seq1 = pF1KE4166.tfa, 1854 bp
seq2 = pF1KE4166/gi568815582f_568352.tfa (gi568815582f:568352_773603), 205252 bp

>pF1KE4166 1854
>gi568815582f:568352_773603 (Chr16)

1-37  (99849-99885)   100% ->
38-96  (100002-100060)   100% ->
97-178  (100137-100218)   98% ->
179-222  (100305-100348)   100% ->
223-276  (101202-101255)   100% ->
277-329  (101772-101824)   100% ->
330-438  (101898-102006)   100% ->
439-540  (102105-102206)   100% ->
541-639  (102324-102422)   100% ->
640-748  (102541-102649)   100% ->
749-869  (102732-102852)   100% ->
870-954  (103346-103430)   100% ->
955-1097  (103509-103651)   100% ->
1098-1195  (103733-103830)   100% ->
1196-1326  (103903-104033)   100% ->
1327-1404  (104138-104215)   100% ->
1405-1527  (104352-104474)   100% ->
1528-1730  (104577-104779)   100% ->
1731-1854  (105129-105252)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGGGACGTGCGCATCCTGTTACTGGGCGAGG         CCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  99849 ATGAGGCGGGACGTGCGCATCCTGTTACTGGGCGAGGGTA...CAGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTGGGGAAGACGTCGCTGATCCTGTCCCTGGTGGGCGAGGAGTTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100006 GGTGGGGAAGACGTCGCTGATCCTGTCCCTGGTGGGCGAGGAGTTCCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAG         GTCCCTCCCCGCGCGGAGGAGATCACGATCCCCGCG
        |||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100056 AGGAGGTA...CAGGTCCCTCCCCGCGCGGAGGAGATCACCATCCCCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GACGTCACCCCGGAGAAGGTGCCCACCCACATCGTGGACTACTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100173 GACGTCACCCCGGAGAAGGTGCCCACCCACATCGTGGACTACTCAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    179      AAGCCGAGCAGACGGACGAGGAGCTGCGGGAGGAGATCCACAAG 
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100223 ..TAGAAGCCGAGCAGACGGACGAGGAGCTGCGGGAGGAGATCCACAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    223         GCAAACGTGGTGTGTGTGGTGTATGACGTCTCTGAGGAGGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 TA...CAGGCAAACGTGGTGTGTGTGGTGTATGACGTCTCTGAGGAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ACCATTGAGAAG         ATTCGAACTAAGTGGATCCCACTGGTGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101244 ACCATTGAGAAGGTG...CAGATTCGAACTAAGTGGATCCCACTGGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TGGGGGGACCACGCAGGGGCCCAG         GGTGCCCATCATCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101801 TGGGGGGACCACGCAGGGGCCCAGGTA...CAGGGTGCCCATCATCCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 TGGGCAACAAGTCAGACCTGCGGTCGGGGAGCTCCATGGAGGCCGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101915 TGGGCAACAAGTCAGACCTGCGGTCGGGGAGCTCCATGGAGGCCGTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 CCCATCATGAGCCAGTTTCCCGAGATTGAGACCTGCGTGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101965 CCCATCATGAGCCAGTTTCCCGAGATTGAGACCTGCGTGGAGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439  TGTTCGGCCAAGAACCTGAGGAACATCTCAGAGCTGTTCTACTACGCCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102104 GTGTTCGGCCAAGAACCTGAGGAACATCTCAGAGCTGTTCTACTACGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AGAAGGCCGTCCTGCATCCCACAGCCCCCCTCTATGACCCTGAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102154 AGAAGGCCGTCCTGCATCCCACAGCCCCCCTCTATGACCCTGAGGCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CAG         TTGAGGCCCGCGTGCGCCCAGGCGCTGACGCGCATCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102204 CAGGTG...CAGTTGAGGCCCGCGTGCGCCCAGGCGCTGACGCGCATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 CAGGCTCTCAGATCAGGACCTGGACCAGGCGCTCAGTGACGAAGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102362 CAGGCTCTCAGATCAGGACCTGGACCAGGCGCTCAGTGACGAAGAGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 ACGCTTTCCAG         AAATCCTGCTTTGGGCACCCCCTGGCCCCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102412 ACGCTTTCCAGGTG...CAGAAATCCTGCTTTGGGCACCCCCTGGCCCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 CAGGCCCTGGAGGACGTGAAGACGGTGGTGTGCAGGAACGTGGCGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102571 CAGGCCCTGGAGGACGTGAAGACGGTGGTGTGCAGGAACGTGGCGGGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CGTGCGGGAGGACCGGCTGACCCTGGATG         GTTTCCTCTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102621 CGTGCGGGAGGACCGGCTGACCCTGGATGGTG...CAGGTTTCCTCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 TGAACACGCTCTTCATCCAGCGCGGCCGGCACGAGACCACCTGGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102744 TGAACACGCTCTTCATCCAGCGCGGCCGGCACGAGACCACCTGGACCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 