seq1 = pF1KE4191.tfa, 2064 bp
seq2 = pF1KE4191/gi568815575f_48439798.tfa (gi568815575f:48439798_48660972), 221175 bp

>pF1KE4191 2064
>gi568815575f:48439798_48660972 (ChrX)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-233  (101536-101645)   100% ->
234-388  (105072-105226)   100% ->
389-516  (119100-119227)   100% ->
517-705  (119361-119549)   100% ->
706-2064  (119817-121175)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACAGCCTCCGGGGCCTCGGACTTGTCTGGCTCCGGAGCGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACAGCCTCCGGGGCCTCGGACTTGTCTGGCTCCGGAGCGCCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCGGTGTGGGAGCTCAGGCGGCGGCGGCCGCTGAGGAGGAGGAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCGGTGTGGGAGCTCAGGCGGCGGCGGCCGCTGAGGAGGAGGAGCGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGTGGTGCGGGTCCGAGTCAAG         AAATGTGAGAGCTTCTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 AGGTGGTGCGGGTCCGAGTCAAGGTG...CAGAAATGTGAGAGCTTCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGCCAGAGTTCCGCTCTTTTGCTGTAGATCCCCAGATCACCTCGCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101554 CCGCCAGAGTTCCGCTCTTTTGCTGTAGATCCCCAGATCACCTCGCTCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTGTTGCAGCACATCCTCATCCGAGCCTTTGATTTGAGTGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101604 CGTGTTGCAGCACATCCTCATCCGAGCCTTTGATTTGAGTGGGTG...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GAAGAAGAACTTTGGCATCAGCTACCTGGGCCGGGACCGGCTAGGACAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105071 GGAAGAAGAACTTTGGCATCAGCTACCTGGGCCGGGACCGGCTAGGACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGTTTACCTCTCACTTCTATCTGACTGGGACCTCAGCACAGCCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105121 GAAGTTTACCTCTCACTTCTATCTGACTGGGACCTCAGCACAGCCTTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTGCCTCCAAACCTTACCTGCAATTGCGTGTAGATATTCGGCCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105171 CACTGCCTCCAAACCTTACCTGCAATTGCGTGTAGATATTCGGCCCTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGACA         GCCCATTGCTAGAAGACTGGGACATAATCAGCCCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105221 AGGACAGTG...CAGGCCCATTGCTAGAAGACTGGGACATAATCAGCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGATGTCATTGGCTCCGACGTGTTGCTGGCTGAGAAACGGTCATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119135 AAAGATGTCATTGGCTCCGACGTGTTGCTGGCTGAGAAACGGTCATCACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACGACTGCCGCCCTGCCCTTTACACAGTCCATCCTCACTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 119185 GACGACTGCCGCCCTGCCCTTTACACAGTCCATCCTCACTCAGGTG...T

