seq1 = pF1KE4173.tfa, 1902 bp
seq2 = pF1KE4173/gi568815597f_6106536.tfa (gi568815597f:6106536_6319404), 212869 bp

>pF1KE4173 1902
>gi568815597f:6106536_6319404 (Chr1)

1-191  (100001-100191)   100% ->
192-324  (100844-100976)   100% ->
325-469  (102346-102490)   100% ->
470-551  (102580-102661)   100% ->
552-627  (102733-102808)   100% ->
628-753  (102879-103004)   100% ->
754-800  (103389-103435)   100% ->
801-873  (103688-103760)   100% ->
874-942  (103835-103903)   100% ->
943-1011  (104335-104403)   100% ->
1012-1109  (104486-104583)   100% ->
1110-1296  (105332-105518)   100% ->
1297-1482  (105696-105881)   100% ->
1483-1534  (106147-106198)   100% ->
1535-1652  (106531-106648)   100% ->
1653-1733  (111754-111834)   100% ->
1734-1902  (112701-112869)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGAGCTATCTTCGGGCCCCTGGAGGGCCCGAGCTCCCTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGAGCTATCTTCGGGCCCCTGGAGGGCCCGAGCTCCCTGGATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGAGCATCCACCCGCTGGTGTGCCCGCTGTGCCACGTGCAGTACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGAGCATCCACCCGCTGGTGTGCCCGCTGTGCCACGTGCAGTACGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCGTGTCTTCTGGACTGTTTCCACGACTTCTGTGCCGGCTGCCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCGTGTCTTCTGGACTGTTTCCACGACTTCTGTGCCGGCTGCCTGCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCGCGCGACCGACGGCCGCCTCACCTGCCCGCTGTGCCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100151 GGCCGCGCGACCGACGGCCGCCTCACCTGCCCGCTGTGCCAGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACACCAGACGGTGCTGAAGGGTCCCAGCGGGCTCCCGCCGGTGGACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100844 ACACCAGACGGTGCTGAAGGGTCCCAGCGGGCTCCCGCCGGTGGACCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCTGCAGTTCCTGGTGGACAGCTCAGGGGATGGCGTGGAGGCGGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100894 TGCTGCAGTTCCTGGTGGACAGCTCAGGGGATGGCGTGGAGGCGGTGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGTGCCAACTGTGACCTGGAGTGCAGCGAGCAG         GACGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100944 TGTGCCAACTGTGACCTGGAGTGCAGCGAGCAGGCA...CAGGACGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACCACGTACTTCTGCAACACGTGCGGACAGCCCCTATGCGCGCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102354 GACCACGTACTTCTGCAACACGTGCGGACAGCCCCTATGCGCGCGCTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCGACGAGACGCACCGAGCACGCATGTTCGCGCGCCACGACATCGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102404 GCGACGAGACGCACCGAGCACGCATGTTCGCGCGCCACGACATCGTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGGTCAGCGAAGCCGCGACGTGCCCCAGAAGTGCA         CGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102454 CTGGGTCAGCGAAGCCGCGACGTGCCCCAGAAGTGCAGTG...CAGCGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCACGCAGAGCCCTACCTCTTGTTCTCCACCGACAAGAAGTTGCTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102584 GCACGCAGAGCCCTACCTCTTGTTCTCCACCGACAAGAAGTTGCTGTTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCATCCGCTGCTTCCGCGACATGCAGAA         GGAGAGCCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102634 GCATCCGCTGCTTCCGCGACATGCAGAAGTG...CAGGGAGAGCCGGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACTGCGTGGACCTGGAATCGGCTTACGTGCAGGGCTGCGAGCGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102746 CACTGCGTGGACCTGGAATCGGCTTACGTGCAGGGCTGCGAGCGGCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAGGCGGTGCTG         GCCGTGAAGGCCCTGCAGACGGCCACGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102796 GCAGGCGGTGCTGGTG...CAGGCCGTGAAGGCCCTGCAGACGGCCACGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGAGGCCATCGCGCTGCTGCAGGCCATGGTGGAGGAGGTGCGGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102907 GGGAGGCCATCGCGCTGCTGCAGGCCATGGTGGAGGAGGTGCGGCACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCGCCGAGGAGGAGGACGCTATCCACGCCCTCTTCGGCAGCATGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102957 GCCGCCGAGGAGGAGGACGCTATCCACGCCCTCTTCGGCAGCATGCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754        GACAGGCTGGCAGAGAGGAAAGCGCTGCTGCTGCAGGCTGTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103007 G...CAGGACAGGCTGGCAGAGAGGAAAGCGCTGCTGCTGCAGGCTGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAG         CCAATACGAAGAGAAGGACAAGGCCTTCAAGGAGCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103432 AGAGGTG...CAGCCAATACGAAGAGAAGGACAAGGCCTTCAAGGAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCTCTCACTTGGCCACCTTGCTGCCCACCCTGCAG         GTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103725 CTCTCTCACTTGGCCACCTTGCTGCCCACCCTGCAGGTA...CAGGTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGGTCATCTGCTCCTCCTTCCTCAGCTTGGCCAACAAGGCTGAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103840 CCTGGTCATCTGCTCCTCCTTCCTCAGCTTGGCCAACAAGGCTGAGTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGACCTGGGCTAT         GAGCTGATGGAGAGGCTGCAGGGCATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103890 TGGACCTGGGCTATGTG...CAGGAGCTGATGGAGAGGCTGCAGGGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTCACGCGGCCGCACCACCTAAGGCCTATTCAGAGCAGCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104362 GTCACGCGGCCGCACCACCTAAGGCCTATTCAGAGCAGCAAGGTG...