seq1 = pF1KE4169.tfa, 1863 bp
seq2 = pF1KE4169/gi568815595f_42585619.tfa (gi568815595f:42585619_42791990), 206372 bp

>pF1KE4169 1863
>gi568815595f:42585619_42791990 (Chr3)

1-1152  (100001-101152)   100% ->
1153-1313  (102524-102684)   100% ->
1314-1421  (102992-103099)   100% ->
1422-1607  (103251-103436)   100% ->
1608-1754  (105241-105387)   100% ->
1755-1863  (106264-106372)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGGGCTTGGAGCAGGCGGAGGAGCAGCGGTTGTACCAGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTGGGCTTGGAGCAGGCGGAGGAGCAGCGGTTGTACCAGCAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTGCAAGACGGGCTCAAAGACATGCTGGACCATGGCAAGTTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTGCAAGACGGGCTCAAAGACATGCTGGACCATGGCAAGTTCCTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTGTGTGGTGCGGGCGGGCGAGCGCGAGTTCCCGTGCCATCGCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTGTGTGGTGCGGGCGGGCGAGCGCGAGTTCCCGTGCCATCGCCTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCCGCCTGCAGCCCCTACTTCCGGGCGCGCTTTCTAGCCGAGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGCCGCCTGCAGCCCCTACTTCCGGGCGCGCTTTCTAGCCGAGCCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGCGCGGGCGAGCTGCACCTGGAGGAGGTGTCCCCGGACGTGGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGCGCGGGCGAGCTGCACCTGGAGGAGGTGTCCCCGGACGTGGTGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGTGCTGCACTACCTGTACACATCAGAGATCGCGCTGGATGAGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGTGCTGCACTACCTGTACACATCAGAGATCGCGCTGGATGAGGCGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCAGGATTTGTTCGCCGCGGCACACCGCTTCCAGATCCCTTCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCAGGATTTGTTCGCCGCGGCACACCGCTTCCAGATCCCTTCCATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCATCTGCGTGTCCTTCCTGCAGAAGCGCCTGTGCCTCTCCAACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCATCTGCGTGTCCTTCCTGCAGAAGCGCCTGTGCCTCTCCAACTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCGTCTTCCGTCTCGGCCTCCTGCTCGACTGCGCGCGTCTCGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCGTCTTCCGTCTCGGCCTCCTGCTCGACTGCGCGCGTCTCGCCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTGCCCGCGACTTCATCTGCGCTCACTTCACGCTGGTGGCGCGCGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTGCCCGCGACTTCATCTGCGCTCACTTCACGCTGGTGGCGCGCGACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGACTTCCTCGGACTCTCGGCCGACGAGCTCATCGCCATCATCTCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGACTTCCTCGGACTCTCGGCCGACGAGCTCATCGCCATCATCTCCAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGGCCTTAACGTGGAGAAGGAGGAGGCAGTGTTCGAGGCGGTGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGGCCTTAACGTGGAGAAGGAGGAGGCAGTGTTCGAGGCGGTGATGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGGGCGGGTAGCGGCGACGCCGAGGCGCAGGCTGAGCGCCAGCGCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGGGCGGGTAGCGGCGACGCCGAGGCGCAGGCTGAGCGCCAGCGCGCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCCCACCGTCTTCGAGAGCGTGCGCTGCCGCTTGCTGCCGCGCGCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCCCACCGTCTTCGAGAGCGTGCGCTGCCGCTTGCTGCCGCGCGCCTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGAAAGCCGCGTGGAGCGCCACCCTCTCGTGCGTGCCCAGCCCGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGAAAGCCGCGTGGAGCGCCACCCTCTCGTGCGTGCCCAGCCCGAGTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGCGCAAGGTGCAGATGGTGAAGGATGCACACGAGGGCCGCATCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGCGCAAGGTGCAGATGGTGAAGGATGCACACGAGGGCCGCATCACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCTGCGGAAGAAAAAGAAGGGGAAGGATGGAGCCGGGGCCAAGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCTGCGGAAGAAAAAGAAGGGGAAGGATGGAGCCGGGGCCAAGGAGGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATAAGGGCACAAGCAAAGCCAAAGCAGAGGAGGATGAGGAGGCCGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATAAGGGCACAAGCAAAGCCAAAGCAGAGGAGGATGAGGAGGCCGAACGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCCTTCCTGGGATCCTCAATGACACCCTGCGCTTCGGCATGTTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCCTTCCTGGGATCCTCAATGACACCCTGCGCTTCGGCATGTTCCTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGATCTCATCTTCATGATCAGTGAGGAGGGCGCTGTGGCCTACGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGATCTCATCTTCATGATCAGTGAGGAGGGCGCTGTGGCCTACGATCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAGCCAACGAGTGCTACTGTGCTTCCCTCTCCAACCAGGTCCCCAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAGCCAACGAGTGCTACTGTGCTTCCCTCTCCAACCAGGTCCCCAAGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CACGTCAGCCTGGTTACCAAGGAGAACCAGGTCTTCGTGGCTGGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CACGTCAGCCTGGTTACCAAGGAGAACCAGGTCTTCGTGGCTGGAGGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTTCTACAACGAAGACAACAAAGAGGACCCCATGAGCGCATACTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTTCTACAACGAAGACAACAAAGAGGACCCCATGAGCGCATACTTCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AG         TTTGACCATCTGGACTCAGAGTGGCTGGGGATGCCACCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGGTG...CAGTTTGACCATCTGGACTCAGAGTGGCTGGGGATGCCACCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CTGCCCTCGCCCCGCTGCCTCTTTGGCCTGGGAGAAGCTCTCAACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102563 CTGCCCTCGCCCCGCTGCCTCTTTGGCCTGGGAGAAGCTCTCAACTCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CTACGTGGTCGGTGGCAGAGAGATCAAGGACGGCGAGCGCTGCCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102613 CTACGTGGTCGGTGGCAGAGAGATCAAGGACGGCGAGCGCTGCCTGGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CGGTCATGTGCTACGACAGGCT         GTCATTCAAATGGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102663 CGGTCATGTGCTACGACAGGCTGTG...CAGGTCATTCAAATGGGGTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCGGACCCGCTGCCTTACGTGGTGTATGGCCACACAGTGCTCTCCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103011 TCGGACCCGCTGCCTTACGTGGTGTATGGCCACACAGTGCTCTCCCACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GGACCTTGTCTACGTAATTGGCGGCAAAGGCAGTGACAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103061 GGACCTTGTCTACGTAATTGGCGGCAAAGGCAGTGACAGGTG...CAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGTGCCTGAACAAGATGTGCGTCTATGACCCCAAGAAGTTTGAGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103253 AGTGCCTGAACAAGATGTGCGTCTATGACCCCAAGAAGTTTGAGTGGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAGCTGGCACCCATGCAGACCGCCCGCTCACTCTTTGGGGCCACTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103303 GAGCTGGCACCCATGCAGACCGCCCGCTCACTCTTTGGGGCCACTGTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TGATGGCCGCATTATCGTGGCAGCTGGGGTCACCGACACAGGGCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103353 TGATGGCCGCATTATCGTGGCAGCTGGGGTCACCGACACAGGGCTGACCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GTTCTGCCGAAGTGTACAGCATCACAGACAACAA         GTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103403 GTTCTGCCGAAGTGTACAGCATCACAGACAACAAGTA...CAGGTGGGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CCCTTCGAGGCCTTCCCACAGGAGCGTAGCTCACTCAGCCTGGTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105248 CCCTTCGAGGCCTTCCCACAGGAGCGTAGCTCACTCAGCCTGGTCAGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GGTGGGTACCCTCTATGCCATTGGTGGCTTTGCCACACTGGAGACGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105298 GGTGGGTACCCTCTATGCCATTGGTGGCTTTGCCACACTGGAGACGGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CTGGAGAGCTGGTTCCCACAGAGCTCAATGACATCTGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105348 CTGGAGAGCTGGTTCCCACAGAGCTCAATGACATCTGGAGGTG...CAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 TATAACGAGGAGGAGAAGAAATGGGAGGGTGTCCTGCGGGAGATCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106265 TATAACGAGGAGGAGAAGAAATGGGAGGGTGTCCTGCGGGAGATCGCCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 TGCAGCAGGTGCCACCTTCCTACCAGTGCGGCTCAATGTGCTGTGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106315 TGCAGCAGGTGCCACCTTCCTACCAGTGCGGCTCAATGTGCTGTGCCTGA

   1900     .
   1856 CTAAGATG
        ||||||||
 106365 CTAAGATG