seq1 = pF1KE4174.tfa, 1902 bp
seq2 = pF1KE4174/gi568815592r_53551601.tfa (gi568815592r:53551601_53755272), 203672 bp

>pF1KE4174 1902
>gi568815592r:53551601_53755272 (Chr6)

(complement)

1-1172  (100001-101172)   99% ->
1173-1902  (102943-103672)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACCCAAAAAGAAGATTGTCAAAAAGAACAAAGGAGATATCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACCCAAAAAGAAGATTGTCAAAAAGAACAAAGGAGATATCAATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGACTATAATCGTAGAAGATAGCCCCCTAAACAAACTGAATGCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGACTATAATCGTAGAAGATAGCCCCCTAAACAAACTGAATGCTTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGGCTCCTAGAGGGAGGCAATGGCCTTAGCTGCATTTCTTCTGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGGGCTCCTAGAGGGAGGCAATGGCCTTAGCTGCATTTCTTCTGAACTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAGATGCTTCTTATGGCCCCAACCTCTTGGAAGGTTTAAGTAAAATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACAGATGCTTCTTATGGCCCCAACCTCTTGGAAGGTTTAAGTAAAATGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGGAGAACTTCTTATGTGACTTAGTCATTGGTACCAAAACCAAATCCT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGGAGAACTTCCTATGTGACTTAGTCATTGGTACCAAAACCAAATCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGATGTTCATAAGTCAGTCATGGCTTCATGCAGTGAGTATTTTTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGATGTTCATAAGTCAGTCATGGCTTCATGCAGTGAGTATTTTTACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCTAAAAAAAGACCCGTCAATTCAGAGGGTGGATCTCAATGATATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCTAAAAAAAGACCCGTCAATTCAGAGGGTGGATCTCAATGATATCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCACTAGGCCTGGCCACTGTCATTGCATATGCCTACACTGGAAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACCACTAGGCCTGGCCACTGTCATTGCATATGCCTACACTGGAAAGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTCTCTCCTTGTATACAATAGGAAGCATTATTTCTGCTGCTGTTTATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTCTCTCCTTGTATACAATAGGAAGCATTATTTCTGCTGCTGTTTATCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGATCCATACTCTTATAAAGATGTGCAGTGATTTTCTGATACGGGAGAT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGATCCATACTCTTGTAAAGATGTGCAGTGATTTTCTGATACGGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAGTGTTGAGAATTGCATGTATGTTGTTAATATTGCTGAAACATACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAGTGTTGAGAATTGCATGTATGTTGTTAATATTGCTGAAACATACTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TAAAAAATGCAAAAGCAGCAGCCCAGAAATTTATTCGGGATAACTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TAAAAAATGCAAAAGCAGCAGCCCAGAAATTTATTCGGGATAACTTCCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAATTTGCAGAATCGGATCAGTTTATGAAACTTACATTTGAACAAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAATTTGCAGAATCGGATCAGTTTATGAAACTTACATTTGAACAAATTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGAACTTCTTATAGATGATGACTTACAGTTGCCTTCTGAGATAGTAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGAACTTCTTATAGATGATGACTTACAGTTGCCTTCTGAGATAGTAGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCAGATTGCAATGAAATGGTTAGAATTTGACCAAAAGAGAGTAAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCCAGATTGCAATGAAATGGTTAGAATTTGACCAAAAGAGAGTAAAATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCTGCAGATCTTTTGAGCAATATTCGCTTTGGTACCATCTCTGCACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCTGCAGATCTTTTGAGCAATATTCGCTTTGGTACCATCTCTGCACAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTGGTCAATTATGTTCAATCCGTACCAAGAATGATGCAAGATGCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTGGTCAATTATGTTCAATCCGTACCAAGAATGATGCAAGATGCTGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTCACAGACTTCTCGTAGATGCTATGAACTACCACTTGCTTCCATATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTCACAGACTTCTCGTAGATGCTATGAACTACCACTTGCTTCCATATCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAAAACACATTGCAATCTAGGCGAACAAGAATCCGAGGTGGCTGCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAAAACACATTGCAATCTAGGCGAACAAGAATCCGAGGTGGCTGCCGAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCTCGTCACTGTTGGGGGACGCCCAGGCCTTACTGAGAAGTCCCTTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCTCGTCACTGTTGGGGGACGCCCAGGCCTTACTGAGAAGTCCCTTAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAGACATCCTGTATAGAGACCCTGAAAATGGATGGAGCAAGCTTACGGAA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGACATCTTGTATAGAGACCCTGAAAATGGATGGAGCAAGCTTACGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATGCCAGCCAAAAGTTTTAATCAGTGTGTGGCTGTGATGGATGGATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATGCCAGCCAAAAGTTTTAATCAGTGTGTGGCTGTGATGGATGGATTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TTATGTAGCCGGTGGTGAAGACCAGAATGATGCAAGAAATCAAGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TTATGTAGCCGGTGGTGAAGACCAGAATGATGCAAGAAATCAAGCCAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ATGCAGTCAGCAATTTCTGCAG         ATACGATCCCCGCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101151 ATGCAGTCAGCAATTTCTGCAGGTA...CAGATACGATCCCCGCTTCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ACCTGGATACACCTGGCCAGCATGAACCAGAAGCGCACGCACTTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102962 ACCTGGATACACCTGGCCAGCATGAACCAGAAGCGCACGCACTTCAGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GAGCGTGTTCAACGGGCTCGTGTACGCCGCGGGCGGCCGCAACGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103012 GAGCGTGTTCAACGGGCTCGTGTACGCCGCGGGCGGCCGCAACGCAGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GAAGCCTGGCCTCGCTGGAGTGCTACGTGCCCTCCACCAATCAGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103062 GAAGCCTGGCCTCGCTGGAGTGCTACGTGCCCTCCACCAATCAGTGGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCGAAGACGCCCCTGGAGGTGGCGCGCTGCTGCCACGCTAGCGCGGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103112 CCGAAGACGCCCCTGGAGGTGGCGCGCTGCTGCCACGCTAGCGCGGTCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CGACGGCCGCGTGCTGGTGACCGGAGGCTACATCGCCAACGCCTACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 103162 CGACGGCCGCGTGCTGGTGACCGGAGGCTACATAGCCAACGCCTACTCGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GCTCTGTGTGCGCCTACGACCCGGCCAGCGACTCGTGGCAGGAGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103212 GCTCTGTGTGCGCCTACGACCCGGCCAGCGACTCGTGGCAGGAGCTGCCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AACCTCAGCACACCCCGGGGCTGGCACTGCGCGGTCACGCTGAGCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103262 AACCTCAGCACACCCCGGGGCTGGCACTGCGCGGTCACGCTGAGCGACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 AGTGTACGTGATGGGCGGCAGCCAGCTGGGGCCGCGCGGGGAGCGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103312 AGTGTACGTGATGGGCGGCAGCCAGCTGGGGCCGCGCGGGGAGCGCGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 ACGTGCTCACCGTGGAGTGCTACAGCCCCGCGACCGGCCAGTGGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103362 ACGTGCTCACCGTGGAGTGCTACAGCCCCGCGACCGGCCAGTGGAGCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GCGGCGCCGCTGCAGGTGGGAGTGAGCACTGCGGGCGTCTCGGCGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103412 GCGGCGCCGCTGCAGGTGGGAGTGAGCACTGCGGGCGTCTCGGCGCTGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TGGCCGCGCCTACCTGGTGGGGGGCTGGAACGAGGGCGAGAAGAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103462 TGGCCGCGCCTACCTGGTGGGGGGCTGGAACGAGGGCGAGAAGAAGTACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 AGAAGTGCATCCAGTGCTTCAGCCCCGAGCTCAACGAGTGGACGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103512 AGAAGTGCATCCAGTGCTTCAGCCCCGAGCTCAACGAGTGGACGGAGGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GACGAGCTACCCGAGGCCACTGTCGGCGTGTCCTGCTGCACCCTCTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103562 GACGAGCTACCCGAGGCCACTGTCGGCGTGTCCTGCTGCACCCTCTCGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 GCCCAACAACGTGACTCGGGAATCCCGGGCCAGTTCGGTATCTTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103612 GCCCAACAACGTGACTCGGGAATCCCGGGCCAGTTCGGTATCTTCTGTGC

   1900     .    :
   1892 CAGTCAGTATC
        |||||||||||
 103662 CAGTCAGTATC