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1012  ATTGCCAGTGACCACCGAGCTGAATTCGCGCGCTGTCTGGAGCCACTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104485 GATTGCCAGTGACCACCGAGCTGAATTCGCGCGCTGTCTGGAGCCACTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGCTGCTGGGGCCACGTCGGGTGGCAGCTGCTGCAAGTGGTGCTAACAC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104535 TGCTGCTGGGGCCACGTCGGGTGGCAGCTGCTGCAAGTGGTGCTAACACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1110         GCTGGCAGGGGGCTTAGGCCCCAAGGCGCTGACGGGGCCCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104585 TG...CAGGCTGGCAGGGGGCTTAGGCCCCAAGGCGCTGACGGGGCCCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTGCCCCTCCCCAGTAGGAAAGATGTCGGGGTCACCCGTCCAAAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105374 CTGCCCCTCCCCAGTAGGAAAGATGTCGGGGTCACCCGTCCAAAAGCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CGCTGCACCGGTCCATCAGCACCAAGGTGCTGCTGGCGGAGGGCGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105424 CGCTGCACCGGTCCATCAGCACCAAGGTGCTGCTGGCGGAGGGCGAGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ACGCCCTTCGCAGAGCACTGCCGCCACTATGAGGACTCCTACCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105474 ACGCCCTTCGCAGAGCACTGCCGCCACTATGAGGACTCCTACCGGGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297     CACCTGCAGGCAGAGATGCAGAGCCTAAAGGACCAGGTACAGGAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105524 .CAGCACCTGCAGGCAGAGATGCAGAGCCTAAAGGACCAGGTACAGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGCACCGAGACCTCACCAAGCACCACTCGCTCATCAAGGCGGAGATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105742 TGCACCGAGACCTCACCAAGCACCACTCGCTCATCAAGGCGGAGATCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGAGACGTCCTGCACAAGTCCCTGCAACTGGACGTGCAGATCGCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105792 GGAGACGTCCTGCACAAGTCCCTGCAACTGGACGTGCAGATCGCCTCGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCACGCCTCCTTAGAGGGCATGAGGGTCGTCTTCCAGGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105842 GCACGCCTCCTTAGAGGGCATGAGGGTCGTCTTCCAGGAGGTA...CAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TTTGGGAGGAAGCCTATCAGCGAGTGGCTAATGAGCAGGAGATTTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106148 TTTGGGAGGAAGCCTATCAGCGAGTGGCTAATGAGCAGGAGATTTATGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 G         CCCAGCTCCATGACCTTCTCCAGCTGAGGCAGGAGAATGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106198 GGTT...CAGCCCAGCTCCATGACCTTCTCCAGCTGAGGCAGGAGAATGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CTACCTGACCACCATCACCAAGCAGATCACGCCCTACGTCCGCTCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106571 CTACCTGACCACCATCACCAAGCAGATCACGCCCTACGTCCGCTCCATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCAAGGTGAAGGAGCGGCTGGAGCCCAG         GTTTCAGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106621 CCAAGGTGAAGGAGCGGCTGGAGCCCAGGTG...CAGGTTTCAGGCACCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GTGGATGAGCAGTCAGAGAGTCTACAGAACACGCACGACGACAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111767 GTGGATGAGCAGTCAGAGAGTCTACAGAACACGCACGACGACAGCAGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CAACGCGGCCTCAGCCAG         GAATAATCCAGGAAGTGTCCCGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111817 CAACGCGGCCTCAGCCAGGTA...TAGGAATAATCCAGGAAGTGTCCCGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 AAAAGAGAGAGAAGACATCAGAGCCTAAAGGAAACAGCTGGGCTCCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112724 AAAAGAGAGAGAAGACATCAGAGCCTAAAGGAAACAGCTGGGCTCCGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GGCCTCTCAGAAGAGCCTCTACTGAAAAATATGGATCATCACAGATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112774 GGCCTCTCAGAAGAGCCTCTACTGAAAAATATGGATCATCACAGATCCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1857 ACAGAAAAATGGGGGCGATGTCCCCACATGGAGGGAACACCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112824 ACAGAAAAATGGGGGCGATGTCCCCACATGGAGGGAACACCCGACT