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GTGGGCCGTACCTTGTCTAAGGTCCAACAAGTGCTGAGCTGGTCGTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119359 AGGTGGGCCGTACCTTGTCTAAGGTCCAACAAGTGCTGAGCTGGTCGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGGAAGATGTCAAGCCCTTCAAGCCACCCCTGAGCGATGCTGAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119409 GGGGAAGATGTCAAGCCCTTCAAGCCACCCCTGAGCGATGCTGAGTTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACGTACCTGAACCACGAGGGCCAGCTCTCCCGACCCGAGGAGTTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119459 CACGTACCTGAACCACGAGGGCCAGCTCTCCCGACCCGAGGAGTTGCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCGGATCTATCATGGCGGTGTGGAGCCCTCGCTGCGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119509 TGCGGATCTATCATGGCGGTGTGGAGCCCTCGCTGCGAAAGGTG...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGGTGTGGCGGTACCTGCTGAACGTGTATCCAGATGGACTGACAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119817 GTGGTGTGGCGGTACCTGCTGAACGTGTATCCAGATGGACTGACAGGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAGCGGATGGACTACATGAAACGCAAGAGCCGCGAGTATGAGCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119867 AGAGCGGATGGACTACATGAAACGCAAGAGCCGCGAGTATGAGCAGCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGAGCGAGTGGGCCCAGCGAGCGAGCCCTGAGGACCTGGAATTCATCCGC
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 119917 AGAGCGAGTGGGCCCAGCGAGCGAACCCTGAGGACCTGGAATTCATCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGCACGGTCCTCAAGGATGTACTGCGCACTGACCGGGCCCACCCCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119967 AGCACGGTCCTCAAGGATGTACTGCGCACTGACCGGGCCCACCCCTACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCGGGGCCTGAGGATGGCCCACATCTACGGGCGCTGCACGACCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120017 TGCGGGGCCTGAGGATGGCCCACATCTACGGGCGCTGCACGACCTGCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCACCTATGCCGTTACCCACCCACAGGTGTCCTACTGCCAGGGCATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120067 CCACCTATGCCGTTACCCACCCACAGGTGTCCTACTGCCAGGGCATGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GACCTTGCCTCACCCATCCTCGCTGTCATGGACCATGAGGGCCATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120117 GACCTTGCCTCACCCATCCTCGCTGTCATGGACCATGAGGGCCATGCCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGTTTGCTTTTGTGGCATCATGAAACGCCTGGCCGCCAACTTCCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120167 TGTTTGCTTTTGTGGCATCATGAAACGCCTGGCCGCCAACTTCCACCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACGGCCGCGCCATGGCCACCAAGTTTGCACACTTGAAGCTGTTGCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120217 ACGGCCGCGCCATGGCCACCAAGTTTGCACACTTGAAGCTGTTGCTGCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CACGCTGACCCTGACTTTTATCAATACCTGCAAGAGGCAGGCGCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120267 CACGCTGACCCTGACTTTTATCAATACCTGCAAGAGGCAGGCGCTGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCTCTTCTTCTGTTACCGCTGGCTGCTGCTGGAACTCAAGCGTGAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120317 CCTCTTCTTCTGTTACCGCTGGCTGCTGCTGGAACTCAAGCGTGAGTTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CCTTCGACGATGCCCTCCGCATGCTTGAGGTCACTTGGAGTTCGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120367 CCTTCGACGATGCCCTCCGCATGCTTGAGGTCACTTGGAGTTCGCTGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CCTGATCCTCCTGAACATGAGGTAGAGCTGGTTGGACCCCCCAGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120417 CCTGATCCTCCTGAACATGAGGTAGAGCTGGTTGGACCCCCCAGCCAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GGCAGACACTGGTTTTGGTGGCCACAGGGGGTGGCCCGTGCGACAGAGGC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120467 GGCAGACGCTGGTTTTGGTGGCCACAGGGGGTGGCCCGTGCGACAGAGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ACATGCTGAGGCCTGCTGGTGGAGGAGGTAGTACCTTTGAAGATGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120517 ACATGCTGAGGCCTGCTGGTGGAGGAGGTAGTACCTTTGAAGATGCTGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GACCACCTGGCCACAGCCAGTCAGGGGCCTGGTGGTGGGGGGCGTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120567 GACCACCTGGCCACAGCCAGTCAGGGGCCTGGTGGTGGGGGGCGTCTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GAGACAGGCCAGCTTGGATGGCCTCCAGCAACTCAGGGATAACATGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120617 GAGACAGGCCAGCTTGGATGGCCTCCAGCAACTCAGGGATAACATGGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CCAGGAGGGACCCTCTGGTCCAGCTGCCCCACCCAGCTGCCCTTATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120667 CCAGGAGGGACCCTCTGGTCCAGCTGCCCCACCCAGCTGCCCTTATCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TCCAAGTCCCTCTCTGAGCCTTTATTGAACTCCCCAGACCCACTGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120717 TCCAAGTCCCTCTCTGAGCCTTTATTGAACTCCCCAGACCCACTGCTCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CTCCTTTTCCCACCCTGATTCCCCATCTTCCTCATCTCCACCATCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120767 CTCCTTTTCCCACCCTGATTCCCCATCTTCCTCATCTCCACCATCCACCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 AGGAGGCCTCTCCCACTGGTGATATGGCTGTAGGATCCCCCTTGATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120817 AGGAGGCCTCTCCCACTGGTGATATGGCTGTAGGATCCCCCTTGATGCAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GAGGTAGGCTCCCCGAAAGACCCTGGAAAGTCCCTGCCACCTGTACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120867 GAGGTAGGCTCCCCGAAAGACCCTGGAAAGTCCCTGCCACCTGTACCACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 AATGGGCCTGCCCCCACCCCAGGAGTTTGGCCGGGGGAACCCATTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120917 AATGGGCCTGCCCCCACCCCAGGAGTTTGGCCGGGGGAACCCATTCATGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TGTTCCTCTGCCTGGCCATCCTGCTGGAGCACCGCGACCACATCATGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120967 TGTTCCTCTGCCTGGCCATCCTGCTGGAGCACCGCGACCACATCATGCGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 AATGGGCTGGATTATAATGAGCTGGCCATGCACTTTGACCGCCTTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121017 AATGGGCTGGATTATAATGAGCTGGCCATGCACTTTGACCGCCTTGTGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 AAAACACCACCTGGGGCGCGTCCTGCGCCGGGCTAGGGCTCTCTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121067 AAAACACCACCTGGGGCGCGTCCTGCGCCGGGCTAGGGCTCTCTTTGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 ATTACCTGCAGTCAGAGGTGTGGGACTCAGAGGAGGGGGCTGAGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121117 ATTACCTGCAGTCAGAGGTGTGGGACTCAGAGGAGGGGGCTGAGGCCACA

   2100     .
   2056 GCCGCATCT
        |||||||||
 121167 GCCGCATCT