seq1 = pF1KE4180.tfa, 1941 bp
seq2 = pF1KE4180/gi568815591f_102365081.tfa (gi568815591f:102365081_102573046), 207966 bp

>pF1KE4180 1941
>gi568815591f:102365081_102573046 (Chr7)

1-80  (100001-100080)   98% ->
81-315  (100737-100971)   99% ->
316-432  (101074-101190)   100% ->
433-573  (102259-102399)   100% ->
574-678  (102639-102743)   99% ->
679-804  (102982-103107)   100% ->
805-919  (103183-103297)   100% ->
920-1020  (103474-103574)   100% ->
1021-1228  (103775-103982)   100% ->
1229-1301  (104494-104566)   100% ->
1302-1442  (104662-104802)   100% ->
1443-1534  (107138-107229)   100% ->
1535-1690  (107374-107529)   100% ->
1691-1803  (107612-107724)   100% ->
1804-1941  (107829-107966)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCCCCTCTCGGCGCGGCTGCTAATGCAGCGCGGACGCCCCAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100001 ATGGGCCCCCTCTCGGCGCGGCTGCTAATGCAGCGCGGGCGCCCCAAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACCGGCTGGGGAAGATCCGGAGTCTGGA         CCTGTCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 CGACCGGCTGGGGAAGATCCGGAGTCTGGAGTA...CAGCCTGTCAGGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGCTGCTTTCCGAGCACCTGGACCCCAAGCTCCTGTGCCGCCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100748 TGGAGCTGCTTTCCGAGCACCTGGACCCCAAACTCCTGTGCCGCCTGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCTGCAGGAGCTTGACCTGTCTAACAACCACCTGGAGACGCTGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100798 CAGCTGCAGGAGCTTGACCTGTCTAACAACCACCTGGAGACGCTGCCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACCTGGGCCTGTCCCACCTGCGTGTCCTCCGCTGCGCCAACAACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100848 CAACCTGGGCCTGTCCCACCTGCGTGTCCTCCGCTGCGCCAACAACCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGGGGATGTTACTGCCTTGTGCCAGTTCCCCAAGCTCGAGGAACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100898 TGGGGGATGTTACTGCCTTGTGCCAGTTCCCCAAGCTCGAGGAACTCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGAGGGCAACCCCTTCCTGACG         GTCAATGACAACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100948 CTGGAGGGCAACCCCTTCCTGACGGTA...CAGGTCAATGACAACCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTCTCCTTTCTCCTGCCCACGCTCCGTAAGGTCAATGGCAAGGATGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101091 AGTCTCCTTTCTCCTGCCCACGCTCCGTAAGGTCAATGGCAAGGATGCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTCAACTTACTCTCAGGTGGAGAACCTGAATCGGGAGCTGACCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101141 CCTCAACTTACTCTCAGGTGGAGAACCTGAATCGGGAGCTGACCAGCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          GTCACAGCTCACTGGGAGAAGTTCATGGCCACACTGGGTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101191 GTA...CAGGTCACAGCTCACTGGGAGAAGTTCATGGCCACACTGGGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAAGAGGAGGCTGAGAAGGCCCAGGCGGACTTTGTGAAGTCGGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102300 TGAAGAGGAGGCTGAGAAGGCCCAGGCGGACTTTGTGAAGTCGGCTGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGATGTCCGCTACGGGCCCGAGTCCCTCAGCGAGTTCACCCAGTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102350 GGGATGTCCGCTACGGGCCCGAGTCCCTCAGCGAGTTCACCCAGTGGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574          GTGCGGATGATCTCTGAGGAGCTGGTGGCCGCCAGTAGGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102400 GTA...CAGGTGCGGATGATCTCTGAGGAGCTGGTGGCCGCCAGTAGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAGGTGCAAAAGGCTAACAGCCCAGAGAAGCCCCCAGAAGCTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102680 CCAGGTGCAAAAGGCTAACAGCCCAGAGAAGCCCCCAGAAGCTGGAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCACAGGCCCAGG         GCCAGACTGGCGGCCTTGAAACGGCCA
        |||||| |||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102730 CCCACAAGCCCAGGGTG...CAGGCCAGACTGGCGGCCTTGAAACGGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACGACGTCCCACTCAGCCTCTCTCCCAGCAAGCGGGCGTGTGCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103009 GACGACGTCCCACTCAGCCTCTCTCCCAGCAAGCGGGCGTGTGCCTCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTCGGCCCAGGTGGAGGGCAGCCCTGTGGCAGGCTCCGATGGCAGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103059 GTCGGCCCAGGTGGAGGGCAGCCCTGTGGCAGGCTCCGATGGCAGCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805         CCTGCTGTGAAGCTGGAGCCCCTGCACTTCCTGCAGTGCCAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103109 TG...CAGCCTGCTGTGAAGCTGGAGCCCCTGCACTTCCTGCAGTGCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGCAAGAACAACAGCCCCCAGGACCTCGAGACCCAGCTGTGGGCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103225 