CTGCGGCGCTTCGGCTACAGCGATGCCCTGGAGCTGACTGCGGACTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102794 CTGCGGCGCTTCGGCTACAGCGATGCCCTGGAGCTGACTGCGGACTATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CTCCCCTCT         GATCCACGTGCCCCCCGGCTGCAGCACGGAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102844 CTCCCCTCTGTG...CAGGATCCACGTGCCCCCCGGCTGCAGCACGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 TCAACCACCTTGGCTACCAGTTTGTGCAGAGAGTGTTTGAGAAGCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103378 TCAACCACCTTGGCTACCAGTTTGTGCAGAGAGTGTTTGAGAAGCACGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CAG         GACCGCGACGGCGCCCTCTCGCCCGTGGAGCTGCAAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103428 CAGGTG...CAGGACCGCGACGGCGCCCTCTCGCCCGTGGAGCTGCAAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CCTTTTCAGTGTGTTCCCAGCAGCGCCCTGGGGCCCCGAGCTCCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103547 CCTTTTCAGTGTGTTCCCAGCAGCGCCCTGGGGCCCCGAGCTCCCACGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CAGTCCGCACAGAGGCCGGCCGGTTGCCCCTGCACGGATACCTCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103597 CAGTCCGCACAGAGGCCGGCCGGTTGCCCCTGCACGGATACCTCTGCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TGGAC         CCTGGTGACCTACCTGGACGTCCGGAGCTGCCTTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103647 TGGACGTA...CAGCCTGGTGACCTACCTGGACGTCCGGAGCTGCCTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 ACACCTAGGCTACCTGGGCTACCCCACCCTCTGTGAGCAGGACCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103769 ACACCTAGGCTACCTGGGCTACCCCACCCTCTGTGAGCAGGACCAGGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 ATGCCATCACAG         TCACTCGTGAGAAGAGGCTGGACCAGGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103819 ATGCCATCACAGGTA...CAGTCACTCGTGAGAAGAGGCTGGACCAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 AAGGGACAGACGCAGCGGAGCGTCCTCCTGTGCAAGGTGGTAGGGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103932 AAGGGACAGACGCAGCGGAGCGTCCTCCTGTGCAAGGTGGTAGGGGCCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGGAGTGGGCAAGTCTGCCTTCCTGCAGGCCTTTCTCGGCCGCGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103982 TGGAGTGGGCAAGTCTGCCTTCCTGCAGGCCTTTCTCGGCCGCGGCCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GG         CACCAGGACACGAGGGAGCAGCCTCCCGGCTACGCCATC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104032 GGGTA...CAGCACCAGGACACGAGGGAGCAGCCTCCCGGCTACGCCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GACACGGTGCAGGTCAATGGACAGGAGAAGTACTTGATC         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104177 GACACGGTGCAGGTCAATGGACAGGAGAAGTACTTGATCGTG...CAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 CTGTGAGGTGGGCACAGATGGTCTGCTGGCCACATCGCTGGACGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104354 CTGTGAGGTGGGCACAGATGGTCTGCTGGCCACATCGCTGGACGCCACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 GTGACGTTGCCTGCTTGATGTTTGATGGCAGTGACCCAAAGTCCTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104404 GTGACGTTGCCTGCTTGATGTTTGATGGCAGTGACCCAAAGTCCTTTGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 CATTGTGCCAGCGTCTACAAG         CACCATTACATGGACGGGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104454 CATTGTGCCAGCGTCTACAAGGTG...CAGCACCATTACATGGACGGGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 GACCCCCTGCCTCTTTGTCTCCTCCAAGGCCGACCTGCCCGAAGGTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104597 GACCCCCTGCCTCTTTGTCTCCTCCAAGGCCGACCTGCCCGAAGGTGTCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 CGGTGTCTGGCCCATCACCGGCCGAGTTTTGCCGCAAGCACCGGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104647 CGGTGTCTGGCCCATCACCGGCCGAGTTTTGCCGCAAGCACCGGCTACCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GCTCCCGTGCCGTTCTCCTGTGCTGGCCCAGCCGAGCCCAGCACCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104697 GCTCCCGTGCCGTTCTCCTGTGCTGGCCCAGCCGAGCCCAGCACCACCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CTTCACCCAGCTCGCCACCATGGCCGCCTTCCC         ACATTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104747 CTTCACCCAGCTCGCCACCATGGCCGCCTTCCCGTG...CAGACATTTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 TCCACGCAGAGCTGCATCCCTCTTCCTTCTGGCTCCGGGGGCTGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105137 TCCACGCAGAGCTGCATCCCTCTTCCTTCTGGCTCCGGGGGCTGCTGGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 GTTGTCGGGGCCGCCGTGGCCGCAGTCCTCAGCTTCTCACTCTACAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105187 GTTGTCGGGGCCGCCGTGGCCGCAGTCCTCAGCTTCTCACTCTACAGGGT

   2000     .    :    .
   1839 CCTGGTGAAGAGCCAG
        ||||||||||||||||
 105237 CCTGGTGAAGAGCCAG