTCATATCCTGGAAGGTCTTCACAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 148530 AATGTTCTTGCCTTCTGCCCAAGTTTCATATCCTGGAAGGTCTTCACATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951         GCTCCAGCCACCTGTAAGCTATGTCTAATGTGCCAGAAACTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148580 TA...CAGGCTCCAGCCACCTGTAAGCTATGTCTAATGTGCCAGAAACTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GTCCAGCCCAGTGAGCTGCATCCAATGGCGTGTACCCATGTATTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148885 GTCCAGCCCAGTGAGCTGCATCCAATGGCGTGTACCCATGTATTGCACAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GGAG         TGTATCAAATTCTGGGCCCAGACCAACACAAATGACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148935 GGAGGTA...CAGTGTATCAAATTCTGGGCCCAGACCAACACAAATGACA

   2200     .    :    .    :    .
   2084 CTTGTCCCTTTTGTCCAACTCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||
 150851 CTTGTCCCTTTTGTCCAACTCTTAAA