AGCAAGAACAACAGCCCCCAGGACCTCGAGACCCAGCTGTGGGCCTGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTTCGAGCCGGCCTGGGAGGAGG         GGGCCACATCCCAGACCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103275 CTTCGAGCCGGCCTGGGAGGAGGGTA...CAGGGGCCACATCCCAGACCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGCCACGTGCGGCGGGGAGGCTGTGTGCGTAATTGATTGCCAGACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103492 TGGCCACGTGCGGCGGGGAGGCTGTGTGCGTAATTGATTGCCAGACGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCGTGCTCCACAAGTACAAGGCACCCGGCGAG         GAGTTCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103542 ATCGTGCTCCACAAGTACAAGGCACCCGGCGAGGTG...CAGGAGTTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTCTGTGGCCTGGACCGCTCTGATGGTGGTCACACAGGCTGGCCACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103783 TTCTGTGGCCTGGACCGCTCTGATGGTGGTCACACAGGCTGGCCACAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCGCTGGAGTGTGCTGGCGGCTGCAGGCCTACGGGGCCTGGTCCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103833 AGCGCTGGAGTGTGCTGGCGGCTGCAGGCCTACGGGGCCTGGTCCGGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGCACGTGCGTGCCGGCTTCTGCTGCGGGGTCATCCGAGCCCACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103883 CTGCACGTGCGTGCCGGCTTCTGCTGCGGGGTCATCCGAGCCCACAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGCCATCGCCACCCTGTGCTTCAGCCCCGCCCACGAGACCCATCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103933 GGCCATCGCCACCCTGTGCTTCAGCCCCGCCCACGAGACCCATCTCTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229          CGGCCTCCTATGACAAGCGGATCATCCTCTGGGACATCGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103983 GTA...CAGCGGCCTCCTATGACAAGCGGATCATCCTCTGGGACATCGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGCCCAACCAGGACTACGAATTCCAGGCCAG         CCAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104535 GTGCCCAACCAGGACTACGAATTCCAGGCCAGGTG...CAGCCAGCTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CACACTGGACACCACCTCTATCCCCCTGCGCCTCTGCCCTGTCGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104671 CACACTGGACACCACCTCTATCCCCCTGCGCCTCTGCCCTGTCGCCTCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCCCGGACGCCCGCCTGCTGGCCGGCTGCGAGGGCGGCTGCTGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104721 GCCCGGACGCCCGCCTGCTGGCCGGCTGCGAGGGCGGCTGCTGCTGCTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GACGTGCGGCTGGACCAGCCCCAAAAGAGGAG         GGTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104771 GACGTGCGGCTGGACCAGCCCCAAAAGAGGAGGTG...CAGGGTGTGTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AGTGGAATTCGTCTTCTCTGAGGGCTCCGAGGCATCTGGACGGAGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107147 AGTGGAATTCGTCTTCTCTGAGGGCTCCGAGGCATCTGGACGGAGAGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ATGGGCTGGCATTTGTGAATGAGGACATCGTGG         CCTCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107197 ATGGGCTGGCATTTGTGAATGAGGACATCGTGGGTG...CAGCCTCCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GGGAGCGGCCTGGGCACCATCTGCCTGTGGAGCTGGAGGCAGACGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107382 GGGAGCGGCCTGGGCACCATCTGCCTGTGGAGCTGGAGGCAGACGTGGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGGCCGGGGCAGCCAGTCCACGGTGGCAGTGGTGGTCCTGGCGCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107432 GGGCCGGGGCAGCCAGTCCACGGTGGCAGTGGTGGTCCTGGCGCGGCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AATGGTCGTCCACCGAGTTGGCCTACTTCTCGCTCAGCGCCTGCCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107482 AATGGTCGTCCACCGAGTTGGCCTACTTCTCGCTCAGCGCCTGCCCTGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1691        ATAAGGGGATTGTGCTCTGTGGGGATGAGGAGGGCAACGTGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107532 G...CAGATAAGGGGATTGTGCTCTGTGGGGATGAGGAGGGCAACGTGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GCTCTACGACGTCAGCAACATCCTGAAGCAGCCACCCCTGCTGCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107655 GCTCTACGACGTCAGCAACATCCTGAAGCAGCCACCCCTGCTGCCGGCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CCCTGCAGGCCCCCACACAG         ATCCTGAAGTGGCCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107705 CCCTGCAGGCCCCCACACAGGTA...CAGATCCTGAAGTGGCCCCAGCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TGGGCCCTTGGCCAGGTGGTGACCAAGACCATGGTGAACACAGTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107850 TGGGCCCTTGGCCAGGTGGTGACCAAGACCATGGTGAACACAGTGGTGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CAATGCCTCCTTCACCTACCTCACCGCCCTGACGGACTCCAACATCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107900 CAATGCCTCCTTCACCTACCTCACCGCCCTGACGGACTCCAACATCGTAG

   2050     .    :    .
   1925 CCATCTGGGGGAGGATG
        |||||||||||||||||
 107950 CCATCTGGGGGAGGATG